mincresample - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

mincresample - 新しい空間次元に沿って minc ファイルをリサンプリングします

SYNOPSIS

ミンクサンプル [ ]

DESCRIPTION

ミンクリサンプル 新しいボクセルを使用して、新しい空間次元に沿って minc ファイルをリサンプリングします。
ポジション。 入力ファイル内の各ボリューム (空間次元 xspace、yspace によって与えられます)
および zspace) は、コマンドライン オプションに従ってリサンプリングされます。 非空間次元は、
元の順序で保存されますが、空間次元を再順序付けして次のようにすることができます。
横方向、矢状方向、または冠状方向の画像。 新しいボクセル値は、トライ関数を使用して計算されます。
線形補間、トライキュービック補間、または最近傍補間。

WORLD コーディネート

世界座標は、物理的な原点を基準としたミリメートル座標を指します。
(スキャナーまたは解剖学的構造のいずれか)。 ボクセル座標は単に
特定のボクセルの画像ボリュームへのインデックス。 適切に指定するには
リサンプリング オプションを使用するには、MINC 座標変換がどのように機能するかを理解する必要があります。

MINC イメージ ボリュームの各次元は名前によって指定されます。空間次元は次のとおりです。
xspace、yspace、zspace。 規則では、正の xspace 座標は次の値から実行されます。
患者の左側から右側へ、正の yspace 座標は患者の後方から実行されます。
前方へ、および正の zspace 座標は下から上へ進みます。 それぞれについて
これらの空間次元の世界座標変換は、次のペアによって指定されます。
属性: ステップとスタート。 たとえば、xspace ワールド座標は x を使用して計算されます。
= v*step + start、x は x ワールド座標、v はボクセル数 (開始位置)
ゼロ）。 したがって、ステップ属性の大きさは、ボクセルとボクセルの間の距離を指定します。
step 属性の符号は軸の方向を指定します。

さらに工夫があります。MINC ファイルは、
寸法が指定された軸と完全に一致していません。 方向余弦が存在する可能性があります
軸の実際の方向を指定する属性。 たとえば、通常は xspace
次元はワールドの X 軸と一致する必要があります。 方向余弦 = (1,0,0); しかし、
方向余弦を (0.9, 0.43589, 0) にすることも可能です。

これらの属性 (step、start、direction_cosines) はボクセルからの変換を提供します。
座標を世界座標に変換します。 多数の要素やサンプルを組み合わせて、
軸に基づいて、出力サンプリングの場所についての完全な説明が提供されます。
ただし、データをリサンプリングするとき、私たちは世界の変化に関心を持つことがよくあります。
座標: MRI スキャナの座標系から PET スキャナの座標系へ、
たとえば、取得空間内のボリュームから標準化された座標内の座標まで
空。 この世界座標の変更は、
変換 (.xfm) ファイル。 したがって、一般に、リサンプリングには次の XNUMX つの処理が含まれます。
変換: 入力ファイルのボクセル座標からワールド座標へ
(入力ファイルで指定)、入力ワールド座標から出力ワールドまで
座標 (変換ファイルで指定)、および出力ファイルの世界から
座標をボクセル座標 (コマンドライン オプションで指定) に変換します。

一般に、方向余弦が使用されることはほとんどありません。軸の再方向は、
世界座標の変更 (変換ファイル)。 同様に、リサンプリング位置
(出力ワールドからボクセルへの変換) は、多くの場合、モデル ファイル (つまり、.
このファイルをそのファイルのように見えるようにリサンプリングします)。 多くのオプションがありますが、
変換の完全な仕様。通常はさらに詳細に指定する必要はありません。
そのうちのいくつかよりも。

