これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド plastimatch です。
プログラム：
NAME
plastimatch - 画像を登録、変換、ワープ、または操作します
SYNOPSIS
プラスティマッチ command [オプション]
DESCRIPTION
Plastimatch 実行可能ファイルは、2D または 3D 画像に対するさまざまな操作に使用されます。
画像の登録、ワーピング、リサンプリング、ファイル形式の変換など。 フォーム
オプションは、指定されたコマンドによって異なります。 使用可能なコマンドのリストが表示されます
コマンドライン引数を追加せずに「plastimatch」と入力するだけです。
$プラスチマッチ
Plastimatch バージョン 1.6.0-ベータ (5023)
使用法: plastimatch コマンド [オプション]
コマンド：
追加調整平均境界トリミング
比較、作成、変換、サイコロの差分
dmap dvh フィル フィルター ガンマ
ヘッダー ジャコビアン Mabs マスク プローブ
レジスタリサンプルスケールセグメント統計
シンセ synth-vf しきい値サムネイル ユニオン
ワープ xf 変換
特定のコマンドの詳細な使用方法については、次のように入力します。
プラスティマッチコマンド
プラスチマッチ 追加
当学校区の 加えます コマンドは、XNUMX つ以上のイメージを追加して出力イメージを作成するために使用されます。
入力画像の寄与は、重みベクトルを使用して重み付けできます。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch add [オプション] input_file [input_file ...]
オプション：
--average は、
入力ファイル (重みが指定されていない場合)、または
重みに 1/n を乗算します
- 出力出力画像
- 重さ重みのベクトルを指定します。 画像は
加算する前の重みを掛けます。
値
例
ファイル 01.mha、02.mha、03.mha を加算し、結果をファイルに保存するには
Output.mha を開くと、次のコマンドを実行できます。
プラスチマッチ追加 --output output.mha 01.mha 02.mha 03.mha
Output.mha を 2 * 01.mha + 0.5 * 02.mha + 0.1 * 03.mha にしたい場合は、次のようにする必要があります。
これを行う：
プラスティマッチ追加 \
--output 出力.mha \
--weight "2 0.5 0.1" \
01.mha 02.mha 03.mha
プラスチマッチ 調整する
当学校区の 調整します コマンドは、画像内の強度値を調整するために使用されます。 調整
使用可能な操作は、切り捨てと線形スケーリングです。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: プラスティマッチ調整 [オプション]
必須：
- 入力ディレクトリまたはファイル名を入力してください
- 出力出力画像
任意：
--pw-linear 区分的線形を形成する文字列
入力値から出力値へのマッピング、
「in1,out1,in2,out2,...」という形式
調整コマンドを使用すると、画像を区分的に線形調整できます。
強度。 --pw-linear オプションは、入力強度からマッピングを作成するために使用されます。
強度を出力します。 曲線内の入力強度は、左から右に向かって増加する必要があります。
文字列の右側にありますが、出力強度は任意です。
最初のペアよりも低い入力強度、または最後のペアが変換された後の入力強度は、
+1 の傾きで曲線を無限大に外挿します。 別の傾きになる可能性があります
の特別な入力値を指定することにより、正または負の無限大まで指定されます。
-inf と +inf。 この場合、ペアの XNUMX 番目の数値は曲線の傾きではなく、
出力の強度。
例
次のコマンドは、画像内のすべてのボクセルに 100 を追加します。
プラスチマッチ調整 \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--pw-linear "0,100"
次のコマンドは同じことを行いますが、次のコマンドで傾きを明示的に指定します。
外挿領域:
プラスチマッチ調整 \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--pw-linear "-inf,1,0,100,inf,1"
次のコマンドは、入力を [-1000,+1000] の範囲に切り捨てます。
プラスチマッチ調整 \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--pw-linear "-inf,0,-1000,-1000,+1000,+1000,inf,0"
プラスチマッチ 平均
当学校区の 平均 コマンドは、複数の入力画像の (加重) 平均を計算するために使用されます。
プラスチマッチと同じです 加えます --average オプションを指定してコマンドを実行します。
を参照してください プラスティマッチ 加えます コマンドライン引数のリストについては。
例:
次のコマンドは、XNUMX つの入力画像の平均を計算します。
プラスチマッチ平均 \
-- 出力ファイル.nrrd \
01.mha 02.mha 0.3.mha
プラスチマッチ オートラベル
当学校区の 自動ラベル コマンドは、機械学習を使用して識別する実験的なプログラムです。
CTスキャンでの胸椎。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch autolabel [オプション]
オプション：
-h, --help このヘルプ メッセージを表示します
- 入力入力画像ファイル名 (必須)
- 通信網トレーニングされたネットワーク ファイル名を入力します (必須)
- 出力出力CSVファイル名（必須）
プラスチマッチ 境界
当学校区の 境界 コマンドはバイナリ ラベル イメージを入力として受け取り、
画像の境界を出力として表示します。 境界はラベル内のボクセルとして定義されます
ラベルの外側に隣接するボクセルがあります。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch 境界 [オプション] input_file
必須：
- 出力出力画像のファイル名
プラスチマッチ クロップ
当学校区の 作物 このコマンドは、入力ファイルの長方形の部分を切り取って、その部分を保存します。
出力ファイルに。 コマンドラインの使用法は次のようになります。
用途：プラスティマッチクロップ[オプション]
必須：
--input=image_in
--output=image_out
--voxels="x-最小 x-最大 y-最小 y-最大 z-最小 z-最大" (整数)
ボクセルには XNUMX から始まるインデックスが付けられます。 つまり、画像のサイズがMの場合、
imes N imes P、x 値の範囲は 0 ～ M-1 でなければなりません。
例:
次のコマンドは、最初のボクセルを含むサイズ 10 imes 10 imes 10 の領域を選択します。
入力画像の位置 (5,8,12) にある出力画像:
プラスチマッチ作物 \
--input in.mha \
--出力出力.mha \
--ボクセル "5 14 8 17 12 21"
プラスチマッチ 比較
当学校区の 比較します このコマンドは、一方のファイルをもう一方のファイルから減算することによって XNUMX つのファイルを比較します。
差分画像の統計をレポートします。 XNUMX つの入力ファイルには同じ内容が含まれている必要があります
