xbs - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

xbs - ボールとスティックの分子モデリング

SYNOPSIS

xbs [-id] [-h] [-geo gg] [-sc x] [-色]
[-NS タイトル] [-bw] [-st] [-rv] [-autocolor]
[-hh]

DESCRIPTION

xbs X ウィンドウ グラフィックスを使用してボール アンド スティック プロットを作成します。 座標を読み取って、
入力ファイルからのその他のデータ id.bs (ch4.bs など) と、場合によっては異なる「フレーム」
補助移動ファイルからの座標のシフト イイド.mv (ch4.mv など)。 デフォルトのファイル
Debian ディストリビューションでは、in.bs と in.mv にある入力ファイルとスクリプトの例を参照してください。
/usr/share/doc/xbs/examples。

OPTIONS

-ジオ gg
ウィンドウのジオメトリを設定する

-sc x
スケール係数を設定する

-t タイトル
ウィンドウのタイトルを設定する

-色
色を使う

-bw 白黒、スムーズグレー

-st 白黒、点描グレー

-rv 色を反転する

-オートカラー
自分の色を選んだ

-ああ 長いお手伝い

-ジオ gg
ウィンドウのジオメトリを設定する

入力 FORMAT

単純なケースでは、ファイル ch4.bs は次のようになります。

アトムC 0.000 0.000 0.000
原子 H 1.155 1.155 1.155
原子 H -1.155 -1.155 1.155
原子 H 1.155 -1.155 -1.155
原子 H -1.155 1.155 -1.155

スペックC 1.000 0.7
スペック H 0.700 1.00

債券CC 0.000 4.000 0.109 1.00
債券 CH 0.000 3.400 0.109 1.00
債券 HH 0.000 2.800 0.109 1.00

これにより、座標が次の形式で設定されます。
原子種xyz

各原子種を次の形式で描画する方法
仕様名 半径の色

結合を描画する方法は、結合名 1 名 2 最小長最大長半径色という形式で表示されます。

移動ファイルには、次のような追加のフレームが含まれています。

フレーム これはフレーム番号 XNUMX です
0.000 0.000 0.000 1.155 1.155 1.155 -1.155 -1.155 1.155
1.155 -1.155 -1.155 -1.155 1.155 -1.155

キーワード「フレーム」の後に識別文字列が来て、次にすべての座標が来ます。
原子。 改行は座標間のどこにでも出現できます。

他の入力行、つまりパラメータを設定する行も使用できます (以下を参照)。
例: 「inc 5」は、回転の増分を 5 度に設定します。

どちらのファイルでも、* で始まる行と空白行はコメントです。

USAGE

「xbs ch4」でプログラムを開始すると、選択したものによってプロットを直接制御できます。
キー。 たとえば、分子を回転するには、カーソル キーと「、」、「.」キーを使用します。 の
最後の XNUMX つは、矢印のように見える「<」と「>」の下にあるため選択されました。 ステップへ
フレーム間を移動して「ムービー」を表示するには、「[」キーと「]」キーを使用します。 他の多くのキーは次のとおりです。
直接機能するように定義されています。 より複雑な機能は、「i」を押して実行します。
入力行を入力し、コマンドを入力します。 「xbs -hh」を使用してキーに関する情報を取得し、
コマンド。

サイズ変更: キー「+」および「-」を使用すると、プロットを拡大または縮小できます。

視点: キー p で視点を切り替えます。 デフォルトはオフです。 疑似視点の場合、
球のサイズは閲覧者までの距離によって異なりますが、ページ上の位置は異なります。
変更なし。 正確な遠近感を得るには、サイズと位置の両方が変わります。 強さ
遠近効果の程度は観察者までの距離に依存します。これを図に示します。
ステータスライン。 キー「d」および「D」で変更するか、コマンドで直接設定できます。
「ディスト」。 (注: 近づきすぎて視点を原子の中に置くと、プログラムは
宇宙全体を色付けしようとしますが、これには非常に時間がかかります)。

照明: コマンド「gramplopemiddle」は、指数関数的に後ろの原子をグレーアウトします。
ランプ。 コマンド「light xyz」は、ベクトルに沿って光が当たっているかのように、原子に影を付けます。
(x、y、z)。 これらのコマンドは白黒モードでのみ機能します。 通常のカラーリングに戻すには、
引数なしで「gramp」または「light」と入力します。

位置決め: キーパッド キー 8,6,4,2、XNUMX、XNUMX、XNUMX は、増分 dpos だけプロットを移動します (これは、
コマンド「dpos」によって設定されます）。 キーパッド キー「*」は、現在位置を「ホーム」として保存します (または、
ホームポジションを直接設定するにはコマンド「pos」を使用します)。 キーパッドのキー 7 は、プロットをホームに移動します。
位置はウィンドウの中心を基準にしています。

