これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドmasai_mapperです。
プログラム：
NAME
masai_mapper-マサイマッパー
SYNOPSIS
masai_mapper[オプション]
DESCRIPTION
マサイ族は、おおよそのシードと複数のシードに基づく高速で正確な読み取りマッパーです。
バックトラック。
見る http://www.seqan.de/projects/masai 。
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-h, - 助けて
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- バージョン
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マッピングオプション：
-んん, --マッピングモード STR
マッピングモードを選択します。 すべてのXNUMXつ、すべてが最高、そしてすべてが最高。 デフォルト：any-best。
-mb, --マッピングブロック NUM
一度にマップされる読み取りの最大数。 範囲[10000..inf]。 デフォルト：
2147483647.
-e, -エラー NUM
読み取りごとのエラーの最大数。 範囲[0..32]。 デフォルト：5。
-sl, -シードの長さ NUM
最小シード長。 範囲[10..100]。 デフォルト：33。
-ng, -ギャップなし
読み取りをギャップに合わせないでください。
ゲノムインデックスオプション：
-x, - 索引 STR
ゲノムインデックスタイプを選択します。 esa、sa、qgram、およびfmのいずれか。 デフォルト：sa。
-XP, --インデックスプレフィックス STR
ゲノムインデックスプレフィックス名を指定します。 デフォルト：ゲノムファイル名プレフィックスを使用します。
出力オプション：
-o, -出力ファイル FILE
出力ファイルを指定します。 デフォルト：読み取りファイル名プレフィックスを使用します。 有効なファイルタイプ
生とサムです。
-nc, -葉巻なし
CIGAR文字列を出力しません。 これはSAM出力にのみ影響します。
デバッグオプション：
-nv, -いいえ-確認します
シードヒットを確認しないでください。
-NS, --ノーダンプ
結果をダンプしないでください。
-nm, --複数なし
複数のバックトラッキングを無効にします。
VERSION
masai_mapperバージョン：0.7.1[14053]最終更新日2013-05-16
onworks.netサービスを使用してオンラインでmasai_mapperを使用する