ジオメトリ (原点、寸法、ボクセル間隔)。 コマンドラインの使用法は次のようになります。
以下：
使用法: plastimatch 比較 image_in_1 image_in_2
例:
次のコマンドは、synth_2 から synth_1 を減算し、統計を報告します。
$ プラスティマッチは、synth_1.mha synth_2.mha を比較します
最小 -558.201904 平均 7.769664 最大 558.680847
MAE 85.100204 MSE 18945.892578
DIF 54872 NUM 54872
報告された統計は次のように解釈されます。
MIN 差分画像の最小値
AVE 差分画像の平均値
MAX 差分画像の最大値
MAE 差分画像の平均値
MSE 画像間の平均二乗差
DIF 異なる強度を持つピクセルの数
NUM 差分画像内のボクセルの総数
プラスチマッチ COMPOSE
当学校区の 構成します コマンドは XNUMX つの変換を構成するために使用されます。 コマンドラインの使用法は次のようになります。
以下：
使用法: plastimatch compose file_1 file_2 outfile
注: file_1 が最初に適用され、次に file_2 が適用されます。
outfile = file_2 または file_1
x -> x + ファイル_2(x + ファイル_1(x))
変換は、平行移動、リジッド、アフィン、itk B スプライン、
ネイティブ B スプライン、またはベクトル フィールド。 出力ファイルは常にベクトル フィールドです。
さらに、入力ファイルの少なくとも XNUMX つは次のいずれかである必要があるという制限があります。
ネイティブ B スプラインまたはベクトル フィールド。 この制限が必要なのは、この制限が必要であるためです。
出力ベクトルフィールドの解像度とボクセル間隔が選択されます。
例:
ベクトル場 (vf.mha) を使用して剛体変換 (rigid.tfm) を構成するとします。
出力変換が最初に剛体変換を適用することと同等になるように、および
ベクトル場 XNUMX 番目。
Plastimatch compose rigid.tfm vf.mha COMPOSITE_vf.mha
プラスチマッチ CONVERT
当学校区の 変換 コマンドは、ファイルをある形式から別の形式に変換するために使用されます。 一部として
変換プロセスの一環として、(線形または変形可能な) 幾何学的変換を適用することもできます。
入力画像に。 実際には、 変換 の単なるエイリアスです ワープ
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch 変換 [オプション]
オプション：
- アルゴリズムワーピングに使用するアルゴリズム。
「itk」または「ネイティブ」、デフォルトはネイティブです
--ctatts ct 属性ファイル (dij warper で使用)
--デフォルト値不明なピクセルに設定する値
値、デフォルトは 0
--dicom-with-uids 作成されたオブジェクトから UID を削除するには false に設定します。
dicom ファイル名、デフォルトは true
--dif dif ファイル (dij warper で使用)
--薄暗いボクセル単位の出力画像のサイズ「x [yz]」
--方向余弦
x、y、z 軸の方向。 特定
いずれかのプリセット値、
{identity,rotated-{1,2,3},sheared}、または 9
数字行列文字列「abcdefghi」
--用量スケールこの値で線量を調整します
- 修理済み固定画像 (出力サイズをこれに合わせる)
画像）
- 入力ディレクトリまたはファイル名を入力します。 になることができます
画像、構造セット ファイル (cxt または
dicom-rt)、線量ファイル (dicom-rt、
monte-carlo または xio)、dicom ディレクトリ、または
xioディレクトリ
--input-cxt cxtファイルを入力してください
--入力線量-ast アステロイド線量を入力してください
--入力線量-img 投与量を入力します
--input-dose-mc モンテカルロボリュームを入力します
--input-dose-xio XIO の線量を入力します
--入力プレフィックス構造セットのディレクトリを入力します
画像 (ファイルごとに XNUMX つの画像)
--input-ss-img 構造セットイメージファイルを入力します
--input-ss-list 構造セットリストファイルを入力します
名前と色が入っている
- 補間リサンプリング時に使用する補間、
最近傍を表す「nn」、または
「linear」はトライリニアの場合、デフォルトは
線形
--メタデータ患者メタデータ (これを使用できます)
オプションを複数回）、オプションが書き込まれました
「XXXX,YYYY=文字列」として
--モダリティモダリティメタデータ: {CT、MR、PT} など、
デフォルトはCTです
- 元最初の画像ボクセルの位置 (mm "xy)
z"
--出力カラーマップ使用できるカラーマップファイルを作成します
3Dスライサー付き
--output-cxt cxt形式の構造体セットファイルを出力する
--output-dicom dicomを含むディレクトリを作成し、
dicom-rt ファイル
--output-dij dij行列ファイルを作成する
--出力線量-img 線量画像ボリュームを作成する
--output-img 出力画像。 mha、mhd、nii、のいずれかになります。
nrrd、または ITK がサポートするその他の形式
--出力ラベルマップそれぞれの構造セットイメージを作成します
単一の構造としてラベル付けされたボクセル
--出力ポイントセット使用できるポイントセット ファイルを作成します
3Dスライサー付き
--出力プレフィックス別のイメージを含むディレクトリを作成する
構造ごとに
--output-prefix-fcsv
別のfcsvでディレクトリを作成します
構造ごとのポイントセット ファイル
--output-ss-img 構造セットイメージを作成します。
重なり合う構造を可能にする
--output-ss-list 構造セットリストファイルを作成する
名前と色が入っている
--出力タイプ出力画像のタイプ、{uchar,
ショート、フロート、...}
--output-vf 入力 xf からベクトル場を作成します。
--output-xio xio-formatを含むディレクトリを作成します
ファイル
--患者ID 患者 ID メタデータ: 文字列
- 患者名患者名のメタデータ: 文字列
--患者-pos 患者位置メタデータ: 次のいずれか
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--プレフィックス形式ラスター化された構造のファイル形式、
「mha」または「nrrd」のいずれか
--prune-empty 出力から空の構造を削除します
--referenced-ct UID の設定に使用される dicom ディレクトリと
--シリーズの説明
シリーズ説明メタデータ: 文字列
--simplify-perc 消去頂点のパーセント
出力ポリラインから
--間隔ボクセル間隔 (mm) "x [yz]"
--version プログラムのバージョンを表示します
--xf 画像をワープするために使用される入力変換
--xor-contours 重複する輪郭は XOR 演算する必要があります
or'dの代わりに
例
最初の例では、DICOM ボリュームを NRRD に変換する方法を示します。 DICOM画像
ボリュームを構成するものは単一のディレクトリに保存する必要があります。この例では、
「dicom-in-dir」と呼ばれます。 --output-type オプションが指定されていないため、出力は
