これは、オンラインの Linux で実行される NGSEP という名前の Linux アプリで、最新リリースは NGSEPcore_4.0.1.jar としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
NGSEP という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux でオンラインで実行する NGSEP
DESCRIPTION
NGSEPは、DNAハイスループットシーケンスデータを分析するための統合フレームワークです。 NGSEPの主な用途は、ゲノム変異の大規模なデータセットの構築とダウンストリーム分析です。 NGSEPは、一塩基多型（SNV）、大小のインデル、短いタンデムリピート（STR）、逆位、およびコピー数多型（CNV）の正確な検出と遺伝子型決定を実行します。 NGSEPは、機能アノテーション、フィルタリング、フォーマット変換、比較、クラスタリング、代入、遺伝子移入分析、およびさまざまな種類の統計のためのモジュールも提供します。 機能の完全なリストは、ウィキ（https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).ニュース: FM インデックス ベースの読み取りアライナーの独自の実装を含む、バージョン 4 の最初のコマンド ライン リリースを公開しました。 コマンドラインの使用法はアプリケーション全体で標準化されました。 この新しいバージョンにアップグレードするには、時間をかけてスクリプトを更新してください。 詳細については wiki を参照してください。
オプション
- SNP、CNVおよび構造変異体の検出
- 生のリードのリファレンスゲノムへのアラインメント
- VCF操作：機能アノテーション、マージ、フィルター、比較、フォーマット変換、代入
- SAM/BAM および VCF 統計の計算とプロット
- 逆多重化を読み取ります
- 注釈付きゲノムアセンブリのアラインメント
- GFF3形式のトランスクリプトームアンプテーションの統計とフィルタリング
Audience
ヘルスケア産業、科学/研究、その他の対象者、農業
ユーザーインターフェース
Java SWT、コンソール/ターミナル、Eclipse
プログラミング言語
Java
これは、https：//sourceforge.net/projects/ngsep/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
