これは、BLAST Ring Image Generatorという名前のLinuxアプリであり、最新リリースはBRIG-0.95-dist.zipとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティングプロバイダーOnWorksでオンラインで実行できます。
OnWorksを使用したBLASTRing ImageGeneratorという名前のこのアプリを無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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BLASTリングイメージジェネレーター
DESCRIPTION
BRIGはクロスプラットフォーム（Windows / Mac / Unix）アプリケーションであり、ゲノムアセンブリデータの処理に重点を置いて、多数のゲノム間の循環比較を表示できます。BRIGを使用して出版物の図を生成する場合は、BRIGの論文を引用してください：NF Alikhan、NK Petty、NL Ben Zakour、SA Beatson（2011）BLAST Ring Image Generator（BRIG）：単純な原核生物ゲノム比較、BMC Genomics、12：402。 PMID：21824423
オプション
- 画像は、中央の参照シーケンスと同心リングとしての他のシーケンスとの類似性を示しています。
- BRIGは、すべてのBLAST比較とファイル解析をシンプルなGUIを介して自動的に実行します。
- ドラフトゲノムのコンティグ境界と読み取りカバレッジを表示できます。 カスタマイズされたグラフと注釈を表示できます。
- ユーザー定義の遺伝子セットを入力として使用することで、BRIGは、完全なゲノム、ドラフトゲノム、さらには未加工のアセンブルされていないシーケンスデータのセットで、遺伝子の存在、不在、切り捨て、またはシーケンスの変化を表示できます。
- BRIGは、SAM形式のリードマッピングファイルも受け入れ、複数のサンプルからのアセンブルされていないシーケンスデータに存在するゲノム領域を同時に比較できるようにします
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Java
これは、https：//sourceforge.net/projects/brig/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