type は入力 DICOM ボリュームのタイプと一致します。 出力ファイルの形式
(NRRD) はファイル名の拡張子から決定されます。
プラスチマッチ変換 \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd
この例では、さらに画像強度のタイプを float に変換します。
プラスチマッチ変換 \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--出力タイプ float
次の例は、出力イメージを別のジオメトリにリサンプリングする方法を示します。 の
--origin オプションは、画像の最初のボクセル (の中心) の位置を設定します。
--dim オプションはボクセルの数を設定し、--spacing オプションはボクセル間の距離を設定します。
ボクセル。 原点と間隔の単位はミリメートルであると仮定します。
プラスチマッチ変換 \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--origin "-200 -200 -165" \
--dim "250 250 110" \
--間隔「2 2 2.5」
一般に、出力ファイルのジオメトリを手動で指定するのは面倒です。 もしも
出力ファイルのジオメトリを既存のファイルと一致させたい場合は、これを行うことができます
--fixed オプションを使用します。
プラスチマッチ変換 \
--input dicom-in-dir \
--output-img outfile.nrrd \
--fixed Reference.nrrd
次の例では、DICOM RT 構造セット ファイルを画像に変換する方法を示します。
--output-ss-img オプション。 DICOM RT の構造はポリラインであるため、
ラスタライズして画像を作成します。 出力イメージのボクセルは 32 ビット整数です。
ボクセルが対応する領域にある場合、各整数の i^ 番目のビットの値は XNUMX になります。
ボクセルが構造の外側にある場合は値 XNUMX になります。 構造名
--output-ss-list オプションを使用して別のファイルに保存されます。
プラスチマッチ変換 \
--input 構造体.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt
前の例では、出力ファイルのジオメトリが指定されていませんでした。 とき
DICOM RT 構造セットのジオメトリが指定されていないため、ジオメトリと一致すると想定されます
輪郭に関連付けられた DICOM CT 画像の。 関連する DICOM CT 画像が
構造セット ファイルと同じディレクトリにある場合は、自動的に検索されます。
それ以外の場合は、 --dicom-dir オプションを使用して、plastimatch の場所を指定する必要があります。
プラスチマッチ変換 \
--input 構造体.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt \
--dicom-dir ../ct ディレクトリ
プラスチマッチ DICE
プラスチマッチ サイコロ ハウスドルフの Dice 係数を使用してバイナリ ラベル イメージを比較します。
距離、または輪郭平均距離。 入力画像はブール値として扱われます。
ゼロ以外の値はボクセルが構造の内側にあることを意味し、ゼロ値はボクセルが構造の内側にあることを意味します。
ボクセルは構造の外側にあります。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: プラスティマッチダイス [オプション] 参照画像 テスト画像
オプション：
--all ダイス、ハウスドルフ、および等高線の平均を計算します。
距離 (--dice --hausdorff と同等)
--輪郭平均)
--contour-mean 輪郭の平均距離を計算します
--dice ダイス係数を計算します (デフォルト)
--hausdorff ハウスドルフ距離と平均ハウスドルフを計算します。
距離
例:
次のコマンドは、mask1.mha と Mask2.mha の XNUMX つの統計すべてを計算します。
プラスティマッチダイス --all マスク1.mha マスク2.mha
プラスチマッチ 違い
プラスチマッチ 差分 コマンドは、あるイメージを別のイメージから減算し、出力をファイルとして保存します。
新しいイメージ。 XNUMX つの入力ファイルは同じジオメトリ (原点、寸法、ボクセル) を持つ必要があります。
間隔）。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: プラスティマッチの差分 image_in_1 image_in_2 image_out
例:
次のコマンドは、file1.nrrd から file2.nrrd を引いた値を計算し、結果を次の場所に保存します。
outfile.nrrd:
plastimatch diff file1.nrrd file2.nrrd outfile.nrrd
プラスチマッチ DMAP
プラスチマッチ dマップ コマンドはバイナリ ラベル イメージを入力として受け取り、距離を作成します
出力としてマップ画像。 出力画像は同じ画像ジオメトリ (原点、
寸法、ボクセル間隔）を入力画像として使用します。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch dmap [オプション]
必須：
- 入力ディレクトリまたはファイル名を入力してください
- 出力出力画像
任意：
- アルゴリズム使用されるアルゴリズムを指定する文字列
距離マップ計算の場合、次のいずれかです。
「マウラー」、「ダニエルソン」、または「itk-ダニエルソン」
(デフォルトは「ダニエルソン」です)
--inside-positive 構造内のボクセルは次のようになります。
正（デフォルトでは負）
--最大距離
これより長い距離を持つボクセル
数値の距離は切り捨てられます
この番号
--squared- distance の代わりに二乗距離を返します。
距離
例:
次のコマンドは、バイナリのラベルマップ イメージから距離マップ ファイル dmap.nrrd を計算します。
ラベル番号:
プラスチマッチ dmap --input label.nrrd --output dmap.nrrd
プラスチマッチ DRR
このコマンドは作成中です。
プラスチマッチ DVH
当学校区の DVH コマンドは、指定された線量画像と構造から線量値ヒストグラム (DVH) を作成します。
セットイメージ。 コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch dvh [オプション]
--input-ss-img ファイル
--input-ss-list ファイル
--input-dose ファイル
--output-csv ファイル
--input-units {gy,cgy}
- 累積的な
--num-bins
--ビン幅
必要な入力は、--input-dose、--input-ss-img、--input-ss-list、および --output-csv です。
入力線量の単位は Gy または cGy のいずれかでなければなりません。 DVH bin 値が生成されます
構造セット ファイル内で見つかったすべての構造。 出力は次のように生成されます。
OpenOffice.org または Microsoft Excel で読み取り可能な ASCII csv 形式のスプレッドシート ファイル。
デフォルトは、累積 DVH ではなく、差分 (標準) ヒストグラムです。
