これはMethylExtractという名前のLinuxアプリで、最新リリースはMethylExtract.tgzとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティングプロバイダーOnWorksでオンラインで実行できます。
OnWorksでMethylExtractという名前のこのアプリを無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
メチルエキス
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DESCRIPTION
MethylExtractは、i）高品質の全ゲノムメチル化マップを生成し、ii）同じサンプル調製内の配列変異を検出するためのユーザーフレンドリーなツールです。 プログラムは単一のスクリプトに実装され、すべての主要なエラーソース（シーケンスエラー、バイサルファイト障害、クローン読み取り、一塩基多型）を考慮に入れています。 MethylExtractは、VarScanと同様の方法で変動（SNV –単一ヌクレオチド変異）を検出します。これは、バイサルファイト処理されていない読み取りに基づくSNPおよび遺伝子型呼び出しで広く使用されている非常に感度の高い方法です。
オプション
- NGSBS-Seq実験からのメチル化とSNV呼び出し
- 潜在的なPCRの重複を検出して削除します
- 推定されるバイサルファイト障害の検出
- シーケンスエラー制御
- 統計的バイサルファイト破壊評価
- バイサルファイトSAM / BAMファイルの処理
- マルチスレッドとメモリ制御
プログラミング言語
パール
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/methylextract/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
