これは、MCPerm：Monte Carlo SNP順列という名前のLinuxアプリであり、最新リリースはMCPerm_1.1.2.tar.gzとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティングプロバイダーOnWorksでオンラインで実行できます。
MCPermという名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行します：OnWorksを使用したモンテカルロSNP順列を無料で。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
MCPerm：モンテカルロSNP順列
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DESCRIPTION
MCPerm：ケースコントロール関連解析における複数のテスト相関のためのモンテカルロ順列法
従来の順列（TradPerm）検定は、重要なノンパラメトリック分析法であり、ケースコントロール関連解析における多重検定修正のゴールドスタンダードとして扱うことができます。 ただし、元の一塩基多型（SNP）の遺伝子型と表現型のデータに依存して多数のランダムシャッフルを実行するため、特にゲノムワイド関連解析（GWAS）の場合は計算量が多くなります。 TradPermのp値のサイズを変更せずに計算速度を向上させるために、TradPermの効率的な代替手段としてモンテカルロ順列（MCPerm）メソッドを開発しました。
方法：MCPermは、元の遺伝子型と表現型のデータをシャッフルする必要はありません。 モンテカルロ法を使用し、XNUMX段階の超幾何分布を使用して、症例と対照の遺伝子型（AA、Aa、およびaa）の乱数を生成します。
プログラミング言語
S / R
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/mcperm/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
