これは KMC-KaiC という名前の Linux アプリで、最新リリースは KMC_KaiC_Original.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
KMC-KaiC という名前のこのアプリを OnWorks で無料でオンラインでダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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KMC会C
DESCRIPTION
このコードは、翻訳後の Kai 概日時計のモデルをシミュレートする専用のキネティック モンテカルロ (KMC) アルゴリズムです。
このコードを使用すると、個々の KaiC 六量体および単量体のレベルで Kai システムをシミュレートし、すべての ATP ヌクレオチドの代謝回転を明示的に追跡できます。 ATP 加水分解を除けば、すべての反応は詳細なバランスに従います。
このコードの応用については、「翻訳後の Kai 概日時計の熱力学的に一貫したモデル」というタイトルの記事で説明されています。この記事は、オープンアクセスジャーナル PLOS Computational Biology で無料で入手できます。
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*更新* ATP 加水分解の逆反応を含む、完全に可逆バージョンのモデルを作成しました。 これにより、熱力学的平衡でモデルを実行することが可能になります。 このバージョンのモデルは、KMC_KaiC_Rev.zip の下にダウンロードできます。
私たちのモデルをご自身の研究に使用したい場合は、PLoS 計算生物学の論文を引用してください。
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
C + +
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
