メリル - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

meryl - コア内およびコア外の kmer カウントおよびユーティリティ

SYNOPSIS

見積もり メモリ 必要条件
メリル -P -m クメルサイズ [-c #] [-p] -s シークファスタ

メリル -P -m クメルサイズ [-c #] [-p] -n マーカウント

建物 a テーブル
メリル -B -m クメルサイズ [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L 些細な出来事] [-U 最大発生]
[-スレッド n | {-セグメント セグメント | -メモリ メガバイト} [-configbatch [-sge 職種名]]]
-s シークファスタ -o tblプレフィックス

メリル -カウントバッチ 数 [-sgebuild "qサブオプション文字列"] -o tblプレフィックス

メリル -マージバッチ 数 [-sgemerge "qサブオプション文字列"] -o tblプレフィックス

パフォーミング 操作 on a テーブル
メリル -M 操作 [-v] -s tblプレフィックス [-s tblprefix2 ...] -o 出力

投棄 a テーブル
メリル -Dh -s tblプレフィックス

メリル -Dt -n 最小カウント -s tblプレフィックス

DESCRIPTION

メリル ゲノム配列の kmer 含有量を計算します。 Kmer コンテンツは次のように表されます。
kmer のリストと、入力シーケンス内でのそれぞれの出現回数。 kmer は次のことができます。
順方向 kmer のみ、逆方向 kmer のみ、または正規 kmer に制限される
(辞書順に、各位置の順方向および逆方向の kmer が小さくなります)。 メリル できる
カウントのヒストグラム、kmer とそのカウントのリストをレポートするか、実行できます。
処理されたデータ ファイルに対する数学的演算と集合演算。

の出力 メリル メリル データベースと呼ばれる XNUMX つのバイナリ ファイルです。
カウントのヒストグラム、または実際のカウントを提供するためにダンプされます。 C++ライブラリが提供されています
ファイルに直接アクセスするためのものです。

OPTIONS

-P メモリ要件を見積もります。 与えられたシーケンス ファイル (-s）または上限
ファイル内のマー数 (-n)、テーブル サイズを計算します (-t ビルド内) を最小限に抑える
メモリ使用量。 このモードでは次のオプションが認識されます。

-m # メールのサイズ (必須)

-c # ホモポリマー圧縮 (オプション)

-p ポジションを有効にする

-s シークファスタ
マー数を決定するためにスキャンされる配列ファイル

-n # これだけ多くのマーが含まれるファイルを想定してパラメータを計算します

そのうちの XNUMX つだけ -s, -n を指定する必要があります。 両方与えられると、 -s 優先されます。

-B 配列ファイルを指定して mer-count テーブルを計算します (-s) と多くのパラメーターがあります。 による
デフォルトでは、両方のストランドが処理されます。

-f フォワードストランドのみをビルドする

-r 逆ストランドのみを構築する

-C 標準的な mer を使用します (両方の鎖を想定)

-L # # 回未満のマーを保存しないでください

-U # # 回以上発生するマーを保存しないでください

-m # メールのサイズ (必須)

-c # ホモポリマー圧縮 (オプション)

-p ポジションを有効にする

-s シークファスタ
テーブルを構築するシーケンス

-o tblプレフィックス
出力テーブルの接頭辞

-v ユーザーを楽しませる

　 メリル プロセスは XNUMX つの大きなメモリ バッチで実行することも、多数の小さなメモリ バッチで実行することもできます。
または SGE 制御下で、複数の CPU コアを使用するかどうかにかかわらず。 デフォルトでは、
計算は XNUMX つの大きな連続プロセスとして実行されます。 マルチスレッド操作
セグメント化された操作と同様に、追加のメモリを消費して可能です。
I/O 費用。

