これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド mia-2dmyomilles です。
プログラム:
NAME
mia-2dmyomilles - 一連の 2D 画像のレジストレーションを実行します。
SYNOPSIS
mia-2dミオミルズ -i -o [オプション]
DESCRIPTION
mia-2dミオミルズ このプログラムは、ICA ベースの修正版を実行するために使用されます。
Millesらに記載されている登録アプローチ。 '完全に自動化されたモーション補正
First-Pass Myocardial Perfusion MR Image Sequences', Trans. 医学。 イメージング、 27(11)
1611-1621, 2008. 変更には、無料の準周期運動の抽出が含まれます
息をのむように取得されたデータセットと、代わりにアフィンまたは剛体登録を実行するオプション
翻訳の最適化のみ。
OPTIONS
ファイル-IO
-i --in-file=(入力、必須); 弦
入力灌流データセット
-o --out-file=(出力、必須); 弦
出力灌流データセット
-r --登録済み=
登録ファイルのファイル名ベース
--save-references=
合成参照イメージをこのファイル ベースに保存します
--save-croped=
トリミングされた画像セットをこのファイルに保存します
--保存機能=
ICAから得られた特徴画像といくつかの中間画像を保存します
PNG ファイルに基づいて指定されたファイル名を持つ RV-LV セグメンテーションに使用されます。
また、初期ベストと最終 IC ミキシングの係数を保存します。
マトリックス。
カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する
-著作権
著作権情報を印刷する
-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する
-? - 使用法
短いヘルプを印刷する
- バージョン
バージョン番号を出力して終了します
ICA
-C --コンポーネント=0
ICA コンポーネント 0 = 自動推定ICA コンポーネント 0 = 自動
推定
- ノーマライズ
正規化されたIC
--ノー・ミーンストリップ
混合曲線から平均値を取り除かないでください
-g --推測
心筋灌流の初期推定を使用する
-s --segscale=1.4
LV (0=セグメンテーションなし) セグメントの周囲でクロップ ボックスをセグメント化し、スケーリングします。
LV を中心にクロップ ボックスをスケーリングします (0 = セグメンテーションなし)。
-k --スキップ=0
シリーズの最初の画像は他の画像と同様にスキップします
モダリティ他のものと同様に、シリーズの最初の画像をスキップします
モダリティ
-m --max-ica-iter=400
ICA の最大反復数ICA の最大反復数
-E --segmethod=機能
セグメンテーション方法
デルタピーク ‐ ピーク強調画像の違い
機能を使用 ‐ 特集画像
デルタ機能 ‐ 特徴画像の違い
処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。
参加申し込み
-c --コスト=SSD
登録基準
-O --optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
最小化に使用されるオプティマイザー最小化に使用されるオプティマイザー
サポートされているプラグインについては、PLUGINS:minimizer/singlecost を参照してください。
-f --transForm=剛体
変換タイプ変換タイプ サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:2dimage/transform
-l --mg-レベル=3
マルチ解像度レベルマルチ解像度レベル
-R --reference=-1
すべての画像を配置する必要があるグローバル参照。 負でない値に設定した場合
値、画像はこの参照に合わせて配置され、トリミングされた出力
画像の日付が元の画像に挿入されます。 する場合は -1 のままにします。
気にしないでください。 この場合、すべての画像は次の平均位置に登録されます。
すべての画像を配置する必要がある MovementGlobal 参照。 に設定した場合
負でない値の場合、画像はこの参照に合わせて配置され、
トリミングされた出力画像の日付が元の画像に挿入されます。 離れる
気にしなければ-1。 この場合、すべての画像は
ムーブメントの平均位置
-P --パス=2
登録パス登録パス
プラグイン: 1d/スプラインbc
ミラー 境界上でミラーリングされるスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
繰り返す 境界で値を繰り返すスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
ゼロ 外側の値をゼロと仮定するスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
プラグイン: 1d/スプラインカーネル
bスプライン B スプライン カーネルの作成、サポートされているパラメータは次のとおりです。
d = 3; [0, 5] の整数
スプライン次数。
オモン OMoms-spline カーネルの作成、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
d = 3; [3, 3] の整数
スプライン次数。
プラグイン: 2D画像/変換
アフィン アフィン変換 (XNUMX 自由度)。サポートされているパラメータは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
堅い 剛体変換 (つまり、回転と平行移動、XNUMX 度の変換)
自由)。サポートされているパラメータは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
腐敗中心 = [[0,0]]; 2dfベクトル
相対回転中心、つまり <0.5,0.5> は、
長方形をサポートします。
回転 回転変換 (つまり、指定された中心を中心とした XNUMX 度の回転)
自由)。サポートされているパラメータは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
腐敗中心 = [[0,0]]; 2dfベクトル
相対回転中心、つまり <0.5,0.5> は、
長方形をサポートします。
スプライン B スプライン係数のセットによって記述できる自由形式の変換
および基礎となる B スプライン カーネル。サポートされるパラメータは次のとおりです。
アニソラート = [[0,0]]; 2dfベクトル
ピクセル単位の異方性係数率。正でない値は次のようになります。
「rate」値で上書きされます。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
kernel = [bspline:d=3]; 工場
変換スプライン カーネル。サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
違約金 = ; 工場
変身ペナルティ期間。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:2dtransform/スプラインペナルティ
率 = 10; float in [1, inf)
ピクセル単位の等方性係数率。
翻訳する 平行移動のみ (XNUMX 自由度)、サポートされているパラメータは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
vf このプラグインは、それぞれの翻訳を定義する変換を実装します。
変換のドメインを定義するグリッドの点。サポートされています。
パラメータは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
プラグイン: 2D変換/スプラインペナルティ
