これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド locuspocus です。
プログラム：
NAME
locuspocus - 指定された遺伝子アノテーションの遺伝子座座標を計算します
SYNOPSIS
軌跡 [オプション] gff3ファイル1 [gff3ファイル2 gff3ファイル3 ...]
DESCRIPTION
基本オプション：
-d|--デバッグ
詳細なデバッグ メッセージを端末に出力します (標準エラー)
-h|-ヘルプ
このヘルプメッセージを印刷して終了します
-v|--バージョン
バージョン番号を出力して終了します
iLocus の解析:
-l|--デルタ: INT
間隔遺伝子座を解析するときは、次のデルタを使用して遺伝子座を拡張し、以下を含めます。
潜在的な規制領域。 デフォルトは500です
-s|--スキップします
区間遺伝子座を列挙する場合、注釈のない (そしておそらく不完全な) 遺伝子座を除外します。
配列の両端にある iLoci
-e|--終了のみ
配列の注釈のない末端にある不完全な iLocus フラグメントのみをレポートします
(の補数 --スキップします)
-y|--スキピロシ
遺伝子間 iLoci を報告しない
絞り込みオプション:
-r|--絞り込む
デフォルトでは、遺伝子に重複がある場合、遺伝子は同じ iLocus にグループ化されます。 'リファイン'
モードでは、重複する遺伝子をより微妙に扱うことができます。
-c|--CD
遺伝子の重複を決定するために UTR ではなく CDS を使用します。 「絞り込み」モードを意味します
-m|--ミノオーバーラップ: INT
XNUMX つの遺伝子が同じグループに分類されるために重複する必要があるヌクレオチドの最小数
iLocus; デフォルトは1です
出力オプション：
-n|--namefmt: STR
printf スタイルのフォーマット文字列を提供して、デフォルトの ID フォーマットを新規にオーバーライドします。
作成された遺伝子座。 デフォルトは、遺伝子座の場合は 'locus%lu' (locus1、locus2 など)、および 'iLocus%lu' です。
(iLocus1、iLocus2 など) 区間軌跡の場合。 フォーマット文字列には
符号なし長整数値を入力する単一の %lu 指定子
-i|--レンズ: ファイル
各遺伝子間 iLocus の長さを含むファイルを作成します
-g|--遺伝子マップ: ファイル
各遺伝子の注釈から、指定された遺伝子の対応する遺伝子座へのマッピングを出力します。
file
-o|--outfile: ファイル
結果が書き込まれるファイルの名前。 デフォルトはターミナル (標準)
出力）
-T|--retainid
入力ファイルからの元のフィーチャ ID を保持します。 入力すると競合が発生します
重複した ID 値が含まれています
-t|--transmap: ファイル
各トランスクリプト注釈から対応する遺伝子座へのマッピングを出力します。
指定されたファイル
-V|-詳細
GFF3 出力にはすべての遺伝子座のサブフィーチャ (遺伝子、RNA など) が含まれます。 デフォルト
軌跡特徴のみを含む
入力オプション：
-f|--フィルター: タイプ
loci/iLoci の構築に使用するフィーチャ タイプのカンマ区切りのリスト。 デフォルトは
'遺伝子'
-p|--親: CT:PT
$CT タイプのフィーチャーが親なしで存在する場合は、このフィーチャーの親を作成します
タイプ $PT の場合。 たとえば、mRNA:gene は、遺伝子フィーチャーを親として作成します。
トップレベルの mRNA 機能。 このオプションは複数回指定できます
-u|--擬似
誤ってラベル付けされた偽遺伝子を修正する
onworks.net サービスを使用して locuspocus をオンラインで使用する