放射線治療で最も一般的です。 累積 DVH を作成するには、--cumulative オプションを使用します。
デフォルトでは、それぞれの幅が 256 Gy の 1 個のビンを作成します。 これらの値を調整できます
--num-bins および --bin-width オプションを使用します。
例:
単一の 2 Gy 部分の DVH を生成するには、幅 250 のそれぞれ 1 個のビンを選択します。
cGy。 入力線量がすでに cGy で指定されている場合は、次のコマンドを使用します。
プラスチマッチ dvh \
--input-ss-img 構造体.mha \
--input-ss-list 構造体.txt \
--input-dose dos.mha \
--output-csv dvh.csv \
--input-units CGY \
--num-bins 250 \
--ビン幅 1
プラスチマッチ フィル
当学校区の 埋める コマンドは、画像領域を一定の強度で塗りつぶすために使用されます。 地域
塗りつぶしはマスク ファイルによって定義され、マスク イメージ内の強度がゼロ以外のボクセルを持ちます。
満たされている。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: プラスティマッチフィル [オプション]
オプション：
- 入力ディレクトリまたはファイル名を入力します。 イメージになる可能性があります
または dicom ディレクトリ
- マスクマスク画像の入力ファイル名
--マスク値マスク内のピクセルに設定する値 (
"fill")、またはマスクの外側 ("mask" の場合)
- 出力出力ファイル名 (画像ファイルの場合) またはディレクトリ
(ディコム用)
- 出力フォーマットdicom 出力の場合、arg は「dicom」である必要があります
--出力タイプ出力画像のタイプ、{uchar、short、
浮く、 ...}
例
ファイル prostate.nrrd があり、前立腺の外側ではゼロ、非ゼロであるとします。
前立腺の内部。 前立腺を1000の強度で満たしながら、
次のコマンドを使用して、前立腺以外の領域を元の強度で表示します。
プラスチマッチ充填 \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--マスク値 1000 \
--マスク前立腺.nrrd
プラスチマッチ フィルタ
当学校区の filter コマンドは入力画像にフィルターを適用し、フィルター処理された画像をその画像として作成します。
出力。 フィルターは組み込みまたはカスタムのいずれかです。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch フィルター [オプション] input_image
オプション：
--ガボール・ク・フィブ内のインデックス i でガボール方向を選択します
長さ n のフィボナッチ螺旋。 として指定されます
"in" ここで、i と n は整数であり、i は
0からn-1まで
--ガウス幅均一ガウスの幅 (mm)
スムージングフィルター
- カーネルカーネルイメージのファイル名
- 出力出力画像ファイル名
--出力カーネル出力カーネルファイル名
- パターンフィルター タイプ: {gabor、gauss、kernel}、
デフォルトはガウスです
サポートされている組み込みフィルターは「gabor」と「gauss」です。 ガウスの場合、
ガウスは --gauss-width オプションを使用して制御できます。 ガボールフィルターは現在、
フィルタ方向の自動選択に限定され、フィルタ方向はほぼ均一に配置されます。
単位球。 カスタム フィルターは、カーネル ファイルを提供することによって指定されます。
イメージと融合しました。
例:
次のコマンドは、ファイル内の最初のガボール フィルターからフィルター処理された画像を生成します。
10 個のフィルターのバンク。:
plastimatch フィルター --pattern gabor Testing/rect-1.mha \
--gabor-k-fib "0 5" --output g-05.mha
プラスチマッチ ガンマ
当学校区の ガンマ コマンドは、いわゆるガンマ基準を使用して XNUMX つの画像を比較します。 ガンマ線
基準は、画像が参照画像内の特定の位置で類似していることを指定します
比較画像内に近くに同様の強度を持つボクセルが存在する場合。 どちらも地元の
このコマンドを使用して、ガンマとグローバル ガンマを実行できます。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: プラスティマッチ ガンマ [オプション] image_1 image_2
オプション：
--分析閾値
フロート内の線量の分析しきい値 (
たとえば、0.1% を適用するには 10 と入力します。
参考用量）。 最終閾値線量
これを乗じて(Gy)を計算します。
値と所定の基準線量（または
与えられない場合は最大用量）。 (デフォルトは
0.1）
--compute-full-region このオプションを使用すると、完全なガンマ マップが
画像領域全体にわたって生成される
（低線量領域でも）。 それは
このオプションを使用しないことをお勧めします
計算を高速化します。 それはありません
ガンマ通過率への影響。
--用量耐性線量のスケーリング係数
違い。 (たとえば、したい場合は 0.02 を入力します)
2% 線量差基準を適用)
（デフォルトは0.03）
--dta-tolerance 合意までの距離 (DTA) スケーリング
係数 (mm) (デフォルトは 3)
--ガンママックス計算するガンマの最大値。
値が小さいほど高速に実行されます (デフォルトは
2.0）
--固有のリサンプル
[mm]単位の間隔値。 参考資料
画像自体はこれによってリサンプリングされます
値 (注: 比較画像をリサンプリングすると、
ref-image はすでに固有です)。 引数の場合
0、このオプションは無効です。 (デフォルトは
-1.0）
--interp-search このオプションを使用すると、スマート補間が行われます。
付近のポイントで検索が使用されます。
基準点。 これにより、
細かいリサンプリングが必要です。 ただし、それは
計算に時間がかかります。
--local-gamma このオプションを使用すると、線量差は次のようになります。
局所線量に基づいて計算
違い。 それ以外の場合は、指定された参照
と呼ばれる用量が使用されます。
グローバルガンマ。
- 出力出力画像
--output-failmap バイナリ ガンマ評価のファイル パス
結果。
--出力テキストガンマ評価用のテキスト ファイルのパス
結果。
--基準線量以前の処方線量 (Gy)
線量許容範囲を計算します。 指定されていない場合は、
この場合、参照体積内の最大線量は次のようになります。
中古
--resample-nn このオプションを使用すると、最近傍は次のようになります。
線形補間の代わりに使用される
比較画像をリサンプリングする際に、
参考画像。 こんな方にはお勧めしません
より良い結果。
例:
ガンマ イメージは、デフォルトのパラメーターを使用して XNUMX つの入力イメージから生成されます。 この意志
参照画像の最大強度をガンマとして使用するグローバル ガンマになります。
正規化値。:
plastimatch gamma --output gamma.mha \
参照画像.mha 比較画像.mha
プラスチマッチ ヘッダ
当学校区の ヘッダ コマンドは、ボリュームに関する簡単なプロパティを表示するために使用されます。
画像のデータ型と画像のジオメトリ。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch ヘッダー [オプション] input_file [input_file ...]
