これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 3 つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド mia-XNUMXd distance-stats です。
プログラム：
NAME
mia-3d distance-stats - XNUMX つのラベル付きイメージの距離統計を評価します。
SYNOPSIS
mia-3d distance-stats -i -r -o [オプション]
DESCRIPTION
mia-3d distance-stats このプログラムは、等間隔の距離を評価するために使用されます。
XNUMX つの画像内のラベル付き領域。 出力ファイルは、距離を含む CSV ファイルです。
テスト イメージ内のラベル付きの各座標は次の形式になります。
ラベル、n サンプル、距離、距離、...
このデータからラベルごとの統計を取得する単純な R プログラムは次のようになります。
args <- commandArgs(TRUE)
データ <- read.csv(args[1], header=FALSE)
for ( i in 1:dim(data)[1] ) {
行 <- データ[i,]
ラベル <- as.integer(line[1])
end_range <- 2 + as.numeric(line[2])
s <- as.numeric(line[3:end_range])
結果 <- sprintf("%d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f0
ラベル、平均値、sqrt(変数)、中央値、最大値)
猫(結果)
}
OPTIONS
ファイル-IO
-i --in-labels=(入力、必須); イオ
入力ラベル画像 サポートされているファイル タイプについては、PLUGINS:3dimage/io を参照してください。
-r --ref-labels=(入力、必須); イオ
参照ラベル イメージ サポートされているファイル タイプについては、PLUGINS:3dimage/io を参照してください。
-l --label-map=(入力); 弦
ラベル番号のオプションのマッピング
-o --out-file=(出力、必須); 弦
距離を書き込む出力ファイル名。 出力ファイルはcsvファイルですが、
各ラベルにリストされた距離が含まれています。
カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する
-著作権
著作権情報を印刷する
-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する
-? - 使用法
短いヘルプを印刷する
- バージョン
バージョン番号を出力して終了します
処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。
プラグイン: 3D画像/IO
分析します 7.5画像を分析する
認識されるファイル拡張子: .HDR、.hdr
サポートされている要素タイプ:
符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号付き 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、
浮動小数点64ビット
データプール 内部データプールとの間の仮想IO
認識されるファイル拡張子: .@
ディコム 3D としての Dicom 画像シリーズ
認識されるファイル拡張子: .DCM、.dcm
サポートされている要素タイプ:
符号付き16ビット、符号なし16ビット
HDF5 HDF5 3D画像IO
認識されるファイル拡張子: .H5、.h5
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点
小数点32ビット、浮動小数点64ビット
インリア インリア画像
認識されるファイル拡張子: .INR、.inr
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
MHD MetaIO VTK 実装を使用した 3D 画像 IO (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .MHA、.MHD、.mha、.mhd
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
気の利いた NIFTI-1 3D画像IO
認識されるファイル拡張子: .NII、.nii
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点 32
ビット、浮動小数点64ビット
VFF VFF Sun ラスター形式
認識されるファイル拡張子: .VFF、.vff
サポートされている要素タイプ:
符号なし8ビット、符号付き16ビット
ビスタ 3Dビュー
認識されるファイル拡張子: .V、.VISTA、.v、.vista
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット
vti 3D 画像 VTK-XML の入力および出力 (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .VTI、.vti
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
VTK 3D VTK 画像のレガシー入力および出力 (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット
実施例
image.v で使用可能な各ラベルから、image.v の対応するラベルまでの距離を評価します。
画像参照。結果をカンマ区切りの値のリストとして保存します。
距離.csv。
mia-3d distance-stats -i image.v -r Reference.v -o distances.csv
著者
ガート・ウォルニー
COPYRIGHT
このソフトウェアの著作権は 1999-2015 ライプツィヒ、ドイツおよびマドリード、スペインにあります。 来る
絶対的な保証はなく、GNU の規約に基づいて再配布できます。
GENERAL PUBLIC LICENSE バージョン 3 (またはそれ以降)。 詳細については、次のコマンドを使用してプログラムを実行してください。
オプション「--copyright」。
onworks.net サービスを使用してオンラインで mia-3d distance-stats を使用する
