これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド snp-sites です。
プログラム：
NAME
snp-sites - マルチ Fasta アライメント ファイルから SNP サイトを検索します
SYNOPSIS
snp_sites [-mvph] [-o 出力ファイル名] [入力ファイル]
DESCRIPTION
このアプリケーションは、マルチ fasta アライメントを取得し、すべての SNP サイトを見つけて出力します。
次のいずれかの形式の SNP サイト:
マルチファスタアライメント、VCF、リラックスフィリップフォーマット。
OPTIONS
-m
マルチ Fasta アライメント ファイルを出力します (デフォルト)
-v
VCFファイルを出力する
-p
philipファイルを出力する
-o
出力ファイル名を指定する
-h
このドキュメント
-V
バージョンを表示して終了
例
snp-sites my-alignment.aln
snp-sites my-gzipped-alignment.aln.gz
FORMAT OF 、 入力 FILE
入力ファイルは次のようになります。
>参照シーケンス
ああああああ
>比較シーケンス
AACCGGTT
>別の比較シーケンス
AACCGCTT
その他の例については、以下を参照してください。
https://github.com/sanger-pathogens/snp_sites/tree/master/tests/data
onworks.net サービスを使用してオンラインで SNP サイトを使用する