オプション：
-h、--help このヘルプ メッセージを表示します
--version プログラムのバージョンを表示します
例:
mha、nrrd、dicom など、サポートされているファイル タイプのジオメトリを表示できます。 私たち
次のようにコマンドを実行できます。
$ plastimatch ヘッダー input.mha
型 = 浮動小数点数
平面 = 1
原点 = -180 -180 -167.75
サイズ = 512 512 120
間隔 = 0.7031 0.7031 2.5
方向 = 1 0 0 0 1 0 0 0 1
ヘッダー情報から、画像には 120 のスライスがあり、各スライスは 512 x であることがわかります。
512ピクセル。 スライス間隔は 2.5 mm、面内ピクセル間隔は 0.7031 mm です。
プラスチマッチ ヤコビアン
当学校区の ジャコビアン コマンドはベクトル場のヤコビアン行列式を計算します。 どちらか
ヤコビアンの行列式イメージ、またはその要約統計量を計算できます。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch jacobian [オプション]
オプション：
- 入力画像の入力ディレクトリまたはファイル名
--output-img 出力画像。 mha、mhd、nii、nrrd、のいずれかになります。
またはITKがサポートする他の形式
--出力統計出力統計ファイル。 .txt形式
例:
ベクトル フィールド ファイル vf.mha からヤコビアン行列式イメージを作成するには、次のコマンドを実行します。
プラスチマッチ ヤコビアン \
--input vf.mha --output-img vf_jac.mha
プラスチマッチ MABS エクステンション
当学校区の マブ コマンドは、マルチアトラスベースのセグメンテーション (MABS) 操作を実行します。 コマンド
いくつかのトレーニング モードの XNUMX つ、またはセグメンテーション モードで動作できます。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch mabs [オプション] command_file
オプション：
--atlas-selection アトラス選択のみを実行
--前処理アトラスを変換します
- 出力実行時の出力（非dicom）ディレクトリ
セグメンテーション
--output-dicom 実行時の出力 dicom ディレクトリ
セグメンテーション
--pre-align 前処理アトラス
- セグメントmabs を使用して指定された画像をセグメント化します
またはディレクトリ
--train 完全なトレーニングを実行して最適なものを見つけます
登録およびセグメンテーションパラメータ
--train-atlas-selection アトラス選択のみを実行します
--train-registration は、限定されたトレーニングを実行して、
最適な登録パラメータのみ
mabs コマンドを実行する前に、構成ファイルを作成する必要があります。
トレーニング データを適切なディレクトリ形式に整理します。 完全な説明については
コマンド ファイルの構文と使用例については、「 mabs_ガイドブック と
セグメンテーションコマンドファイル参照.
プラスチマッチ マスク
当学校区の mask コマンドは、画像領域を一定の強度で塗りつぶすために使用されます。 地域
塗りつぶしはマスク ファイルによって定義され、マスク イメージ内の強度がゼロのボクセルは次のようになります。
満たされました。 したがって、それは次の逆になります。 埋める
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: プラスティマッチマスク [オプション]
オプション：
- 入力ディレクトリまたはファイル名を入力します。 になることができます
画像または dicom ディレクトリ
- マスクマスク画像の入力ファイル名
--マスク値マスク内のピクセルに設定する値 (
"fill")、またはマスクの外側 ("mask" の場合)
- 出力出力ファイル名 (画像ファイルの場合) または
ディレクトリ (dicom 用)
- 出力フォーマットdicom 出力の場合、arg は「dicom」である必要があります
--出力タイプ出力画像のタイプ、{uchar、short、
浮く、 ...}
例
患者の外部ではゼロである、patient.nrrd というファイルがあるとします。
患者の体内ではゼロではありません。 患者の外側の領域を塗りつぶしたい場合は、
値が -1000 の場合は、次のコマンドを使用します。
プラスチマッチマスク \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--ネゲートマスク \
--マスク値 -1000 \
--マスク患者.nrrd
プラスチマッチ ML-変換
書かれる。
プラスチマッチ プローブ
プラスチマッチ プローブ コマンドは、画像の強度またはベクトル場を調べるために使用されます。
ボリューム内の XNUMX つ以上の位置での変位。 プローブの位置は次のとおりです。
--location オプションを使用してワールド座標 (mm 単位) で指定するか、イメージ インデックスとして指定します。
--index オプションを使用します。 位置またはインデックスが横にある場合は線形補間されます。
ボクセル間。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch プローブ [オプション] ファイル
オプション：
-i、--index ボクセル インデックスのリスト。
「ijk;ijk;...」
-l、--場所空間的位置のリスト。
「ijk;ijk;...」
このコマンドは、要求されたプローブごとに XNUMX 行を出力します。 各出力行には次のものが含まれます。
次のフィールド。:
PROBE# ゼロから始まるプローブ番号
INDEX ボクセルインデックスとしてのプローブの（分数）位置
LOC 世界座標でのプローブの位置
VALUE 強度 (ボリュームの場合) または変位
(ベクトル場の場合)
例:
インデックス オプションを使用して、座標 (2,3,4) での画像の強度と位置を確認します。
XNUMX つの異なる場所で画像の強度を確認するオプション:
プラスティマッチ プローブ \
--index "2 3 4" \
--location "0 0 0; 0.5 0.5 0.5" \
infile.nrrd
出力には XNUMX つのプローブ結果が含まれます。 各プローブにはプローブ インデックス、ボクセルが表示されます。
インデックス、ボクセルの位置、強度。
0: 2.00、3.00、4.00; -22.37、-21.05、-19.74; -998.725891
1: 19.00、19.00、19.00; 0.00、0.00、0.00; -0.000197
2: 19.38、19.38、19.38; 0.50、0.50、0.50; -9.793450
プラスチマッチ 新規登録
プラスチマッチ 登録 コマンドは、線形または変形可能な位置合わせを実行するために使用されます。
XNUMXつの画像。 コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch register command_file
コマンド ファイルは通常のテキスト ファイルで、単一のグローバル セクションと XNUMX つのグローバル セクションが含まれています。
またはそれ以上のステージセクション。 グローバル セクションは、文字列のみを含む行で始まります。
「[GLOBAL]」。各ステージは文字列「[STAGE]」を含む行で始まります。
グローバル セクションは、入力ファイル、出力ファイル、およびグローバル パラメーターを設定するために使用されます。
各ステージのセクションでは、処理の連続ステージを定義します。 完全な
コマンド ファイル構文の説明については、を参照してください。
登録コマンドファイル参照.
