これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド mia-3drigidreg です。
プログラム：
NAME
mia-3drigidreg - 3D 画像の線形登録.
SYNOPSIS
mia-3drigidreg -i -r -o [オプション]
DESCRIPTION
mia-3drigidreg このプログラムは、3 つのグレースケール XNUMXD 画像のレジストレーションを実装します。 の
変換はペナルティを受けないため、平行移動、固定、またはのみを使用する必要があります。
アフィン変換をターゲットとして実行し、非剛体登録の mia-3dnonrigidreg を実行するのは、
達成される。
OPTIONS
File I / O
-i --in-image=(入力、必須); イオ
テスト イメージ サポートされているファイル タイプについては、PLUGINS:3dimage/io を参照してください。
-r --ref-image=(入力、必須); イオ
参照画像 サポートされているファイル タイプについては、PLUGINS:3dimage/io を参照してください。
-o --out-image=(出力、必須); イオ
登録された出力イメージ サポートされているファイル タイプについては、PLUGINS:3dimage/io を参照してください。
-t --transformation=(出力); いお
変換出力ファイル名 サポートされているファイル タイプについては、
プラグイン:3dtransform/io
-c --コスト=SSD
cost functioncost function サポートされているプラグインについては、PLUGINS:3dimage/cost を参照してください
-l --レベル=3
マルチグリッド レベルマルチグリッド レベル
-O --optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
最小化に使用されるオプティマイザー最小化に使用されるオプティマイザー
サポートされているプラグインについては、PLUGINS:minimizer/singlecost を参照してください。
-f --transForm=剛体
変換タイプ変換タイプ サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:3dimage/transform
カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する
-著作権
著作権情報を印刷する
-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する
-? - 使用法
短いヘルプを印刷する
- バージョン
バージョン番号を出力して終了します
処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。
プラグイン: 1d/スプラインbc
ミラー 境界上でミラーリングされるスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
繰り返す 境界で値を繰り返すスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
ゼロ 外側の値をゼロと仮定するスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
プラグイン: 1d/スプラインカーネル
bスプライン B スプライン カーネルの作成、サポートされているパラメータは次のとおりです。
d = 3; [0, 5] の整数
スプライン次数。
オモン OMoms-spline カーネルの作成、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
d = 3; [3, 3] の整数
スプライン次数。
プラグイン: 3次元画像/コスト
lncc マスキングサポートによるローカル正規化相互相関、サポートされているパラメータ
には次の値があります:
w = 5; [1, 256] の単位
局所交差の評価に使用されるウィンドウの半幅
相関。
mi スプライン parzen ベースの相互情報。サポートされているパラメータは次のとおりです。
cut = 0; [0, 40] の浮動小数点数
高強度と低強度でカットして削除するピクセルの割合
異常値。
ビンビン = 64; [1, 256] の単位
動画に使用されるヒストグラム ビンの数。
カーネル = [bspline:d=3]; 工場
動画パルゼン ヒンストグラム用のスプライン カーネル。 サポートされているプラグインについて
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。
ロビン = 64; [1, 256] の単位
参照イメージに使用されるヒストグラム ビンの数。
カーネル = [bspline:d=0]; 工場
参照画像パルゼン ヒストグラムのスプライン カーネル。 サポートされているプラグについては、
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。
ncc 正規化された相互相関。
(パラメータなし)
NGF この関数は、正規化された勾配に基づいて画像の類似性を評価します。
田畑。 正規化された勾配フィールド $ _S$ の src 画像と $ _R$ の
ref image さまざまなエバリュエーターが実装されています。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
評価する = ds; 口述
プラグインのサブタイプ (sq、ds、dot、cross)。 サポートされている値は次のとおりです。
ds ‐ スケール差の二乗
ドット ‐ スカラー積カーネル
クロス ‐ 外積カーネル
SSD 3D 画像のコスト: 差の二乗和、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
自動脱穀 = 0; [0, 1000] の浮動小数点数
強度値のみを取得して動画の自動マスキングを使用する
指定されたしきい値よりも大きいため。
ノルム = 0; ブール
メトリックを画像のピクセル数で正規化するかどうかを設定します。
ssd-自動マスク
3D 画像コスト: 差の二乗和、指定された値に基づく自動マスキング
しきい値、サポートされているパラメータは次のとおりです。
しき = 0; ダブル
参照画像の強度のしきい値。
スレッシュ = 0; ダブル
ソース画像の強度のしきい値。
プラグイン: 3D画像/IO
分析します 7.5画像を分析する
認識されるファイル拡張子: .HDR、.hdr
サポートされている要素タイプ:
符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号付き 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、
浮動小数点64ビット
データプール 内部データプールとの間の仮想IO
認識されるファイル拡張子: .@
ディコム 3D としての Dicom 画像シリーズ
認識されるファイル拡張子: .DCM、.dcm
サポートされている要素タイプ:
符号付き16ビット、符号なし16ビット
HDF5 HDF5 3D画像IO
認識されるファイル拡張子: .H5、.h5
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点
小数点32ビット、浮動小数点64ビット
インリア インリア画像
認識されるファイル拡張子: .INR、.inr
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
MHD MetaIO VTK 実装を使用した 3D 画像 IO (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .MHA、.MHD、.mha、.mhd
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
