mia-2dmyoica-nonrigid-Parallel - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

mia-2dmyoica-nonrigid-Parallel - 一連の 2D 画像の登録を実行します。

SYNOPSIS

mia-2dmyoica-非剛体-平行 -i -o [オプション]

DESCRIPTION

mia-2dmyoica-非剛体-平行 このプログラムはモーションの 2D バージョンを実装します。
Wolny G、Kellman P、Santos A、Ledesma-Carbayo MJ で説明されている補償アルゴリズム
「自由呼吸の自動運動補償により、心筋灌流データを取得
独立成分分析の使用」、医用画像解析、2012 年、
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004.このバージョンのプログラムでは、すべての登録が実行される可能性があります。
平行。

OPTIONS

ファイル-IO
-i --in-file=(入力、必須); 弦
入力灌流データセット

-o --out-file=(出力、必須); 弦
出力灌流データセット

-r --登録=登録
登録された画像のファイル名ベース。 画像の種類と番号付けスキーム
入力データセットで指定された入力画像から取得されます。

--save-cropped=(出力); ストリング
切り抜いたセットをこのファイルに保存すると、画像ファイルは名前の語幹を使用します
ファイル名ベースとして

--save-feature=(出力); ストリング
セグメンテーション特徴画像と初期 ICA 混合行列を保存

--save-refs=(出力); ストリング
登録パスごとに、指定されたファイルに参照画像を保存します
ネームベース

--save-regs=(出力); ストリング
登録パスごとに中間登録画像を保存

カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する

-著作権
著作権情報を印刷する

-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する

-? - 使用法
短いヘルプを印刷する

- バージョン
バージョン番号を出力して終了します

ICA
-C --コンポーネント=0
ICA コンポーネント 0 = 自動推定ICA コンポーネント 0 = 自動
推定

- ノーマライズ
正規化されたIC

--ノー・ミーンストリップ
混合曲線から平均値を取り除かないでください

-s --segscale=0
LV (0=セグメンテーションなし) セグメントの周囲でクロップ ボックスをセグメント化し、スケーリングします。
LV を中心にクロップ ボックスをスケーリングします (0 = セグメンテーションなし)。

-k --スキップ=0
シリーズの最初の画像をスキップする
モダリティシリーズの最初の画像はスキップします。
他のモダリティです

-m --max-ica-iter=400
ICA の最大反復数ICA の最大反復数

-E --segmethod=機能
セグメンテーション方法
デルタピーク ‐ ピーク強調画像の違い
機能を使用 ‐ 特集画像
デルタ機能 ‐ 特徴画像の違い

-b --min-breath-frequency=-1
混合曲線が由来すると見なす必要がある最小平均頻度。
呼吸。 健康的な休息回数は 12 分間に XNUMX 回です。 負の値
テストを無効にします。混合曲線に必要な最小平均周波数
呼吸に由来すると考えられています。 健康的な休息率は 12 回です。
分。 負の値を指定するとテストが無効になります。

処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。

参加申し込み
-O -​​-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
最小化に使用されるオプティマイザー。 文字列値は構築に使用されます
プラグイン。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:minimizer/singlecost を参照してください。

-a --start-c-rate=16
スパインの coefficinet レートを開始し、--c-rate-divider で割られます。
すべての pass.start coefficinet レートは、スパインで割られます。
--c-rate-divider すべてのパスで。

--c-rate-divider=2
各パスの係数レート分割器.各パスの係数レート分割器.

-d --start-divcurl=10000
divcurl ウェイトを開始し、--divcurl-divider で分割されます。
pass.Start divcurl の重みを --divcurl-divider で割る
パス。

--divcurl-ディバイダー=2
新しいパスごとの Divcurl ウェイト スケーリング。
新しいパス。

-w --imagecost=イメージ:weight=1,cost=ssd
画像コスト、src および ref パラメータを指定しないでください。これらはによって設定されます
プログラム。 文字列値は、プラグインの構築に使用されます。 為に
サポートされているプラ​​グインは PLUGINS:2dimage/fullcost を参照してください

-l --mg-レベル=3
マルチ解像度レベルマルチ解像度レベル

-P --パス=3
登録パス登録パス

プラグイン: 1d/スプラインカーネル

bスプライン B スプライン カーネルの作成、サポートされているパラメータは次のとおりです。

d = 3; [0, 5] の整数
スプライン次数。

オモン OMoms-spline カーネルの作成、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

d = 3; [3, 3] の整数
スプライン次数。

プラグイン: 2次元画像/コスト

lncc マスキングサポートによるローカル正規化相互相関、サポートされているパラメータ
には次の値があります:

w = 5; [1, 256] の単位
局所交差の評価に使用されるウィンドウの半幅
相関。

LSD 最小二乗距離測定

(パラメータなし)

mi スプライン parzen ベースの相互情報。サポートされているパラメータは次のとおりです。

cut = 0; [0, 40] の浮動小数点数
高強度と低強度でカットして削除するピクセルの割合
異常値。

ビンビン = 64; [1, 256] の単位
動画に使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=3]; 工場
動画パルゼン ヒンストグラム用のスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グインについて
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ロビン = 64; [1, 256] の単位
参照イメージに使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=0]; 工場
参照画像パルゼン ヒストグラムのスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グについては、
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ncc 正規化された相互相関。

