これは ParDRe という名前の Linux アプリで、最新リリースは ParDRe-rel2.2.5.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
ParDRe with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
パードレ
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DESCRIPTION
ParDRe は、重複した読み取りを削除する並列ツールです。 重複した読み取りは同一であると見なすことができます
または、いくつかの不一致はあるもののほぼ同一の配列。 このツールを使用すると、ユーザーは不要な読み取りの分析を回避でき、その後のデータセットの手順 (アセンブリ、マッピングなど) の時間を短縮できます。
このツールは、マルチコアの並列機能を活用するために MPI で実装されています。
クラスター。 同じコア数のマルチスレッド対応製品 (2015 年末) よりも高速で、メッセージ パッシング テクノロジーのおかげでクラスター上で実行できます。
MarDRe と呼ばれる、ParDRe に相当する MapReduce も存在します (上記のリンクを参照)。
更新: バージョン 2.0.5 から、ParDRe は、光学的重複のみを削除する (生物学的に興味深い重複は残す) だけでなく、.gz 形式で圧縮された入出力を処理するサポートも提供します。
Audience
情報技術、ヘルスケア産業、科学/研究
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル、コマンドライン
プログラミング言語
C + +
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/pardre/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
