これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド mkdssp です。
プログラム：
NAME
mkdssp - PDB ファイル内のタンパク質の二次構造を計算する
SYNOPSIS
mkdssp [オプション] pdbfile [dsspfile]
DESCRIPTION
mkdssp プログラムは元々、Wolfgang Kabsch と Chris Sander によって設計されました。
二次構造の割り当てを標準化します。 DSSPは二次構造データベースです
Protein Data Bank (PDB) 内のすべてのタンパク質エントリーに対する割り当て (およびその他)
mkdssp PDB エントリから DSSP エントリを計算するアプリケーションです。 ご注意ください
それ mkdssp ありません 予測する 二次構造。
OPTIONS
呼び出す場合 mkdssp パラメーターが XNUMX つだけの場合、PDB ファイルとして解釈され、
プロセスと出力は標準出力に送信されます。 XNUMX 番目のパラメータが指定されている場合、これは
作成する DSSP ファイルの名前として解釈されます。 入力ファイルと出力ファイルの両方
名前には拡張子として .gz または .bz2 が付けられ、適切な圧縮が行われます。
-i, - 入力 ファイル名
ファイル名 PDB タンパク質構造データを含むフォーマットされたファイル。 これ
ファイルは、gzip または bzip2 で圧縮されたファイルである可能性があります。
-o, - 出力 ファイル名
ファイル名 DSSP 作成するファイル。 ファイル名が .gz または .bz2 で終わる場合は、
圧縮ファイルが作成されます。
-v, -詳細
診断情報を書き出します。
- バージョン
バージョン番号を出力して終了します。
-h, - 助けて
ヘルプ メッセージを出力して終了します。 のパーサー スクリプトが含まれるディレクトリ
夫人。
THEORY
DSSP プログラムは、与えられた二次構造の割り当てを計算することによって機能します。
タンパク質の 3D 構造。 これは、原子の位置を読み取ることによって行われます。
タンパク質（ATOM は PDB ファイルに記録）とそれに続く水素結合エネルギーの計算
すべての原子の間。 次に、各原子の最適な XNUMX つの水素結合を使用して、最も多くの水素結合が決定されます。
タンパク質の各残基の二次構造の可能性の高いクラス。
これは、タンパク質が次のことを実行できるようにするには、完全で有効な 3D 構造が必要であることを意味します。
二次構造を計算します。 DSSP には魔法はないので、たとえば、
3D 構造を持たない変異タンパク質の二次構造。
DSSP FILE FORMAT
各 DSSP ファイルのヘッダー部分は一目瞭然であり、いくつかの情報が含まれています。
PDB ファイルからコピーされ、計算中にいくつかの統計が収集されます。
二次構造。
ファイルの後半には、計算された二次構造情報が含まれています。
残基。 以下に各列の簡単な説明を示します。
コラム 名前 説明
───────────────── ───────────────
# mkdssp によってカウントされた残基番号
RESIDUE PDB ファイルで指定された残基番号
チェーン識別子が続きます。
AA アミノ酸を表す XNUMX 文字のコード。 これなら
文字は小文字です。これは、これが
システインは硫黄架橋を形成します。
この列の他のアミノ酸も同じです
小文字。
構造 これは複数のサブを含む複雑な列です
列。 最初の列には文字が含まれています
に割り当てられた二次構造を示します
この残留物。 有効な値は次のとおりです。
Code 説明
H アルファヘリックス
B ベータブリッジ
Eストランド
G ヘリックス-3
私ヘリックス-5
Tターン
Sベンド
以下は、次のことを示す XNUMX つの列です。
3 つのらせんタイプ (4、5、XNUMX) のそれぞれ
この残基が形成の候補であるかどうか
この螺旋。 あ > 文字は、それが開始することを示します
螺旋、数字はそのような螺旋の中にあることを示します
らせんと < 文字は、らせんの終わりを意味します。
次の列には S 文字が含まれています。
残留物は曲がる可能性があります。
次に、キラリティーを示す列があります。
そしてこれはプラスにもマイナスにもなり得ます
(つまり、アルファねじれは正であるか、
ネガティブ）。
最後の XNUMX つの列には、ベータ ブリッジのラベルが含まれます。
ここでの小文字は平行ブリッジを意味するため、
大文字は逆平行を意味します。
BP1 と BP2 最初と XNUMX 番目のブリッジ ペアの候補、これ
その後にシートを示す文字が続きます。
ACC この残基のアクセス可能性、これは
平方オングストロームで表される表面積
水分子によってアクセスされる可能性があります。
NH-->O..O-->HN XNUMX つの列で、各残基について
別の残基との水素結合エネルギー
現在の残基はアクセプターまたはドナーのいずれかです。
各列には XNUMX つの数値が含まれており、最初の数値は
現在の剰余からのオフセット
この水素結合のパートナー残基 (DSSP 内)
番号付け)、XNUMX 番目の数値は計算された値です
この水素結合のエネルギー。
TCO の C=O 間の角度の余弦。
現在の残基と前の残基の C=O。 ために
アルファヘリックス、TCO はほぼ +1、ベータシートの場合
TCO は -1 に近いです。 構造には使用されません
定義。
カッパ によって定義される仮想結合角 (曲げ角)
現在の残基の XNUMX つの C-α 原子
- 2、現在および現在 + 2。定義するために使用されます。
曲げ加工（構造コード「S」）。
PHI および PSI IUPAC ペプチド骨格のねじれ角。
X-CA、Y-CA、Z-CA C-アルファ座標
歴史
オリジナルの DSSP アプリケーションは、Wolfgang Kabsch と Chris Sander によって Pascal で作成されました。
このバージョンは、元のソース コードに基づいて C++ で完全に書き直されました。 いくつかのバグ
それ以来修正されており、アルゴリズムはあちこちで微調整されています。
すべて
コードはどうしても更新する必要があります。 最初に実装する必要があるのは、
パイヘリックスの認識が向上しました。 XNUMX 番目の改善は、角度依存を使用することです。
水素結合エネルギーの計算。
onworks.net サービスを使用してオンラインで mkdssp を使用する
