mauveAligner-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

mauveAligner-複数のゲノムアラインメントを効率的に構築する

SYNOPSIS

mauveAligner[オプション] ..。
ファイル名>

DESCRIPTION

mauveAlignerおよびprogressiveMauveアライメントアルゴリズムは、次のように実装されています。
ダウンロード可能なMauveソフトウェアに含まれているコマンドラインプログラム。 から実行する場合
コマンドラインでは、これらのプログラムは、グラフィカルインターフェイスではまだ利用できないオプションを提供します。

OPTIONS

--output =出力ファイル名。
デフォルトで画面に印刷します

-お母さん MUMのみを検索し、ローカルで同一線上のブロック（LCB）を決定しようとしないでください

-再帰なし 再帰的なアンカー識別を実行しないでください（
--ギャップなし-配置)

--no-lcb-extension LCBを決定する場合は、LCBを拡張しようとしないでください

--シードサイズ=初期シード一致サイズ、デフォルトはlog_2（平均シーケンス長）

--max-extension-iterations =LCB拡張をこの試行回数に制限します。
デフォルトは4です

-排除-包含 サブセット一致のリンクされた包含を排除します。

--weight =シーケンスごとの塩基対の最小LCBウェイト

--match-input =一致を検索する代わりに、指定された一致ファイルを使用する

--lcb-一致入力 一致入力ファイルに、以前の一致が含まれていることを示します
LCBにクラスター化

--lcb-input =LCBを作成する代わりに、指定されたlcbファイルを使用します（LCBをスキップします）
世代）

--scratch-path =大きなゲノムの場合は、一時データを保存するためのディレクトリを使用します。
異なるパスでXNUMX回以上与える必要があります。

--id-matrix =LCB統計を生成し、指定されたファイルに書き込みます

--island-size =指定された数よりも大きい島を検索します

--island-output =指定されたファイルをアイランドに出力します（必須 -島サイズ)

--backbone-size =指定されたbp数よりも長いバックボーンのストレッチを検索します

--max-backbone-gap =この長さまでのギャップによってバックボーンが中断されることを許可します。
bp

--backbone-output =指定されたファイルをアイランドに出力します（必須 -島サイズ)

--coverage-output =指定したファイルにカバレッジリストを出力します（-stdoutの場合）

-繰り返し リピートマップを生成します。 指定できるシーケンスはXNUMXつだけです

--output-guide-tree =指定ファイルにガイドツリーを書き出す

-共線 入力シーケンスが同一線上にあると仮定します-それらには再配置がありません

ギャップあり アラインメント コントロール：
--ギャップなし-配置 ギャップのある位置合わせを実行しないでください

--max-gapped-aligner-length =整列を試みる塩基対の最大数
ギャップアライナー

--min-recursive-gap-length =Mauveが再帰的に実行するギャップの最小サイズ
MUMアンカーオン（デフォルトは200）

署名されました 順列 マトリックス オプション：
--permutation-matrix-output =LCBを符号付き置換行列として次のように書き出します。
与えられたファイル

--permutation-matrix-min-weight =順列行列は、すべてに対して書き込まれます
この値との値の間の重みを持つLCBのセット - 重さ

アラインメント 出力 オプション：
--alignment-output-dir =アラインメントファイルのセット（LCBごとにXNUMXつ）を
与えられたディレクトリ

--alignment-output-format =の出力形式を選択します --アライメント出力ディレクトリ

--output-alignment =指定されたファイルにXMFA形式のアラインメントを書き出す

サポートされているアライメント出力フォーマットは、phylip、clustal、msf、nexus、mega、codonです。

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