これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 3 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド primerXNUMX_core です。
プログラム：
NAME
primer3_core - PCR 用のプライマーを設計します。
SYNOPSIS
プライマー3_コア [-format_output] [-strict_tags] [ 入力ファイル]
DESCRIPTION
primer3_core は、オリゴヌクレオチドを基準として考慮して、PCR 反応用のプライマーを選択します
融解温度、サイズ、GC含有量およびプライマーダイマーの可能性、PCR産物のサイズ、
ソース シーケンス内の位置制約、およびその他のさまざまな制約。
デフォルトでは、primer3_core は入力を受け入れ、XML 以前の Boulder-io 形式で出力を生成します。
プログラム間のデータ交換形式のためのテキストベースの入出力形式。 の
Boulder-io 形式と、primer3_core が理解するコマンドについては、
README ファイル。Debian システムでは次の場所にあります。 /usr/share/doc/primer3/.
OPTIONS
-format_output
シーケンスごとに、よりユーザー指向のレポートを印刷します。
-strict_tags
primer3_core は、認識できないタグをエコーし、無視します。
-strict_tags フラグがコマンド ラインで設定されている場合、primer3_core は
PRIMER_ERROR 出力タグ内のエラー、および追加情報を標準出力に出力します。
このオプションは、プライマーを組み込んだシステムのデバッグに役立ちます。
Note
古いフラグ -2x_compat はサポートされなくなりました。
EXIT ステータス コード
· 通常の動作では 0。
· 次の条件の場合は -1: 不正なコマンドライン引数、fflush できない
stdout、.for、.rev、または .int ファイルを (書き込みおよび作成のために) 開くことができません (おそらく
保護の問題のため）。
· メモリ不足の場合は -2。
· -3 空の入力。
· 「グローバル」入力タグの -4 エラー (PRIMER_ERROR のメッセージ)。
REFERENCE
Rozen、S.、Skaletsky、H。を引用してください。「一般ユーザーおよび一般ユーザー向けのWWWのPrimer3
生物学者プログラマー。」S.KrawetzおよびS.Misener編、Bioinformatics Methods and
分子生物学の方法シリーズのプロトコル。 ヒューマナプレス、ニュージャージー州トトワ、2000年、
ページ365-386。
onworks.net サービスを使用してオンラインで primer3_core を使用する
