これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ロッドです。
プログラム：
NAME
ロッド - ボールとスティック モデル用の Raster3D プリプロセッサ
SYNOPSIS
ロッド [-h] [-b] [-半径 R] [-Bcolor Bmin Bmax]
ロッド 原子の色を記述するファイルや PDB 座標ファイルを読み取り、ファイルを生成します
Raster3D 記述子レコードが含まれています。 によって作成されたファイル ロッド に直接供給される可能性があります
レンダー または、他の Raster3D ユーティリティによって生成された記述子ファイルと組み合わせることができます。
例
残基タイプごとに色分けされた単純な結合のみのモデルを説明するには、次のようにします。
猫のマイカラー.pdb プロテイン.pdb | ロッド | レンダリング > mypicture.png
同じ分子を球と棒でレンダリングするには:
猫のマイカラー.pdb プロテイン.pdb | ロッド -b | レンダリング > mypicture.png
OPTIONS
-h
出力のヘッダーレコードを抑制します。 デフォルトでは ロッド 出力ファイルを生成します
スケーリングと処理オプションのデフォルトセットを含むヘッダーレコードから始まります。
当学校区の -h フラグはこれらのヘッダーレコードを抑制して、出力ファイルにのみが含まれるようにします
オブジェクト記述子。 このオプションは、一部のみを記述するファイルを作成する場合に便利です。
シーンであり、後で他の人が作成した記述子ファイルと結合されます
プログラム。
-b
デフォルトでは ロッド 結合のみについて説明します。 -b フラグを指定すると、次の位置に球が含まれます。
原子の位置も変化し、ボールとスティックの表現が得られます。
-半径 R
デフォルトでは ロッド ボンドを半径 0.2A の円柱として描画します。 半径オプションを使用すると、
この円筒半径を変更します。
-Bカラー Bmin Bmax
原子や残基の種類ではなく、B 値に基づいて色を割り当てます。 B <= の原子
Bmin は濃い青色になります。 B >= Bmax の原子は明るい赤色で表示されます。 原子を持つ
Bmin < B < Bmax には、青から青までのスペクトル全体で滑らかにシェーディングされる色が割り当てられます。
赤。
DESCRIPTION
への入力 ロッド 色情報とアトミックを含む単一のテキストファイルで構成されています
PDBデータバンク形式の座標。 座標はRaster3D記述子として出力されます
説明されているCOLOレコードに従って割り当てられた色と球の半径を持つレコード
下。 球と棒の数字には、0.2 * ヴァンダーワールス半径で描かれた原子があり、次のように接続されています。
デフォルトの 0.2A の円筒半径を持つロッド。 近くにある原子には結合が引かれます
相互に 0.6 * (ヴァンダーワールス半径の合計) を超えます。 デフォルトでは、出力ファイルには以下が含まれます
によって要求されるヘッダー レコードのセット レンダー プログラム。 ヘッダーは次のように構成されています
ファイルに含まれる変換行列に対応するTMAT行列を含める
セットアップマトリックス （存在する場合）、またはファイルに含まれるオイラー角 セットアップ角度 （if
それが存在します）。
マッチングプロセスを使用して原子に色が割り当てられ、その前にCOLORレコードが追加されます
入力 PDB ファイル。 入力ファイルに COLOR レコードが存在しない場合、原子は
デフォルトの CPK カラー (C=グレー、O=赤、N=青、S=黄、P=緑、その他=マゼンタ) を受け取ります。
Raster3D は、上記と同じ基本レイアウトを持つ疑似 PDB レコード タイプを使用しますが、
最初の 4 列の COLO:
コラム
1〜4コロ
7-30マスク（以下に説明）
31-38赤いコンポーネント
39-46緑の成分
47-54青いコンポーネント
55〜60ファンデルワールス半径（オングストローム）
61-80コメント
赤、緑、および青のコンポーネントは、X、Y、およびZと同じ位置にあることに注意してください。
ATOMまたはHETAレコードのコンポーネントであり、ファンデルワールス半径が
占有。 赤、緑、青のコンポーネントはすべて0から1の範囲にある必要があります。
マスクフィールドは、次のようにマッチングプロセスで使用されます。 最初にプログラムが読み込まれ、
すべての ATOM、HETA、COLO レコードを入力順に保存します。 その後、それぞれを通過します
保存されている ATOM/HETA レコードを順番に取得し、ATOM/HETA に一致する COLO レコードを検索します。
列 7 ～ 30 のすべてにレコードが含まれています。最初に見つかったそのような COLO レコードによって決定されます。
原子の色と半径。
XNUMX つの COLO レコードで複数の色と半径の仕様を提供できるようにするため、
XNUMXつのアトム（たとえば、残基またはアトムタイプ、またはラベルが可能なその他の基準に基づく）
7列目から30列目までのどこかに指定されている場合、「＃」記号はワイルドカードとして使用されます。 つまり、
COLO レコードの # は、ATOM または HETA の対応する列の任意の文字と一致します。
記録。 他のすべての文字は、一致としてカウントするために文字通り一致する必要があります。 に注意してください
入力の最後のCOLOレコードには、7から30までのすべての列に＃記号が含まれている必要があります。
ATOM/HETAレコードが以前のレコードと一致しない原子の色を提供するため
コロレコード。 マスクを色の仕様に合わせるというこのアイデアは、Colin によるものです。
ブロートン。
ENVIRONMENT
ファイルsetup.matrixおよびsetup.anglesが存在する場合、それらは生成されるヘッダーレコードに影響を与えます
by ロッド.
SOURCE
ウェブ URL：
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html
連絡先：
イーサンAメリット
ワシントン大学、シアトルWA 98195
[メール保護]
onworks.net サービスを使用してオンラインでロッドを使用する