例
B-スプライン登録を使用して、image_2.mha に合わせて image_1.mha を登録する場合、
次のようなコマンド ファイルを作成します。
# コマンドファイル.txt
[グローバル]
固定=image_1.mha
移動=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt
[ステージ]
xform=bスプライン
impl=プラスティマッチ
スレッド化=openmp
max_its=30
正規化_ラムダ=0.005
グリッド_スペース=100 100 100
解像度=4 4 2
次に、次のように登録を実行します。
プラスティマッチレジスタコマンドファイル.txt
上記の例では、単一の登録ステージのみが実行されます。 やりたいなら
多段階登録の場合は、複数の [STAGE] セクションを使用します。 このような：
# コマンドファイル.txt
[グローバル]
固定=image_1.mha
移動=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt
[ステージ]
xform=bスプライン
impl=プラスティマッチ
スレッド化=openmp
max_its=30
正規化_ラムダ=0.005
グリッド_スペース=100 100 100
解像度=4 4 2
[ステージ]
max_its=30
グリッド_スペース=80 80 80
解像度=2 2 1
[ステージ]
max_its=30
グリッド_スペース=60 60 60
解像度=1 1 1
その他の例については、を参照してください。 画像登録_ガイドブック.
プラスチマッチ リサンプル
当学校区の リサンプル コマンドを使用して、画像のジオメトリを変更できます。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch リサンプル [オプション]
必須: --input=ファイル
--output = file
オプション: --subsample="xyz"
--fixed=ファイル
--origin="xyz"
--spacing="xyz"
--size="xyz"
--output_type={uchar,short,ushort,float,vf}
--interpolation={nn、線形}
--default_val=val
例:
--subsample オプションを使用すると、整数のボクセルを XNUMX つのボクセルにビン化できます。
たとえば、サイズ 3x3x1 ボクセルの立方体を XNUMX つのボクセルにビン化したい場合は、次のようにします。
以下をせよ。
プラスチマッチのリサンプル \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--サブサンプル「3 3 1」
プラスチマッチ SCALE
当学校区の 階段 コマンドは、各ボクセルに定数を乗算して画像またはベクトル フィールドをスケールします。
の値です。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch スケール [オプション] input_file
オプション：
- 出力出力イメージまたはベクトルフィールドのファイル名
- 重さこれによって入力画像またはベクトルフィールドをスケーリングします
値（浮動小数点）
例:
このコマンドは、画像強度 (またはボクセル長) が XNUMX 倍の出力ファイルを作成します。
入力値として:
プラスティマッチスケール --output output.mha --weight 2.0 input.mha
プラスチマッチ セグメント
当学校区の セグメント コマンドは、単純なしきい値ベースの分割を実行します。 コマンドラインの使用法は、
次のように与えられます。
使用法: プラスティマッチセグメント [オプション]
オプション：
-h, --help このヘルプ メッセージを表示します
- 入力入力画像ファイル名 (必須)
--下限しきい値下限しきい値 (ボクセルを含む)
この値を超える)
--output-dicom 出力 dicom ディレクトリ (RTSTRUCT 用)
--output-img 出力画像ファイル名
--上限しきい値上限閾値 (ボクセルを含む)
この値未満)
例:
水槽の CT 画像があり、次のような画像を作成したいとします。
水があるところはゼロ、空気があるところはゼロです。 次に、次のようにすることができます。
プラスティマッチ セグメント \
--water.mha を入力 \
--output-img 水ラベル.mha \
--下限しきい値 -500
代わりに DICOM-RT 構造セットを作成したい場合は、DICOM イメージを指定する必要があります。
入力として。 これにより、plastimatch は正しい患者を使用して DICOM-RT を作成できるようになります。
名前、患者ID、UID。 出力ファイルの名前は「ss.dcm」になります。
プラスティマッチ セグメント \
--input Water_dicom \
--output-dicom Water_dicom \
--下限しきい値 -500
プラスチマッチ STATS
plastimatch stats コマンドは、イメージに関するいくつかの基本的な統計を
を選択して、後処理画面に進みます。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch 統計ファイル [ファイル ...]
入力ファイルは、2D 投影イメージ、3D ボリューム、または 3D ベクトル フィールドのいずれかです。
例:
次のコマンドは、3D ボリューム synth_1.mha の統計を表示します。
$プラスティマッチ統計synth_1.mha
最小 -999.915161 平均 -878.686035 最大 0.000000 数値 54872
報告された統計は次のように解釈されます。
MIN 画像内の最小強度
AVE 画像内の平均強度
MAX 画像内の最大強度
NUM 画像内のボクセルの数
例:
次のコマンドは、3D ベクトル フィールド vf.mha の統計を表示します。
$プラスティマッチ統計 vf.mha
最小: 0.000 -0.119 -0.119
平均: 13.200 0.593 0.593
最大: 21.250 1.488 1.488
平均腹筋: 13.200 0.594 0.594
エネルギー: MINDIL -6.79 MAXDIL 0.166 MAXSTRAIN 41.576 TOTSTRAIN 70849
最小拡張: (29 19 19)
ヤコビアン: MINJAC -6.32835 MAXJAC 1.15443 MINABSJAC 0.360538
最小腹筋ヤコビアン: (28 36 36)
二次導関数: MINSECDER 0 MAXSECDER 388.82 TOTSECDER 669219
インセクター 1.524e+06
最大二次導関数: (29 36 36)
「Min、Mean、Max、Mean abs」に対応する行には、それぞれ XNUMX つの数値が含まれています。
x、y、z 座標に対応します。 したがって、これらの統計は次のように計算されます。
各ベクトルの方向を個別に設定します。
残りの統計は次のように説明されます。
MINDIL 最小拡張
MAXDIL 最大拡張
MAXSTRAIN 最大ひずみ
TOTSTRAIN 全ひずみ
MINJAC 最小ヤコビアン
MAXJAC 最大ヤコビアン
MINABSJAC 最小絶対ヤコビアン
