これは Hierachical_DNAcoder という名前の Linux アプリで、最新リリースは Sourcecode.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
Hierachical_DNAcoder という名前のこのアプリを OnWorks で無料でオンラインでダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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階層的_DNAcoder
DESCRIPTION
大きなゲノムデータの保存とデータ転送は、生物医学研究者にとって重要な関心事になりつつあります。 階層構造を持つ新しいマルチリファレンスベースのゲノム圧縮法を提示します。 私たちのアプローチは、現在差し迫ったニーズであるデファクトスタンダードのアライメントフォーマット（つまり、BAM）圧縮に対して機能します。 GPUベースのアラインメントソフトウェアであるSOAP3を使用して、新しいシーケンスをリファレンスシーケンスにアラインメントし、マッピングプロパティと正確にマップされた読み取りの情報を要約します。 正確なアラインメント率を上げるために、リファレンスシーケンスを変更するか、リード長を短くすることで、ほぼマップされたリードとマップされていないリードを再アラインします。 一方、k-meansクラスタリングスキームによる「不可逆」品質値を使用した調査をさらに進め、ダウンストリームアプリケーションへのわずかな影響を見つけました。 提案された方法は、実験データセットで0.5％〜0.65％のスペース節約に相当する35〜50の圧縮率を達成しました。
特徴
- 効率的な
- 尊大
- 有望
Audience
情報技術、科学/研究、工学
プログラミング言語
C + +
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/hierachicaldnac/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
