これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド入門書です。
プログラム：
NAME
primers - PCR プライマーを選択するための primer3 の簡易バージョン
SYNOPSIS
プライマー -シーケンス セコール [-対象地域 範囲] [-最小サイズ 整数] [-最大サイズ 整数]
[-maxdifftm フロート] [-説明フラグ ブール値] [-numreturn 整数] -outfile アウトファイル
プライマー -助けて
DESCRIPTION
プライマー EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Nucleic：Primers」コマンドグループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス セコール
プライマーを選択する配列。 配列は 5' -> 3' で示される必要があります
NEW
-対象地域 範囲
XNUMXつ以上のターゲットが指定されている場合、合法的なプライマーペアは少なくともXNUMXつに隣接している必要があります
そのうちの。 ターゲットは、単純なシーケンスリピートサイト（たとえば、CAリピート）または
単一塩基対の多型。 値は、スペースで区切られたリストである必要があります
、 どこでペアはターゲットの最初の塩基のインデックスであり、
最後の例です。例: 50,51 は、2 位の 50 つの塩基を囲むプライマーが必要です
と51。
-最小サイズ 整数
プライマーの最小許容長。 0より大きく、以下である必要があります
最大サイズに。 デフォルト値：18
-最大サイズ 整数
プライマーの最大許容長（塩基単位）。 現在、このパラメータは
この制限は、Primer35 の最大オリゴ サイズによって決まります。
融解温度は有効です。 デフォルト値：27
-maxdifftm フロート
の融解温度間の最大許容（符号なし）差
フォワードおよびリバースプライマー。 デフォルト値：100.0
出力
-説明フラグ ブール値
このフラグが 0 以外の場合、LEFT-EXPLAIN および RIGHT-EXPLAIN の出力が生成されます。
Primer3 が検査したプライマー ペアの数に関する情報を提供することを目的としています。
さまざまな理由で廃棄された数に関する統計。 デフォルト値: N
-numreturn 整数
返すプライマーペアの最大数。 返されたプライマーペアは、
それらの「品質」、言い換えれば、目的関数の値による（
数字はより良いプライマーペアを示します）。 注意：このパラメータを大きく設定する
値を指定すると、実行時間が長くなります。 デフォルト値：5
-outfile アウトファイル
onworks.net サービスを使用してオンラインで Primerse を使用する