OPTIONS

オプションは（一意である限り）省略形で指定できることに注意してください。
コマンドラインのどこにでも指定できます。

オプション

-2 MINC 2.0 形式の出力ファイルを作成します。

-クロバー
既存のファイルを上書きします。

-ノクロバー
既存のファイルを上書きしません (デフォルト)。

-詳細
計算された各スライスの進行状況情報を出力します (デフォルト)。

-静かな 進行状況情報を印刷しないでください。

再サンプリング 仕様

出力サンプリングを行うオプション (以下を除くすべて) -変身）は
コマンドラインに表示される順序で解析されます。 したがって、次のコマンド 状
ファイル.mnc -zn要素 34 -zstep 2 ファイル内のようなサンプルが得られます ファイル.mnc 焙煎が極度に未発達や過発達のコーヒーにて、クロロゲン酸の味わいへの影響は強くなり、金属を思わせる味わいと乾いたマウスフィールを感じさせます。
に沿って 34 mm の 2 個のサンプルを使用 zスペース 軸。 デフォルトのサンプリングは、
入力ファイル。任意の変換に従って変換されます。

-変身 ファイル.xfm
ワールド座標変換を与えるファイルを指定します (デフォルトは恒等式です)
変身）。

-invert_transformation
使用する前に変換を反転してください。

-noinvert_transformation
変換を反転しません (デフォルト)。

-tfm_input_sampling
入力サンプリングを変換します (によって指定された変換を使用します)。 -変身)
データとともにこれをデフォルトのサンプリング (デフォルト) として使用します。

-use_input_sampling
入力サンプリングをデフォルトのサンプリングとして、変換せずにそのまま使用します。
ただし、データは変換されています (古い動作)。

状 ファイル.mnc
出力ワールドをボクセル変換と数値に与えるモデル ファイルを指定します。
要素の数 (つまり、このファイルをそのファイルのように見えるように変換します)。

-standard_sampling
サンプリングを標準値 (開始 = 0、ステップ = 1、方向余弦点) に設定します。
適切な軸に沿って)。

-スペースタイプ 文字列
出力スペースの名前を設定します (通常は ネイティブ____ or タライラック_).

-タライラッハ
出力スペースの名前を talairach_ に設定します。

-単位 文字列
出力空間の単位を設定します。

-元 ox oy oz
最初のボクセルの座標を指定します。 これは開始値と同じではありません
方向余弦が標準外の場合。 また、スタートは単なるものではなく、
原点を軸に垂直に投影すると、平行投影になります。
(多次元の平行四辺形投影のように)。 変換が処理されます
このオプションで適切に実行されます。

-要素数 nx ny nz
世界の各次元に沿った要素の数。

-xn要素 nx
xspace 次元に沿った要素の数。

-yn要素 ny
yspace 次元に沿った要素の数。

-zn要素 nz
Zspace 次元に沿った要素の数。

-ステップ xステップ ステップ zステップ
世界の各次元に沿ってボクセル間を移動します。

-xstep xステップ
xspace 次元に沿ってボクセル間をステップします。

-ystep ステップ
yspace 次元に沿ってボクセル間を移動します。

-zstep zステップ
Zspace 次元に沿ってボクセル間をステップします。

-開始 xスタート 始めます zスタート
各ワールド次元に沿った最初のボクセルの中心の位置。

-xstart xスタート
xspace 次元に沿った最初のボクセルの中心の位置。

-ystart 始めます
yspace 次元に沿った最初のボクセルの中心の位置。

-zstart zスタート
Zspace 次元に沿った最初のボクセルの中心の位置。

-ディルコス x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
各世界軸の方向余弦。

-xdircos x1 x2 x3
xspace 次元の方向余弦。

-ydircos y1 y2 y3
yspace 次元の方向余弦。

-zdircos z1 z2 z3
zspace 次元の方向余弦。

次元 発注

デフォルトでは、元のディメンションの順序が保持されます。

-横方向
横方向のスライスを書き出します。

-矢状面
矢状スライスを書き出します。

-コロナル
冠状スライスを書き出します。

出力 データ type & 範囲

型、符号、および有効範囲のデフォルトでは、入力ファイルのものが使用されます。 タイプが次の場合
を指定すると、符号と有効範囲の両方がそのタイプのデフォルトに設定されます。 サインがあれば
を指定すると、有効な範囲が型と符号のデフォルトに設定されます。

-バイト 出力ボクセルを 8 ビット整数形式で保存します。

-ショート 出力ボクセルを 16 ビット整数形式で保存します。

-int 出力ボクセルを 32 ビット整数形式で保存します。

-長いです に取って代わられる -int.

