これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド probabel.pl です。
プログラム：
NAME
probabel - XNUMX つの ProbABEL バイナリのラッパーで、その使用を簡素化します。
SYNOPSIS
確率 クロムスタート クロムストップ METHOD コホート MODEL 表現型 [その他のオプション]
DESCRIPTION
確率 は、XNUMX つの ProbABEL バイナリのラッパーです。 パリリニア, パロキスト, パコフ.
これは、ゲノムワイド関連研究 (GWAS) の実行を簡素化するために設計されています。
ユーザーの貴重な時間を次の XNUMX つの方法で確保します。
1) すべての染色体の回帰分析を実行します。 クロムスタート 〜へ クロムストップ.
2) 上記の XNUMX つのバイナリとは対照的に、 確率 ユーザーは必要ありません
必要な遺伝データ ファイルの場所を指定します。 彼らの場所は中心部にあります
構成ファイルで管理されます (/etc/probabel_config.cfg デフォルト）。
OPTIONS
必須 command ライン オプション
クロムスタート
分析を開始する染色体の番号。
クロムエンド
分析を終了する染色体の番号。
なお、単一の染色体の解析は、同じ番号を指定することで実行できます。
クロムスタート クロムストップ。 実際、これは X または Y の分析を実行する方法です。
染色体
METHOD どの回帰手法を使用するかは、次のいずれかです。 線形, ロジスティック、 or コフ.
コホート で定義されているコホートの名前。 /etc/probabel_config.cfg ファイル。 の使用
XNUMX つの実際の ProbABEL バイナリが知っている設定ファイルのコホート識別子
遺伝子型情報ファイル (投与量ファイルおよび/または確率) を見つける場所
ファイル）。
MODEL 使用する遺伝子モデル。 どちらでもよい --添加剤 加算モデルの場合
(剤形に遺伝子型データが必要)、または --全モデル すべての遺伝モデルを実行するには:
加法的、劣性、ドミナント、オーバードミナント、および 2df。
表現型
拡張子を除いた表現型ファイルの名前 (拡張子は次のようになります) .PHE！）
その他 オプション
(必須の) 前のオプションの後にリストされたオプションは、基礎となるオプションに渡されます。
バイナリ： パリリニア, パロキスト or パコフに応じて、 METHOD.
最も一般的に使用されるオプションは、 -o オプションの後にファイル名を指定すると、
出力ファイルのファイル名の先頭。
NEW オプション
-NS、 - 助けて 実行方法に関する追加のヘルプを取得する 確率。 この場合、他には何もありません
オプションを指定する必要があります。
例
これは、線形回帰と相加遺伝学を使用してゲノム全体の関連スキャンを実行します。
コホートのモデル 私の大規模コホート 表現型について 私の表現型:
probabel 1 22 線形 "My_Large_Cohort" --additive my_phenotype
onworks.net サービスを使用してオンラインで probabel.pl を使用する
