repeatoire - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

repeatoire - mauveAligner パッケージの一部

DESCRIPTION

許可 オプション：
--allow-redundant arg（= 1）
冗長なアライメントを許可しますか?

- 鎖 arg（= 1）
チェーンシード？

- 拡張する arg（= 1）
チェーンのギャップ拡張を実行しますか?

- 窓 引数 (=-1)
ギャップ拡張時に使用するウィンドウのサイズ

--ガポペン arg（= 0）
ギャップオープンペナルティ

--gapextend arg（= 0）
ギャップ延長ペナルティ

- NS arg（= 0.00800000038）
相同性への移行

- 助けて ヘルプメッセージを取得する

- 最高 arg (=procrast.highest) 最高スコアのアラインメントを含むファイル
各多重度について

--l arg（= 1）
最小繰り返し長さ

--大きな繰り返し arg（= 0）
大きな繰り返しを最適化する

--load-sml arg（= 0）
既存の SML ファイルをロードしてみますか?

--onlydirect arg（= 0）
同じストランド上のシードの一致のみを処理しますか?

--onlyextended arg（= 0）
拡張一致のみを出力しますか?

- 出力 argは
procrastAligner出力

--パーセントID arg（= 0）
最小繰り返しファミリー % ID

--小説サブセット arg（= 0）
新しいサブセットの一致を見つけますか?

--小説マッチ arg（= 1）
ギャップ拡張中に見つかった新しい一致を使用しますか?

--rmax arg（= 500）
最大反復多重度（最大コピー数）

--rmin arg（= 2）
最小反復多重度（最小コピー数）

--種子 argは
シード出力ファイル

- 順序 argは
FastAシーケンスファイル

--小さな繰り返し arg（= 0）
小さな繰り返しを最適化する

--スコアアウト argは
対応するスコアとアライメント情報の出力

- 固体 arg（= 0）
ソリッド/正確なシードを使用しますか?

--sp arg（= 0）
最小ペア合計アライメントスコア

- タンデム arg（= 1）
タンデムリピートを許可しますか?

--2ヒット arg（= 0）
ギャップエクステンションをトリガーするには、w 内で 2 回のヒットが必要ですか?

--u arg（= 0.00100000005）
無関係なものへの移行

--unalign arg（= 1）
非相同配列をアンアラインメントしますか?

--w arg（= 0）
最大ギャップ幅

--xmfa argは
XMFA形式の出力

--xml argは
XML形式の出力

--z arg（= 0）
シード重量

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