これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド last-split です。
プログラム：
NAME
last-split - 「分割」または「接合」の位置合わせを推定します。
SYNOPSIS
最後の分割 [オプション] LAST-alignments.maf
DESCRIPTION
ゲノムに対するクエリ配列のアライメントを読み取り、それぞれのゲノムソースを推定します。
各クエリの一部を構成することで、XNUMX つのクエリの異なる部分をクエリの異なる部分から取得できるようにします。
ゲノム。
OPTIONS
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-g, - ゲノム=NAME
lastdb ゲノム名
-d, - 方向=D
RNA 方向: 0= 逆方向、1= 順方向、2= 混合 (デフォルト = 1)
-c, --シス=プロブ
塩基あたりのシス-スプライス確率 (デフォルト=0.004)
-t, --トランス=プロブ
塩基あたりのトランススプライス確率 (デフォルト=1e-05)
-M, - 平均=MEAN
ln[イントロン長]の平均 (デフォルト=7)
-S, --sdev=SDEV
ln[イントロン長] の標準偏差 (デフォルト=1.7)
-m, --ミスマップ=プロブ
最大ミスマップ確率 (デフォルト=0.01)
-s, - スコア=INT
最小アライメントスコア (デフォルト=e OR e+t*ln[1000])
-n, --分割なし
分割ではなく元の位置合わせを書き込みます
-v, -詳細
冗長になる
-V, - バージョン
バージョン情報を表示して終了します
onworks.net サービスを使用してオンラインでラストスプリットを使用する