ねじ付き 操作
カウントをほぼ同じサイズの n 個の部分に分割します。 これは追加のものを使用します
h MB (から -P) スレッドごとに。

-スレッド n
つかいます n 構築するスレッド

セグメント化された、 シーケンシャル 操作
カウントを m MB 以内に収まるように分割します。
メモリ、または n 個の等しいサイズの部分に分割します。 各部分は順番に計算されます。
そして結果は最後にマージされます。 そのうちの XNUMX つだけ -メモリ & -セグメント is
必要です。

-メモリ m
せいぜい使用 m セグメントごとのメモリ MB

-セグメント n
つかいます n セグメント

セグメント化された、 バッチ化された 操作
シーケンシャルと同じですが、各セグメントを手動で実行できる点が異なります。
並行して。 そのうちの XNUMX つだけ -メモリ & -セグメント が必要です。 も参照してください。
実施例 このページのセクション。

-メモリ m
せいぜい使用 m セグメントごとのメモリ MB

-セグメント n
つかいます n セグメント

-configbatch
バッチを作成する

-カウントバッチ n
実行バッチ番号 n

-マージバッチ
バッチをマージする

バッチ モードはグリッド上で実行できます。

-sge 職種名
この実行の一意のジョブ名。 メリル 名前を指定してジョブを送信します
mp職種名、ノースカロライナ州職種名、nm職種名、フェーズの場合は、準備、カウント、マージを行います。

-sgebuild 「オプション」

-sgemerge 「オプション」
追加のオプションは qsub(1) (例: "-p -153 -ぺ スレッド2 -A
メリーアカウント") 注意 - -N 無視されます 注意 - 必ず引用符で囲んでください
オプション

-M テーブルのリストを指定して、数学、論理演算、またはしきい値演算を実行します。 ない限り
指定すると、すべての操作に任意の​​数のデータベースが使用されます。 数学演算は次のとおりです。

分 count は、すべてのデータベースの最小数です。 マーが存在しない場合
すべてのデータベースでは、mer のカウントはゼロであり、出力には含まれません。

ミネシスト
count は、mer を含むすべてのデータベースの最小数です。

マックス count はすべてのデータベースの最大数です。

加えます count はすべてのデータベースのカウントの合計です

以下 count は最初の値から XNUMX 番目の値を引いたものです (バイナリのみ)

腹筋 count は、最初の値から XNUMX 番目の値を引いた絶対値です (バイナリのみ)

論理演算は次のとおりです。

& すべてのデータベースに存在する場合は mer を出力します

ナンド すべてではなく、少なくとも XNUMX つのデータベースに存在する場合に mer を出力します。

or 少なくとも XNUMX つのデータベースに存在する場合は mer を出力します

XOR 奇数のデータベースに存在する場合は mer を出力します

しきい値の操作は次のとおりです。

未満 x
count < x の場合は mer を出力します

以下に等しい x
count <= x の場合は mer を出力します

より大きい x
count > x の場合は mer を出力します

以上 x
count >= x の場合は mer を出力します

等しい x
count == x の場合は mer を出力します

しきい値操作は XNUMX つのデータベースに対してのみ機能します。

-s tblプレフィックス
つかいます tblプレフィックス データベースとして

-o tblプレフィックス
この出力を作成します

-v ユーザーを楽しませる

-D ダンプテーブル (これらすべてが機能するわけではありません)

-DD 同じマー間の距離のヒストグラムをダンプします。

-Dt mers >= しきい値をダンプします。 使用 -n しきい値を指定します。

-DC マー、個別のマー、および固有のマーの数を数えます。

-Dh mer カウントのヒストグラムを (標準出力に) ダンプします。

-s ここからカウント テーブルを読み取ります (.mcdat または .mcidx は省略します)。

実施例

バッチ 創造 of a テーブル
コンピューティングを初期化します -configbatch、すべてのビルド オプションが必要です。 全て実行
-カウントバッチ 仕事、それでは -マージバッチ 完了します。

メリル -configbatch -B [オプション] -o file
メリル -カウントバッチ 0 -o file
メリル -カウントバッチ 1 -o file
...
メリル -カウントバッチ N -o file
メリル -マージバッチ N -o file

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