(パラメータなし)

NGF この関数は、正規化された勾配に基づいて画像の類似性を評価します。
田畑。 さまざまな評価カーネルが利用可能です。サポートされているパラメータは次のとおりです。

評価する = ds; 口述
プラグインのサブタイプ。 サポートされている値は次のとおりです。
sq ‐ 差の二乗
ds ‐ スケール差の二乗
ドット ‐ スカラー積カーネル
クロス ‐ 外積カーネル

SSD 2D 画像コスト: 差の二乗和、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

自動脱穀 = 0; [0, 1000] の浮動小数点数
強度値のみを取得して動画の自動マスキングを使用する
指定されたしきい値よりも大きいため。

ノルム = 0; ブール
メトリックを画像のピクセル数で正規化するかどうかを設定します。

ssd-自動マスク
2D 画像コスト: 差の二乗和、指定された値に基づく自動マスキング
しきい値、サポートされているパラメータは次のとおりです。

しき = 0; ダブル
参照画像の強度のしきい値。

スレッシュ = 0; ダブル
ソース画像の強度のしきい値。

プラグイン: 2D画像/フルコスト

画像 多重解像度も処理できる一般化された画像類似性コスト関数
処理。 実際の類似性の尺度には追加のパラメーターが与えられます。
サポートされているパラメータは次のとおりです。

コスト =SSD; 工場
コスト関数カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:2dimage/cost を参照してください。

debug = 0; ブール
デバッグ用に中間結果を保存します。

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

ラベル画像
XNUMX つの画像のラベルをマッピングし、ラベルを処理する類似性コスト関数
多重解像度処理を維持します。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

debug = 0; [0, 1] の整数
距離を 3D 画像に変換して書き込みます。

マックスラベル = 256; [2, 32000] の整数
考慮するラベルの最大数。

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

マスク画像
複数の画像も処理できる一般化されたマスクされた画像の類似性コスト関数
解像度処理。 提供されたマスクは、領域が密に充填されている必要があります。
マスク情報が失われる可能性があるため、多重解像度処理を行わないでください。
画像を縮小するとき。 の参照マスクと変換マスク
研究画像はバイナリ AND によって結合されます。 実際の類似性尺度が与えられます
追加のパラメータ。サポートされているパラメータは次のとおりです。

コスト =SSD; 工場
コスト関数カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:2dimage/maskedcost

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

参照マスク =(入力, 文字列)
参照画像マスク (バイナリ)。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

src-マスク =(入力, 文字列)
スタディ画像マスク（バイナリ）。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

プラグイン: 2D画像/IO

bmpファイル BMP 2D 画像入出力サポート

認識されるファイル拡張子: .BMP、.bmp

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号なし8ビット、符号なし16ビット

データプール 内部データプールとの間の仮想IO

認識されるファイル拡張子: .@

ディコム DICOM用の2D画像io

認識されるファイル拡張子: .DCM、.dcm

サポートされている要素タイプ:
符号付き16ビット、符号なし16ビット

元 OpenEXR 画像用の 2dimage io プラグイン

認識されるファイル拡張子: .EXR、.exr

サポートされている要素タイプ:
符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット

JPG JPEGグレースケール画像用の2dimage ioプラグイン

認識されるファイル拡張子: .JPEG、.JPG、.jpeg、.jpg

サポートされている要素タイプ:
符号なし8ビット

PNG PNG画像用の2dimage ioプラグイン

認識されるファイル拡張子: .PNG、.png

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号なし8ビット、符号なし16ビット

生 RAW 2D画像出力対応

認識されるファイル拡張子: .RAW、.raw

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット

TIF TIFF 2D画像入出力サポート

認識されるファイル拡張子: .TIF、.TIFF、.tif、.tiff

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号なし8ビット、符号なし16ビット、符号なし32ビット

ビスタ Vista 画像用の 2dimage io プラグイン

認識されるファイル拡張子: .V、.VISTA、.v、.vista

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット

プラグイン: 2dimage/マスクコスト

lncc マスキングサポートによるローカル正規化相互相関、サポートされているパラメータ
には次の値があります:

w = 5; [1, 256] の単位
局所交差の評価に使用されるウィンドウの半幅
相関。

mi マスキングを使用したスプライン Parzen ベースの相互情報。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

cut = 0; [0, 40] の浮動小数点数
高強度と低強度でカットして削除するピクセルの割合
異常値。

ビンビン = 64; [1, 256] の単位
動画に使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=3]; 工場
動画パルゼン ヒンストグラム用のスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グインについて
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ロビン = 64; [1, 256] の単位
参照イメージに使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=0]; 工場
参照画像パルゼン ヒストグラムのスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グについては、
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ncc マスキングサポートによる正規化された相互相関。

