これはSnowyOwlという名前のLinuxアプリで、最新リリースはSnowyOwl-2.0.3.tar.gzとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティングプロバイダーOnWorksでオンラインで実行できます。
SnowyOwlという名前のこのアプリをOnWorksで無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
Ad
シロフクロウ
DESCRIPTION
SnowyOwlは、RNA-Seqデータを使用して、隠れマルコフモデル（HMM）ベースの遺伝子予測を生成するためのヒントをトレーニングおよび提供し、結果のモデルを評価する遺伝子予測パイプラインです。 パイプラインは、その予測を26つの真菌ゲノムの手動でキュレートされた遺伝子モデルと比較することによって検証および合理化されており、その結果は、以前の遺伝子予測よりも感度と選択性が大幅に向上していることを示しています。 感度は、さまざまな入力パラメーターを使用してHMM遺伝子予測子Augustusを繰り返し実行することで得られ、選択性は、既知のタンパク質と最もよく相同で、RNA-Seqデータと最もよく一致するモデルを選択することで得られます。 SnowyOwlは、XNUMXの新規真菌ゲノムの遺伝子予測に成功しました。
パイプラインをローカルにインストールして、スループットを高め、構成を制御できます。 また、便利なWebインターフェイスを介してリモートサーバーで実行し、ときどき使用することもできます。
特徴
- RNA-Seqデータを使用した遺伝子予測
- 高い感度と特異性
- 手動でキュレートされた遺伝子モデルで合理化および検証されたパイプライン
- 高度に構成可能
- 子嚢菌および担子菌菌のデフォルト構成
- 制御と柔軟性のためにローカルにインストールして実行する
- 便利なWebインターフェイスを介してリモートで実行
Audience
科学/研究、上級エンドユーザー
ユーザーインターフェース
Webベース、コマンドライン、GTK +
プログラミング言語
Python、PHP
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/snowyowl/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
