これは、Linux オンラインで実行する ChIP-RNA-seqPRO という名前の Linux アプリで、その最新リリースは cloudclientID.zip としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
ChIP-RNA-seqPRO という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linuxオンラインで実行するChIP-RNA-seqPRO
DESCRIPTION
ChIP-RNA-seqPRO: 異常な転写物スプライシングおよび RNA 編集部位に関連するエピジェネティックな調節解除の領域を特定するための戦略。 カスタマイズされた注釈ライブラリ、デモ データ入力、および README ガイドとともにパッケージ化された実行可能な Python スクリプト。9/26 : v1.1 'subset' をサポートしなくなった Python pandas によってスローされるデバッグ エラーをデバッグするために MAIN_IV を更新しました。
このコードは、ここでは今後積極的に保守/更新されません。 エピジェネティック、配列変異、発現データセットの比較分析のためのクラウドベースのリソースが利用できるようになりました。 クラウドベースのリソースについては、Cloudomics プロジェクトにアクセスしてください。 https://sourceforge.net/projects/cloudomics-for-aws/
オプション
- 幅広い種類のエピゲノム (ChIPseq、MBDseq など) および RNA ベースのシーケンス ペア サンプル データセットの比較分析のためのツール
- このツールまたは注釈ライブラリのいずれかを使用する場合は、次の参考文献を含めてください: Champion M.、Hlady R.、Yan H.、Evans J.、Nie J.、Lee J.、Bogenberger J.、Nandakumar K.、Davila J.、ムーア R.、ナイア A.、オブライエン D.、ジュー Y.、コルテュム K.、オルドッグ T.、チャン Z.、ジョセフ R.、コッハー J.、ジョナッシュ E.、ロバートソン K.、タイベスR. と H. Ho T. (2015)。 異常な転写物スプライシングおよびRNA編集に関連するエピジェネティックな調節解除の領域を特定するためのバイオインフォマティクス戦略。 バイオインフォマティクスのモデル、方法およびアルゴリズムに関する国際会議議事録、163 ～ 170 ページ。 DOI: 10.5220/0005248001630170
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Unixシェル、Python
これは、https://sourceforge.net/projects/chiprnaseqpro/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
