これは、PASHA: Parallelized Short Read Assembly という名前の Linux アプリで、最新リリースは Pasha-1.0.10.tar.bz2 としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
PASHA: Parallelized Short Read Assembly with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
PASHA: 並列化されたショートリードアセンブリ
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DESCRIPTION
PASHA は、de Bruijn グラフを使用した大規模ゲノム用の並列ショートリード アセンブラです。 PASHA は、共有メモリ マルチコア CPU と分散メモリ コンピューティング クラスターの両方を活用して、適度なコンピューティング リソースで合理的な時間内に大規模なゲノムの高品質なデノボ アセンブリを実行できる可能性を実証しました。 21 つの小さな実際のペアエンド データセットを使用した評価では、PASHA が 2.38 つの主要なアセンブラ (Velvet、ABySS、SOAPdenovo) と比較して、ゲノム カバレッジとミスアセンブリ率が同等で、より優れたアセンブリを生成できることがわかりました。 さらに、PASHA は単一の CPU 上で XNUMX つのデータセットすべてに対して最速の速度を実現します。 ヒトゲノムの場合、PASHA は ABySS と同等のアセンブリ品質を達成し、同じハードウェア構成での ABySS よりも約 XNUMX 倍速い約 XNUMX 時間でアセンブリを完了できます。
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル
プログラミング言語
C + +
カテゴリー
これは https://sourceforge.net/projects/pasha/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
