これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドload_genbankpです。
プログラム：
NAME
load_genbank.pl-GENBANKファイルからBio::DB::GFFデータベースをロードします。
SYNOPSIS
％load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
％load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
注：BioPerlディストリビューションのスクリプトbp_genbank2gff.plは、このスクリプトと同じです。
DESCRIPTION
このスクリプトは、ローカルのいずれかに含まれる機能を備えたBio :: DB :: GFFデータベースをロードします
genbankファイルまたはgenbankからフェッチされたアクセッション。 さまざまなコマンドラインオプション
ロードするデータベースと、既存のデータベースにロードを許可するかどうかを制御できます
上書きされます。
このスクリプトは現在MySQLのみを使用していますが、これは原理実証であり、簡単に実行できます。
アダプターを介してGFFによってサポートされる他のRDMSと連携するように拡張されます。
コマンドライン OPTIONS
コマンドラインオプションは、XNUMX文字のオプションに省略できます。 例：の代わりに-d
-データベース。
--createデータベースの作成と初期化を強制します
--dsn データソース（デフォルトはdbi：mysql：test）
- ユーザーmysql認証のユーザー名
- 合格mysql認証用のパスワード
- プロキシーリモートアクセスに使用するプロキシサーバー
--file以下の引数はGenbank/EMBLファイル名です（デフォルト）
--accession以下の引数はgenbankアクセッション番号です
--stdout変換されたGFFファイルをロードするのではなくstdoutに書き込みます
onworks.netサービスを使用してload_genbankpをオンラインで使用する