ディブカール 変換に対する divcurl ペナルティ。サポートされているパラメータは次のとおりです。
curl = 1; float in [0, inf)
カール時のペナルティウェイト。
div要素 = 1; float in [0, inf)
発散に対するペナルティの重み。
ノルム = 0; ブール
ペナルティを画像に関して正規化する必要がある場合は 1 に設定します。
サイズ。
重量 = 1; (0, inf) の浮動小数点
ペナルティエネルギーの重さ。
プラグイン: ミニマイザー/単一コスト
グダス 自動ステップ サイズ補正を使用した勾配降下。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。
最大ステップ = 2; (0, inf) を二重化します
最大絶対ステップ サイズ。
マキシター = 200; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。
最小ステップ = 0.1; (0, inf) を二重化します
最小絶対ステップ サイズ。
エクストラ = 0.01; double で [0, inf)
x に適用された変更の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。
gdsq 二次ステップ推定による勾配降下法、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。
グトラ = 0; double で [0, inf)
勾配の無限ノルムがこの値を下回る場合は停止します。
マキシター = 100; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。
階段 = 2; (1, inf) を二重化します
フォールバック固定ステップ サイズ スケーリング。
手順 = 0.1; (0, inf) を二重化します
初期ステップ サイズ。
エクストラ = 0; double で [0, inf)
x-update の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。
GSL GNU Scientific Library の multimin オプティマイザーに基づくオプティマイザー プラグイン
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/、サポートされているパラメータは次のとおりです。
EPS = 0.01; (0, inf) を二重化します
勾配ベースのオプティマイザ: |grad| の場合に停止します。 < eps、シンプレックス: 次の場合に停止します
片面サイズ < eps..
それより = 100; [1, inf) の単位
最大反復回数。
オプト = gd; 口述
使用する特定のオプティマイザー。サポートされている値は次のとおりです。
BFGS ‐ ブロイデン・フレッチャー・ゴールドファーブ・シャン
bfgs2 ‐ ブロイデン-フレッチャー-ゴールドファーブ-シャン (最も効率的なバージョン)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves 共役勾配アルゴリズム
gd ‐ 勾配降下法。
単体 ‐ Nelder と Mead のシンプレックスアルゴリズム
cg-pr ‐ Polak-Ribiere 共役勾配アルゴリズム
手順 = 0.001; (0, inf) を二重化します
初期ステップサイズ。
通行料 = 0.1; (0, inf) を二重化します
何らかの許容誤差パラメータ。
ない NLOPT ライブラリを使用したミニマイザー アルゴリズムについては、
オプティマイザーについては「」を参照してください。http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms '、サポートされているパラメータは次のとおりです。
フトラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の絶対変化が以下である
この値。
フトル = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の相対変化が以下である
この値。
より高い = inf; ダブル
より高い境界 (すべてのパラメータに等しい)。
ローカルオプト = なし; 辞書
メインに必要となる可能性のある局所最小化アルゴリズム
最小化アルゴリズム。サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり)
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された)
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割(独自の実装)
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
なし ‐ アルゴリズムを指定しない
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割(スケールなし)
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動
下側 = -inf; ダブル
下限 (すべてのパラメータに等しい)。
マキシター = 100; int in [1, inf)
停止基準: 反復の最大数。
オプト = ld-lbfgs; 口述
メインの最小化アルゴリズム。 サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり)
g-mlsl-lds ‐ マルチレベル単一リンケージ (低矛盾シーケンス、
ローカル勾配ベースの最適化と境界が必要)
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された)
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割(独自の実装)
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
アウグラグエク ‐ 等式制約を伴う拡張ラグランジアン アルゴリズム
の
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
g-mlsl ‐ マルチレベル単一リンケージ (ローカル最適化と
境界)
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
オーラグ ‐ 拡張ラグランジアンアルゴリズム
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割(スケールなし)
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動
ld-slsqp ‐ 逐次最小二乗二次計画法
手順 = 0; double で [0, inf)
勾配のないメソッドの初期ステップ サイズ。
stop = -inf; ダブル
停止基準: 関数の値がこの値を下回ります。
エクストラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての x 値の絶対変化がこれを下回る
の値です。
xtollr = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての X 値の相対変化がこれを下回っている
の値です。
実施例
自動ICA推定を使用して、「segment.set」で指定された灌流シリーズを登録します。
最初の XNUMX つの画像をスキップし、それ以外の場合はデフォルトのパラメーターを使用します。 保存する
'registered.set' になります。
mia-2dmyomilles -i セグメント.セット -o 登録済み.セット -k 2
著者
ガート・ウォルニー
COPYRIGHT
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オプション「--copyright」。
onworks.net サービスを使用して mia-2dmyomilles をオンラインで使用する