これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ステラです。
プログラム：
NAME
星 - SwifT Exact Local AligneR
SYNOPSIS
恒星 [オプション]
DESCRIPTION
STELLAR は、SWIFT フィルター アルゴリズム (Rasmussen et al.、2006) と
ローカル アライメント、ギャップ X ドロップを適用する SWIFT ヒットの検証ステップ
拡張、および最長のイプシロン一致の抽出。
STELLAR への入力は XNUMX つのファイルで、それぞれに FASTA の XNUMX つ以上のシーケンスが含まれています。
フォーマット。 ファイル 1 の各シーケンスは、ファイル 2 の各シーケンスと比較されます。
ファイル 1 のシーケンスはデータベースとして使用され、ファイル 2 のシーケンスはクエリとして使用されます。
(c) 2010-2012 ビルテ・ケール
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示します。
- バージョン
バージョン情報を表示
主なオプション:
-e, --イプシロン NUM
最大エラー率 (最大 0.25)。 [0.0000001..0.25] の範囲内。 デフォルト: 0.05。
-l, --minLength NUM
イプシロン一致の最小長。 [0..inf] の範囲内。 デフォルト: 100。
-f, - 前方
データベースの前方ストランドのみを検索します。
-r, - 逆行する
データベースの逆補完のみで検索します。
-a, - アルファベット STR
入力シーケンスのアルファベットの種類 (dna、rna、dna5、rna5、protein、char)。 DNAのひとつ、
DNA5、RNA、RNA5、タンパク質、および炭化物。
-v, -詳細
詳細モードを設定します。
フィルタリングオプション：
-k, --kmer NUM
q-gram の長さ (最大 32)。 範囲は [1..32] です。
-rp, --repeatPeriod NUM
フィルタリングされる低複雑さの繰り返しの最大期間。 デフォルト: 1。
-rl, --repeatLength NUM
フィルタリングされる低複雑さの繰り返しの最小長。 デフォルト: 1000。
-c, --豊富カット NUM
k-mer過剰量のカット率。 範囲は [0..1] です。 デフォルト: 1。
検証オプション:
-x, --xドロップ NUM
エクステンションの最大の X ドロップ。 デフォルト: 5。
-vs, - 検証 STR
検証戦略：exact、bestLocal、bandedGlobal のいずれか、exact、bestLocal、
そしてbandedGlobal。 デフォルト: 正確。
-DT, --disableThresh NUM
XNUMX つのクエリの検証を無効にする前に検証された一致の最大数
シーケンス (デフォルトは無限)。 [0..inf] の範囲内。
-n, --numMatches NUM
クエリおよびデータベースごとに保持される一致の最大数。 STELLARがもっと見つけたら
一致した場合、最も長いものだけが保持されます。 デフォルト: 50。
-s, --sortThresh NUM
重複の削除をトリガーする一致の数。 より小さい値を選択してください
スペースを節約します。 デフォルト: 500。
出力オプション：
-o, - アウト FILE
出力ファイルの名前。 有効なファイルタイプは、gff と txt です。 デフォルト: stellar.gff。
-od, --outDisabled FILE
無効なクエリ シーケンスの出力ファイルの名前。 有効なファイルタイプは次のとおりです: fa および
ファスタ。 デフォルト: Stellar.disabled.fasta。
参考文献
Kehr, B.、Weese, D.、Reinert, K.: STELLAR: 高速かつ正確なローカル アライメント。 BMC
バイオインフォマティクス、12(Suppl 9):S15、2011。
VERSION
恒星バージョン: 1.3 最終更新日 2012 年 XNUMX 月
onworks.net サービスを使用してオンラインで Stellar を使用する