-浮く 出力ボクセルを 32 ビット浮動小数点形式で保存します。

-ダブル
出力ボクセルを 64 ビット浮動小数点形式で保存します。

-署名済み
値を符号付き整数として書き出します (short および long のデフォルト)。 無視されました
浮動小数点型。

-署名なし
値を符号なし整数として書き出します (バイトのデフォルト)。 フローティングの場合は無視されます
ポイントの種類。

-範囲 分 マックス
出力ボクセル値の有効な範囲を指定します。 デフォルトは全範囲です。
タイプして署名します。 このオプションは浮動小数点値では無視されます。

-keep_real_range
入力ボリュームから実際の最小値と最大値を保持し、値が
出力でも同じ方法でスケーリングされます。 これは、ラベルをリサンプリングする場合に特に便利です
強度値の補間が意味をなさないボリューム。

-nokeep_real_range
各出力スライスの実際の最小値と最大値を再計算します。 これがデフォルトです。

ハンドリング of 未定義 （無効） ボクセル 値

-塗りつぶし 入力ボリュームの外側にある出力ボクセルの値は未定義です。 とき
-塗りつぶし オプションが使用されている場合、これらのボクセルには有効な値の範囲外の値が与えられます。
範囲 (タイプ、符号、および有効範囲が許可する場合は、有効な最小値未満)
他のソフトウェアで検出できること。 これらのボクセルの値は、
に含まれる 画像最大 & 画像分 変数。

-nofill
入力の外側のポイントにはゼロの実数値/物理値 (ボクセル値ではない) を使用します。
音量。 これらのポイントは計算に含まれます。 画像最大 & 画像分
変数。 これがデフォルトです。

-fillvalue フィル値
入力の外側のポイントの実数値/物理値 (ボクセル値ではない) を指定します
音量。 ポイントは計算に含まれません 画像最大 & 画像-
分 変数。

補間 オプション

-トリリニア
ボクセル間で三線形補間を実行します。 ボリュームのエッジは次の位置にあります。
次元の最初と最後のボクセルの中心。 これがデフォルトです。

-三立方体
ボクセル間でトライキュービック補間を実行します。 ボリュームのエッジは次の位置にあります。
次元の最初と最後のボクセルの中心。

-最近隣
ボクセル間で最近隣補間を実行します (つまり、次のボクセルに最も近いボクセルを見つけます)。
ポイントを指定し、その値を使用します)。 ボリュームのエッジは最初のボリュームのエッジにあります
および次元の最後のボクセル (中心 +/- 半分のボクセル分離)。

-sinc Thacker によって説明されているように、ボクセル間で再正規化されたウィンドウ シンク補間を実行します。
他。 JMRI 10:582-588 (1999)。

-幅 n
sinc 補間カーネルの半値幅を 1 ～ の範囲で指定します。
10. sinc カーネルの全幅は次のとおりです。 n * 2 + 1 なので、3 から 21 まで変化します。
デフォルト値は 5 で、全角は 11 になります。

-ハニング
sinc 補間機能を備えたハニング ウィンドウを使用します。 これがデフォルトです。

-ハミング
sinc 補間機能を備えたハミング ウィンドウを使用します。

ジェネリック オプション

-助けて コマンドラインオプションの概要を出力して終了します。

-バージョン
プログラムのバージョン番号を出力して終了します。

例

標準的なサンプリング グリッド上の標準化された空間で個人の脳をリサンプリングします。

mincresample Individual.mnc in_std_space.mnc \
-transformtransform_to_standard_space.xfm \
-like standard_sampling.mnc

MRI ボリュームを再サンプリングして PET ボリュームと一致させますが、解像度は高くなります。

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-mri_to_pet.xfm を変換します -pet.mnc のように \
-ステップ 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-要素数 256 256 64

横断ボリュームを矢状ボリュームに変換します。

mincresample 横断.mnc 矢状.mnc \
-矢状面 -最近接

256x256x64 (1x1x2mm) の横断ボリュームを 256x128x256 (1x1x1mm) の矢状ボリュームに変換します。

mincresample 横断.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zstep 1 -znelem 128

PET ボリュームでより詳細な軸方向のサンプリングを取得します。

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znelements 46

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