これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドマッチャーです。
プログラム：
NAME
マッチャー-XNUMXつのシーケンスのウォーターマン-エガートローカルアラインメント
SYNOPSIS
マッチャー -シーケンス シーケンス -bシーケンス シーケンス [-データファイル マトリックス] [-代替案 整数]
[-ギャップペン 整数] [-gapextend 整数] -outfile 整列する
マッチャー -助けて
DESCRIPTION
マッチャー EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Alignment：Local」コマンドグループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス シーケンス
-bシーケンス シーケンス
-データファイル マトリックス
これは、シーケンスを比較するときに使用されるスコアリングマトリックスファイルです。 デフォルトでは、
ファイル「EBLOSUM62」（タンパク質の場合）またはファイル「EDNAFULL」（核酸配列の場合）。 これらは
ファイルは、EMBOSSインストールの「data」ディレクトリにあります。
NEW
-代替案 整数
これにより、代替一致出力の数が設定されます。 デフォルトでは、最高のもののみ
スコアリングの配置が表示されます。 値が2の場合、他の適切な配置が得られます。 の
場合によっては、たとえば、cDNAのマルチドメインタンパク質とゲノムDNAの比較、
他にも興味深く重要な調整があるかもしれません。 デフォルト値：1
-ギャップペン 整数
ギャップペナルティは、ギャップが作成されたときに奪われるスコアです。 最適な値は
比較行列の選択について。 デフォルト値の14は、を使用していることを前提としています。
タンパク質配列の場合はEBLOSUM62マトリックス、または値が16の場合はEBLOSUMXNUMXマトリックス、
ヌクレオチド配列。 デフォルト値：@（$（acdprotein）？14：16）
-gapextend 整数
ギャップの長さ、またはギャップの延長のペナルティは、標準のギャップペナルティに追加されます。
ギャップ内の各塩基または残基。 これは、ギャップがペナルティされる期間です。 通常、あなたは
多くの短いギャップではなく、いくつかの長いギャップを期待するため、ギャップ拡張のペナルティ
ギャップペナルティよりも低くする必要があります。 例外は、一方または両方のシーケンスが
シーケンスエラーの可能性がある単一の読み取りこの場合、多くのことが予想されます
シングルベースギャップ。 この結果を得るには、ギャップペナルティをゼロ（または非常に
低）およびギャップ拡張ペナルティを使用してギャップスコアリングを制御します。 デフォルト値：
@（$（acdprotein）？4：4）
出力
-outfile 整列する
onworks.netサービスを使用してオンラインでmatchereを使用する
