これはmitoMakerという名前のLinuxアプリで、最新リリースはmitoMaker_1.0rc2.tar.gzとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティングプロバイダーOnWorksでオンラインで実行できます。
onWorksでmitoMakerという名前のこのアプリを無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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ミトメーカー
DESCRIPTION
Mitomakerは、Python v2.7で記述されたパイプラインラッパー、結果アナライザー、自動アノテーターであり、他のプログラムの助けを借りて、ビルド、分析、最適なビルドを探し、ターゲットゲノム（ミトコンドリアや葉緑体など）に注釈を付けます。 それが主要な目標ではなく、徹底的にテストされていなくても、特定の遺伝子やトランスクリプトームなどの他のターゲットで使用することができます。
私が研究したラボでさまざまなミトコンドリアゲノムを構築するためのさまざまな試みの後、一般的なパイプラインが現れ始めました：MIRAまたはSOAPdenovo-Transでリードを組み立て、密接に関連する種に一致する足場/コンティグを探し、すべてが予想されるゲノムの特徴が存在する（ミトコンドリアが十分に保存されているため）、アセンブリが環状になっている可能性があるかどうかを確認します（環状DNAであるため）。 機能が欠落している場合、または機能が循環していない場合は、別のアセンブラーパラメーター（主にk-mer）を使用してアセンブルを再試行してください。 すすぎ、最適なビルドが見つかるまで繰り返します。
オプション
- バイオインフォマティクス
- 色素体構築自動パイプライン
- ゲノムアナライザー
- 色素体アセンブリ
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル
プログラミング言語
Python
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/plastidmaker/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