気の利いた NIFTI-1 3D画像IO
認識されるファイル拡張子: .NII、.nii
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点 32
ビット、浮動小数点64ビット
VFF VFF Sun ラスター形式
認識されるファイル拡張子: .VFF、.vff
サポートされている要素タイプ:
符号なし8ビット、符号付き16ビット
ビスタ 3Dビュー
認識されるファイル拡張子: .V、.VISTA、.v、.vista
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット
vti 3D 画像 VTK-XML の入力および出力 (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .VTI、.vti
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
VTK 3D VTK 画像のレガシー入力および出力 (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット
プラグイン: 3D画像/変換
アフィン アフィン変換 (12 自由度)、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
軸回転 制限された回転変換 (自由度 1)。 変換は
指定された回転を中心とした指定された軸の周りの回転に制限されます
サポートされているパラメーターは次のとおりです。
軸 =(必須、3dfvector)
回転軸。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
起源 =(必須、3dfvector)
変身の中心。
洗練された 制限付きアフィン変換 (自由度 3)。 変換は
指定された軸の周りの回転と XNUMX つの軸に沿ったせん断に制限されます
サポートされているパラメーターは次のとおりです。
軸 =(必須、3dfvector)
回転軸。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
起源 =(必須、3dfvector)
変身の中心。
堅い 剛体変換、つまり回転と並進 (XNUMX 自由度)。
サポートされているパラメータは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
起源 = [[0,0,0]]; 3dfベクトル
相対回転中心、つまり <0.5,0.5,0.5> は、
ボリューム。
回転 回転変換 (XNUMX つの自由度)。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
起源 = [[0,0,0]]; 3dfベクトル
相対回転中心、つまり <0.5,0.5,0.5> は、
ボリューム。
腐敗 制限付き変換 (4 自由度)。 変換は
x 軸と y 軸を中心とした回転と x 軸に沿った曲げに制限されています。
軸、各方向に独立しており、曲げは
回転軸からの二乗距離。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
ノーロット = 0; ブール
回転を最適化しません。
起源 =(必須、3dfvector)
変身の中心。
スプライン B スプライン係数のセットによって記述できる自由形式の変換
および基礎となる B スプライン カーネル。サポートされるパラメータは次のとおりです。
アニソラート = [[0,0,0]]; 3dfベクトル
ピクセル単位の異方性係数率。正でない値は次のようになります。
「rate」値で上書きされます。
debug = 0; ブール
追加のデバッグ出力を有効にします。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
kernel = [bspline:d=3]; 工場
変換スプライン カーネル。 サポートされているプラグインについては、
プラグイン:1d/スプラインカーネル
違約金 = ; 工場
変換ペナルティ エネルギー項。 サポートされているプラグインについては、
プラグイン:3dtransform/スプラインペナルティ
率 = 10; float in [1, inf)
ピクセル単位の等方性係数率。
翻訳する 平行移動 (自由度 XNUMX)、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
vf このプラグインは、それぞれの翻訳を定義する変換を実装します。
変換のドメインを定義するグリッドの点。サポートされています。
パラメータは次のとおりです。
境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc
画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
プラグイン: 3D変換/io
BBS 3D 変換のバイナリ (移植性のない) シリアル化 IO
認識されるファイル拡張子: .bbs
データプール 内部データプールとの間の仮想IO
認識されるファイル拡張子: .@
ビスタ 3D 変換の Vista ストレージ
認識されるファイル拡張子: .v、.v3dt
XML 3D 変換の XML シリアル化 IO
認識されるファイル拡張子: .x3dt
プラグイン: 3D変換/スプラインペナルティ
ディブカール 変換に対する divcurl ペナルティ。サポートされているパラメータは次のとおりです。
curl = 1; float in [0, inf)
カール時のペナルティウェイト。
div要素 = 1; float in [0, inf)
発散に対するペナルティの重み。
ノルム = 0; ブール
ペナルティを画像に関して正規化する必要がある場合は 1 に設定します。
サイズ。
重量 = 1; (0, inf) の浮動小数点
ペナルティエネルギーの重さ。
プラグイン: ミニマイザー/単一コスト
グダス 自動ステップ サイズ補正を使用した勾配降下。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。
最大ステップ = 2; (0, inf) を二重化します
最大絶対ステップ サイズ。
マキシター = 200; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。
最小ステップ = 0.1; (0, inf) を二重化します
最小絶対ステップ サイズ。
エクストラ = 0.01; double で [0, inf)
x に適用された変更の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。
gdsq 二次ステップ推定による勾配降下法、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。
グトラ = 0; double で [0, inf)
勾配の無限ノルムがこの値を下回る場合は停止します。
マキシター = 100; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。
階段 = 2; (1, inf) を二重化します
フォールバック固定ステップ サイズ スケーリング。
手順 = 0.1; (0, inf) を二重化します
初期ステップ サイズ。
エクストラ = 0; double で [0, inf)
x-update の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。
GSL GNU Scientific Library の multimin オプティマイザーに基づくオプティマイザー プラグイン
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/、サポートされているパラメータは次のとおりです。
EPS = 0.01; (0, inf) を二重化します
勾配ベースのオプティマイザ: |grad| の場合に停止します。 < eps、シンプレックス: 次の場合に停止します
片面サイズ < eps..
