これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド xplor2gmx です。
プログラム：
NAME
xplor2gmx - XPLOR 距離拘束を Gromacs 形式に変換する
SYNOPSIS
xplor2gmx （残基 オフセット） 入力.pdb
DESCRIPTION
xplor2gmx XPLOR 入力ファイルを距離拘束データとともに読み込みます。
pdb データベース (http://www.pdb.org）。 この入力ファイルから、二面体制限は次のようになります。
距離制限のみが残るように削除されます。 スクリプトはあいまいさを処理できます
拘束。 距離拘束を GROMACS 形式に変換します。
拘束ファイル (.dat) は STDIN で提供する必要があり、適切な出力ファイル (.itp) は
STDOUT に送信されます。
例
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb <拘束.dat> disre.itp
OPTIONS
xplor2gmx XNUMX つのコマンド ライン オプションが必要です。XNUMX つ目は剰余オフセット (整数)。 XNUMX番目、
.pdb ファイル名。 pdb ファイルには正しい原子番号が含まれている必要があります。
onworks.net サービスを使用してオンラインで xplor2gmx を使用する