MINSECDER 最小二次導関数
MAXSECDER 最大二次導関数
TOTSECDER 合計二次導関数
INTSECDER 積分二次導関数
プラスチマッチ シンセ
当学校区の シンセ コマンドで合成画像を作成します。 以下の種類の画像が表示されます
適切な --pattern オプションを指定して作成されます。 これらのパターンのそれぞれには、
テストに使用できる合成構造セットと合成用量。
· ドーナツ -- ドーナツ型の構造
· gauss -- ガウスぼかし
· グリッド -- 3D グリッド
· 肺 -- 腫瘍を備えた人工肺
·ect -- 均一な背景内の均一な長方形
· 球 -- 均一な背景内の均一な球体
· xramp -- x 方向に強度が線形に変化する画像
· yramp -- 強度が y 方向に線形に変化する画像
· zramp -- 強度が z 方向に線形に変化する画像
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: プラスティマッチシンセ [オプション]
オプション：
- バックグラウンド背景領域の強度
--シリンダー中心シリンダー中心の位置 (mm "x [y
z]"
--シリンダー半径シリンダーのサイズ (mm) "x [yz]"
--dicom-with-uids 作成されたオブジェクトから UID を削除するには false に設定します。
dicom ファイル名、デフォルトは true
--薄暗いボクセル単位の出力画像のサイズ「x [yz]」
--方向余弦
x、y、z 軸の方向。 特定
いずれかのプリセット値、
{identity,rotated-{1,2,3},sheared}、または 9
数字行列文字列「abcdefghi」
--ドーナツセンタードーナツの中心の位置 (mm) "x [yz]"
--ドーナツ半径ドーナツのサイズ (mm) "x [yz]"
--ドーナツリングドーナツリングの数 (2 つのリング)
伝統的なドーナツ）
--線量中心線量中心の位置 (mm "xyz")
--用量サイズ線量開口部の寸法（mm "x [y
z]"、または長方形の角の位置
mm単位「x1 x2 y1 y2 z1 z2」
- 修理済み固定画像 (出力サイズをこれに合わせる)
画像）
- 前景前景領域の強度
--ガボール・ク・フィブ内のインデックス i でガボール方向を選択します
長さ n のフィボナッチ螺旋。 指定
「in」として、i と n は整数、および
i は 0 と n-1 の間です
--ガウス中心ガウス中心の位置 (mm "x [y)
z]"
--ガウス-std ガウスの幅 (mm) "x [yz]"
- グリッドパターンボクセル単位のグリッド パターンの間隔 "x [yz]"
- 入力入力画像（合成パターンを付加）
既存のイメージ）
--肺腫瘍位置腫瘍の位置 (mm) "z" または "xyz"
--メタデータ患者メタデータ (これを使用できます)
オプションを複数回）
--ノイズ平均ガウスノイズの平均強度
--noise-std ガウスノイズの標準偏差
- 元最初の画像ボクセルの位置 (mm "xy)
z"
- 出力出力ファイル名
--output-dicom 出力 dicom ディレクトリ
--出力線量-img 出力線量画像のファイル名
--output-ss-img 出力構造セットイメージのファイル名
--output-ss-list を含む出力ファイルのファイル名
構造名
--出力タイプ出力画像のデータ型: {uchar,
short、ushort、ulong、float}、デフォルトは
フロート
--患者ID 患者 ID メタデータ: 文字列
- 患者名患者名のメタデータ: 文字列
--患者-pos 患者位置メタデータ: 次のいずれか
{hfs,hfp,ffs,ffp}
- パターン作成する合成パターン: {cylinder,
ドーナツ、線量、ガボール、ガウス、グリッド、肺、
ノイズ、rect、sphere、xramp、yramp、
zramp}、デフォルトはガウスです
--半影線量半影の幅 (mm)
--rect-size 長方形の幅 (mm) "x [yz]"、または
長方形の角の位置 (mm"x1)
x2 y1 y2 z1 z2"
--間隔ボクセル間隔 (mm) "x [yz]"
--球の中心球の中心の位置 (mm "xyz")
--球の半径球の半径 (mm) "x [yz]"
--ボリュームサイズ出力画像のサイズ (mm) "x [yz]"
例
水の中心をゼロ位置として、30 x 30 x 40 cm の立方体水ファントムを作成します。
表面：
プラスティマッチシンセ \
--パターン直角 \
--output_water_tank.mha \
--rect-size "-150 150 0 400 -150 150" \
--origin "-245.5 245.5 -49.5 449.5 -149.5 149.5" \
--間隔 "1 1 1" \
--dim "500 500 300"
XNUMX つの異なる腫瘍位置を持つ肺ファントムを作成し、dicom に出力します。
プラスティマッチシンセ \
-- 肺のパターン \
--output-dicom lung_inhale \
--肺腫瘍位置 "0 0 10"
プラスティマッチシンセ \
-- 肺のパターン \
--output-dicom lung_exhale \
--肺腫瘍位置 "0 0 -10"
プラスチマッチ シンセVF
当学校区の シンセvf コマンドは合成ベクトル場を作成します。 以下の種類のベクター
適切なオプションを指定することで、フィールドを作成できます。
· gauss -- ガウスワープ
· 放射状 -- 放射状の拡張または縮小
· 翻訳 -- 統一的な翻訳
· ゼロ -- どこでもゼロであるベクトル場
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch synth-vf [オプション]
オプション：
--薄暗いボクセル単位の出力画像のサイズ「x [yz]」
--方向余弦
x、y、z 軸の方向。 特定
プリセット値、{identity、
回転 - {1,2,3}、せん断}、または 9 桁
行列文字列「abcdefghi」
- 修理済みサイズを設定するために使用される入力画像
出力
--ガウス中心ガウスワープの中心の位置 "x [y
z]"
--ガウスマグガウス反りの変位の大きさ
mm "x [yz]"
--ガウス-std ガウス標準の幅 (mm) "x [yz]"
- 元最初の画像ボクセルの位置 (mm "xy)
z"
- 出力出力ファイル名
--radial-center 放射状ワープの中心の位置 "x [y
z]"
--radial-mag 半径方向の反りの変位の大きさ
mm "x [yz]"
--間隔ボクセル間隔 (mm) "x [yz]"
--ボリュームサイズ出力画像のサイズ (mm) "x [yz]"
--xf-gauss ガウス ワープ
--xf-radial 放射状の拡張 (または縮小)
--xf-trans mm「xyz」での均一な翻訳
--xf-zero ヌル変換
プラスチマッチ THRESHOLD
当学校区の しきい値 コマンドは、入力強度イメージからバイナリ ラベルマップ イメージを作成します。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: Plastimatch しきい値 [オプション]
オプション：
- その上この値を超えると出力の値が高くなります
- 下この値を下回ると出力の値が高くなります