それより = 100; [1, inf) の単位
最大反復回数。
オプト = gd; 口述
使用する特定のオプティマイザー。サポートされている値は次のとおりです。
BFGS ‐ ブロイデン・フレッチャー・ゴールドファーブ・シャン
bfgs2 ‐ ブロイデン-フレッチャー-ゴールドファーブ-シャン (最も効率的なバージョン)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves 共役勾配アルゴリズム
gd ‐ 勾配降下法。
単体 ‐ Nelder と Mead のシンプレックスアルゴリズム
cg-pr ‐ Polak-Ribiere 共役勾配アルゴリズム
手順 = 0.001; (0, inf) を二重化します
初期ステップサイズ。
通行料 = 0.1; (0, inf) を二重化します
何らかの許容誤差パラメータ。
ない NLOPT ライブラリを使用したミニマイザー アルゴリズムについては、
オプティマイザーについては「」を参照してください。http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms '、サポートされているパラメータは次のとおりです。
フトラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の絶対変化が以下である
この値。
フトル = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の相対変化が以下である
この値。
より高い = inf; ダブル
より高い境界 (すべてのパラメータに等しい)。
ローカルオプト = なし; 辞書
メインに必要となる可能性のある局所最小化アルゴリズム
最小化アルゴリズム。サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
なし ‐ アルゴリズムを指定しない
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動
下側 = -inf; ダブル
下限 (すべてのパラメータに等しい)。
マキシター = 100; int in [1, inf)
停止基準: 反復の最大数。
オプト = ld-lbfgs; 口述
メインの最小化アルゴリズム。 サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
g-mlsl-lds ‐ マルチレベル単一リンケージ (低矛盾シーケンス、
ローカル勾配ベースの最適化と境界が必要)
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
アウグラグエク ‐ 等式制約を伴う拡張ラグランジアン アルゴリズム
の
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
g-mlsl ‐ マルチレベル単一リンケージ (ローカル最適化と
境界)
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
オーラグ ‐ 拡張ラグランジアンアルゴリズム
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動
ld-slsqp ‐ 逐次最小二乗二次計画法
手順 = 0; double で [0, inf)
勾配のないメソッドの初期ステップ サイズ。
stop = -inf; ダブル
停止基準: 関数の値がこの値を下回ります。
エクストラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての x 値の絶対変化がこれを下回る
の値です。
xtollr = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての X 値の相対変化がこれを下回っている
の値です。
実施例
image test.v を image ref.v affine に登録し、登録した画像を reg.v に書き込みます。 使用する
コスト関数として XNUMX つの多重解像度レベルと ssd。
mia-3drigidreg -i test.v -r ref.v -o reg.v -l 2 -f アフィン -c ssd
著者
ガート・ウォルニー
COPYRIGHT
このソフトウェアの著作権は 1999-2015 ライプツィヒ、ドイツおよびマドリード、スペインにあります。 来る
絶対的な保証はなく、GNU の規約に基づいて再配布できます。
GENERAL PUBLIC LICENSE バージョン 3 (またはそれ以降)。 詳細については、次のコマンドを使用してプログラムを実行してください。
オプション「--copyright」。
onworks.net サービスを使用してオンラインで mia-3drigidreg を使用する