(パラメータなし)

SSD マスキングによる差の二乗和。

(パラメータなし)

プラグイン: ミニマイザー/単一コスト

グダス 自動ステップ サイズ補正を使用した勾配降下。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。

最大ステップ = 2; (0, inf) を二重化します
最大絶対ステップ サイズ。

マキシター = 200; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。

最小ステップ = 0.1; (0, inf) を二重化します
最小絶対ステップ サイズ。

エクストラ = 0.01; double で [0, inf)
x に適用された変更の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。

gdsq 二次ステップ推定による勾配降下法、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。

グトラ = 0; double で [0, inf)
勾配の無限ノルムがこの値を下回る場合は停止します。

マキシター = 100; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。

階段 = 2; (1, inf) を二重化します
フォールバック固定ステップ サイズ スケーリング。

手順 = 0.1; (0, inf) を二重化します
初期ステップ サイズ。

エクストラ = 0; double で [0, inf)
x-update の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。

GSL GNU Scientific Library の multimin オプティマイザーに基づくオプティマイザー プラグイン
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/、サポートされているパラメータは次のとおりです。

EPS = 0.01; (0, inf) を二重化します
勾配ベースのオプティマイザ: |grad| の場合に停止します。 < eps、シンプレックス: 次の場合に停止します
片面サイズ < eps..

それより = 100; [1, inf) の単位
最大反復回数。

オプト = gd; 口述
使用する特定のオプティマイザー。サポートされている値は次のとおりです。
BFGS ‐ ブロイデン・フレッチャー・ゴールドファーブ・シャン
bfgs2 ‐ ブロイデン-フレッチャー-ゴールドファーブ-シャン (最も効率的なバージョン)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves 共役勾配アルゴリズム
gd ‐ 勾配降下法。
単体 ‐ Nelder と Mead のシンプレックスアルゴリズム
cg-pr ‐ Polak-Ribiere 共役勾配アルゴリズム

手順 = 0.001; (0, inf) を二重化します
初期ステップサイズ。

通行料 = 0.1; (0, inf) を二重化します
何らかの許容誤差パラメータ。

ない NLOPT ライブラリを使用したミニマイザー アルゴリズムについては、
オプティマイザーについては「」を参照してください。http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms '、サポートされているパラメータは次のとおりです。

フトラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の絶対変化が以下である
この値。

フトル = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の相対変化が以下である
この値。

より高い = inf; ダブル
より高い境界 (すべてのパラメータに等しい)。

ローカルオプト = なし; 辞書
メインに必要となる可能性のある局所最小化アルゴリズム
最小化アルゴリズム。サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
なし ‐ アルゴリズムを指定しない
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動

下側 = -inf; ダブル
下限 (すべてのパラメータに等しい)。

マキシター = 100; int in [1, inf)
停止基準: 反復の最大数。

オプト = ld-lbfgs; 口述
メインの最小化アルゴリズム。 サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
g-mlsl-lds ‐ マルチレベル単一リンケージ (低矛盾シーケンス、
ローカル勾配ベースの最適化と境界が必要)
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
アウグラグエク ‐ 等式制約を伴う拡張ラグランジアン アルゴリズム
の
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
g-mlsl ‐ マルチレベル単一リンケージ (ローカル最適化と
境界)
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
オーラグ ‐ 拡張ラグランジアンアルゴリズム
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動
ld-slsqp ‐ 逐次最小二乗二次計画法

手順 = 0; double で [0, inf)
勾配のないメソッドの初期ステップ サイズ。

stop = -inf; ダブル
停止基準: 関数の値がこの値を下回ります。

エクストラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての x 値の絶対変化がこれを下回る
の値です。

xtollr = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての X 値の相対変化がこれを下回っている
の値です。

実施例

自動ICA推定を使用して、「segment.set」で指定された灌流シリーズを登録します。
最初の XNUMX つの画像をスキップし、それ以外の場合はデフォルトのパラメーターを使用します。 保存する
'registered.set' になります。

mia-2dmyoica-nonrigid-Parallel -i セグメント.セット -o 登録済み.セット -k 2

著者

ガート・ウォルニー

COPYRIGHT

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GENERAL PUBLIC LICENSE バージョン 3 (またはそれ以降)。 詳細については、次のコマンドを使用してプログラムを実行してください。
オプション「--copyright」。

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