これは CPAT という名前の Linux アプリで、最新リリースは prebuilt_models.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
OnWorks を使用して CPAT という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
CPAT
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DESCRIPTION
RNA-seq を使用して、何万もの新規転写物およびアイソフォームが同定されています (Djebali, et al Nature, 2012、Carbili et al, Gene & Development, 2011)。これらの隠れたトランスクリプトームの発見により、コーディング RNA と非コーディング RNA を区別する必要性が復活します。 。 しかし、これまでのコーディング可能性予測法のほとんどは、タンパク質の証拠を検索するためのペアワイズアラインメント、または系統保存スコア (CPC、PhyloCSF、RNACode など) を計算するためのマルチプルアラインメントのいずれかに大きく依存しています。 これは、RNA をコードするタンパク質や、snRNA、snoRNA、tRNA などの短いハウスキーピング/制御 RNA を含む、これまでに同定された転写産物のほとんどが高度に保存されているためです。 これらのアプローチは依然として非常に便利ですが、いくつかの制限があります。
ほとんどの lncRNA は保存性が低く、系統特異的な傾向があるため、アライメントベースの方法の識別力が大幅に制限されます。 たとえば、ゼブラフィッシュから検出された 550 個の lncRNA のうち、検出可能な配列を持っていたのは 29 個だけでした。
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
Webベースのコマンドライン
プログラミング言語
Python
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