保存: コマンド「save」はデータをファイル (デフォルトは Save.bs) に書き込みます。 複数ある場合
フレームに移動ファイルも書き込まれます。 「save」コマンドにはいくつかのオプションがあります。以下を参照してください。

印刷: コマンド「print」は、出力をポストスクリプトファイルに書き込みます。デフォルトでは、
「Bs.ps」。 印刷ファイルは、明示的に閉じるまで開いたままになります。 このようにしていくつかのプロット
キーパッドのカーソルキーを使用してサブプロットを移動し、同じページに重ね合わせることができます。
ページ上で。 「print」コマンドにはいくつかのオプションがあります。以下を参照してください。

オンラインによる ヘルプ

「xbs -h」および「xbs -hh」と入力すると、それぞれ短いヘルプが表示されます。

xbs を起動した後、「h」キーを押すと概要が切り替わります。 これは現状と同じ情報です
「xbs -hh」で取得されます。

入力行で、「help print」または「print ?」を使用します。 または、「print -h」を使用してヘルプを表示することもできます。
(この場合は) print などの特定のコマンド。 このヘルプには、考えられるオプションも示されています
コマンド用。

スペースバーは、ウィンドウに書き込まれるプロットに関する追加情報を切り替えます。

コマンド

1。 色：

- 色は 0 ～ 1 の数値 (グレー値)、または XNUMX つの数値のいずれかで指定します。
0 から 1 (赤、緑、青の値または RGB) の間、またはファイルの色の名前として
/usr/lib/X11/rgb.txt (または同様のもの)。

- 入力ファイルでは、各種または結合の色が次の XNUMX つの方法で設定されます。

- 次の xbs オプションは色に関連しています: -color 色を有効にする (デフォルト) bw
グレーのみを使用します -st グレーのみを使用し、いくつかの値から点描します -rv すべてを反転します
色 - 独自の色を自動選択します。 これらはアップデートで対話的に変更できます
指図。 一貫性を保つために、黒は 0、白は 1 になりました。 -rv オプションでこれを切り替えます。
-bw または -st を使用する唯一の理由は、コマンド「light」と「gramp」が機能しないことです。
色付き。

- 「-auto」オプションは、標準的な方法で原子に色を付けるために使用されます。 これらの色は、
ファイルsubs.hのルーチン「set_auto_colors」で設定します。 種ラベル (つまり Pd3) から開始します。
または Mg-a) 先頭のアルファ部分が抽出され大文字に変換されます (つまり、PD または MG)。
文字列は色を選択するために使用されます。 自分の好きな色を入れてみるというアイデアです。
ルーチンを実行してから xbs を再コンパイルします。

- コマンド「color」は、原子の色を対話的に変更します。 「カラー C* グリーン」
一致するすべての種の色を変更します。 種の色を表示するには、
色を指定せずにコマンドを実行します (例: 'color C1' または 'color C-a')。

- 「save」コマンドでデータを保存すると、現在の色（「color」で設定した色）
文字列として保存されます。 「save -rgb」を使用すると、色の代わりに RGB 値が書き込まれます。
名前。 -rv オプションを使用すると、反転した色が RGB 値として保存されます。

2. 一部のコマンドにはオプションがあります。 印刷、保存、更新。 例えば：

print -T 印刷してタイトルとして情報を追加します

print -t 'text .... ' テキストをタイトルとして印刷して配置します

update -rv 更新しますが、元に戻すスイッチをオンにします

更新 +rv 更新しますが、反転をオフにします

update -bw 更新しますが、黒/白に切り替えます

save -rgb カラーを RGB 値として保存します

save -step n で n 番目のフレームごとにのみ保存します
(大きな .mv ファイルを圧縮するのに適しています)。

オプションを表示するには、入力行で「help update」などを使用します。

3. 原子ラベルのパターン マッチング: * は任意の文字列、+ 任意の文字に一致します。
これは、「color」コマンドと入力ファイルの「bonds」行で使用できます。
(どのような結合が描画されるかを決定します)。 たとえば、「bonds C* H* ...」はすべてを選択します。
間の絆
C1 や H34 などの原子、および「bonds * * ...」はすべてのペアを選択します。

4. その他のさまざまな変更:

- キー「a」は軸の方向を表示します。

- キー「n」は原子名または原子番号を表示します。 キー「c」は座標を示します。

- ポストスクリプト印刷ファイルを閉じるには、コマンド「close」を使用します。

- コマンド「dup xyz」は、(x,y,z) だけシフトされたすべての原子を複製します。

- コマンド「cut xyzab」は、a と b の間の原子をカットします。
ベクトル (x、y、z) に沿って。

- 入力行には古いコマンドを取得するための履歴リストがあります。
入力ラインがアクティブな場合は、上矢印と下矢印を使用します。

- 一部のシステムでは、バックスペース キーを使用して編集することができません。
入力ライン。 したがって、左矢印キーは次のように定義されました。
バックスペース機能も。

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