これは、Linux オンラインで実行する kSNP という名前の Linux アプリで、最新リリースは kSNP3.1_Linux_package.zip としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
kSNP という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
Linuxオンラインで実行するkSNP
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DESCRIPTION
kSNP は、一連のゲノム配列内のパンゲノム SNP を識別し、それらの SNP に基づいて系統樹を推定します。 SNP の発見は k-mer 解析に基づいており、複数の配列アラインメントや参照ゲノムの選択を必要としないため、kSNP は数百の微生物ゲノムを入力として受け取ることができます。 SNP 遺伝子座は、中心の SNP 対立遺伝子を囲む長さ k のオリゴによって定義されます。 kSNP は、組み立てられたコンティグまたは組み立てられていない生のリードにおける完全な (完成した) ゲノムと未完成のゲノムの両方を分析できます。 完成したゲノムと未完成のゲノムを一緒に分析することができ、kSNP は完成したゲノムの Genbank ファイルを自動的にダウンロードし、それらのファイル内の情報を SNP アノテーションに組み込むことができます。Gardner, SN および Hall, BG 2013。全ゲノムアライメントが機能しない場合: アライメントフリーの SNP 発見と数百の微生物ゲノムの系統解析のための kSNP v2 ソフトウェア。 PLoS ONE、8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
これは https://sourceforge.net/projects/ksnp/ から取得することもできるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