- 入力ディレクトリまたはファイル名を入力してください
- 出力出力画像
- 範囲しきい値範囲のリストを形成する文字列
「r1-lo,r1-hi,r2-lo,r2-hi,...」という形式
任意の範囲内の強度を持つボクセルなど
範囲 ([r1-lo,r1-hi]、[r2-lo,r2-hi]、
...) 出力値が高い
例:
次のコマンドは、入力強度が次の場合に値 1 のバイナリ ラベル イメージを作成します。
100 と 200 の間、それ以外の場合は値 0。:
プラスティマッチのしきい値 \
--input 入力画像.nrrd \
--output 出力ラベル.nrrd \
--範囲「100,200」
プラスチマッチ サムネイル
当学校区の サムネイル コマンドは、軸方向スライスの XNUMX 次元サムネイル画像を生成します。
入力ボリューム。 出力イメージは整数スライスに正確に対応する必要はありません
番号。 スライス内の出力イメージの位置は常に中央になります。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch サムネイル [オプション] 入力ファイル
オプション：
- 入力ファイル
-出力ファイル
--サムネイル-薄暗いサイズ
--サムネイルの間隔のサイズ
--slice-loc の場所
例:
解像度 10 x 10 ピクセル、軸方向位置 0 の XNUMX 次元画像を作成します。
サイズ 20 x 20 mm:
プラスティマッチのサムネイル \
--input in.mha --output out.mha \
--サムネイル-ディム 10 \
--サムネイル間隔 2 \
--スライス-loc 0
プラスチマッチ 連合
当学校区の 組合 コマンドは、XNUMX つの入力イメージの論理結合であるバイナリ ボリュームを作成します。
いずれかの入力イメージのボクセルがゼロ以外の場合、出力イメージのボクセルの値は XNUMX になります。
または、両方の入力イメージでボクセルがゼロの場合は値がゼロになります。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: Plastimatch Union [オプション] input_1 input_2
オプション：
-h、--help このヘルプ メッセージを表示します
- 出力出力画像のファイル名
--version プログラムのバージョンを表示します
例:
次のコマンドは、XNUMX つの入力イメージを結合したボリュームを作成します。
プラスティマッチ ユニオン \
--output itv.mha \
フェーズ 1.mha フェーズ 2.mha
プラスチマッチ WARP
当学校区の ワープ コマンドは次のエイリアスです 変換。 参照してください プラスティマッチ 変換
コマンドラインパラメータのリスト。
例
Plastimatch レジスタによって生成された B スプライン係数を使用して画像をワープするには
コマンド (bspline.txt ファイルに保存) を使用して、次の操作を実行します。
プラスティマッチ ワープ \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--xf bspline.txt
前の例では、出力ファイルのジオメトリはジオメトリによって決定されました。
Bスプライン係数ファイル内の情報。 別のジオメトリにリサンプリングできます
--fixed、または --origin、--dim、および --spacing を使用します。
プラスティマッチ ワープ \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--xf bspline.txt \
--fixed Reference.nrrd
構造セットのイメージをワープする場合、整数ビットは構造に対応します。
メンバーシップがある場合は、線形補間ではなく最近傍補間を使用する必要があります。
補間。
プラスティマッチ ワープ \
--入力構造-in.nrrd \
--出力構造-out.nrrd \
--xf bspline.txt \
--補間nn
場合によっては、入力画像のジオメトリの外側にあるボクセルがワープされてしまうことがあります。
出力画像のジオメトリ。 デフォルトでは、これらの領域は
強度ゼロ。 これらの領域に別の値を選択するには、
--default-value オプション。
プラスティマッチ ワープ \
--input infile.nrrd \
-- 出力ファイル.nrrd \
--xf bspline.txt \
--デフォルト値 -1000
画像や構造物に加えて、3D スライサーからエクスポートされたランドマークも
ゆがんだ。
プラスティマッチ ワープ \
--input fix_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf bspline.txt
場合によっては、ベクトル場によって明示的に定義された変換を適用することが望ましい場合があります。
B スプライン係数を使用する代わりに。 これを可能にするために、 --xf オプションも受け入れます。
ベクトルフィールドボリューム。 たとえば、前の例では次のようになります。
プラスティマッチ ワープ \
--input fix_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf vf.mha
プラスチマッチ XF-変換
当学校区の xf-convert コマンドは変換タイプ間で変換します。 変換は次のいずれかになります。
B スプライン変換、またはベクトル場。 B スプラインには XNUMX つの異なる種類があります
変換フォーマット: plastimatch ネイティブ フォーマットと ITK フォーマット。 に加えて
変換タイプを変換する xf-convert コマンドはグリッド間隔を変更することもできます。
B スプライン変換。
コマンドラインの使用法は次のようになります。
使用法: plastimatch xf-convert [オプション]
オプション：
--薄暗いボクセル単位の出力画像のサイズ「x [yz]」
--グリッド間隔B スプライン グリッド間隔 (mm) "x [yz]"
- 入力xform ファイル名を入力してください (必須)
--nobulk itk_bspline の一括変換を省略します。
- 元最初の画像ボクセルの位置 (mm "xyz")
- 出力出力 xform ファイル名 (必須)
--出力タイプ作成する xform のタイプ (必須)、選択します
{bspline、itk_bspline、vf} から
--間隔ボクセル間隔 (mm) "x [yz]"
例:
B-スプライン変換をベクトル場に変換したいと考えています。 B スプライン変換が
ネイティブ形式では、ベクトル フィールドのジオメトリは、
変換ヘッダー:
プラスティマッチ xf-convert \
--input bspline.txt \
--output vf.mha \
-- 出力タイプ vf
同様に、ベクトル場を次のような B スプライン係数のセットに変換したい場合、
制御点の間隔は各方向に 30 mm です。
プラスティマッチ xf-convert \
--input vf.mha \
--output bspline.txt \
--出力タイプ Bスプライン \
--グリッド間隔 30
onworks.net サービスを使用してオンラインで Plastimatch を使用する
