これはCovidexという名前のLinuxアプリで、最新リリースはCovidex_2021_11_27.rarとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティングプロバイダーOnWorksでオンラインで実行できます。
Covidexという名前のこのアプリをOnWorksで無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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コビデックス
DESCRIPTION
ウイルスのサブタイプまたはクレードは、定義された種の世界的な集団からの分離株間のクラスターを表します。 サブタイピングは、ウイルスの疫学、進化、および病因に関する研究に関連しています。 この意味で、Covidexは、オープンソースのアライメントフリーの機械学習サブタイピングツールとして開発されました。 これは、事前定義されたクラスター内のウイルスゲノムの高速かつ正確な分類を可能にする光沢のあるアプリです。 1000を超えるシーケンスがロードされると、ツールはマルチスレッドモードで実行されます。 16000分以内に7のゲノム配列を分類できます（AMD Ryzen 1700 8コアプロセッサー3GHz）
アプリのWebベースバージョン（小さなデータセットの場合のみ：最大100シーケンス）については、次のURLにアクセスしてください。
http://covidex.unlu.edu.ar
Covidexを使用する場合は、次のプレプリントを引用することを検討してください。
https://biorxiv.org/cgi/content/short/2020.08.21.261347v1
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オプション
- シーケンスのサブタイピング
- ユーザーフレンドリーなインターフェース
- 要約プロット
- Windows用のポータブルバージョン（インストールは必要ありません）
- マルチスレッドモード
Audience
科学/研究、エンドユーザー/デスクトップ
プログラミング言語
R
これは、https：//sourceforge.net/projects/covidex/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
