これは SOAPdenovo2 という名前の Linux アプリで、最新リリースは SOAPdenovo2-src-r240.tgz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
SOAPdenovo2 という名前のこのアプリを OnWorks で無料でオンラインでダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
SOAPdenovo2
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DESCRIPTION
SOAPdenovo2 の次の展開:
MEGAHIT は SOAPdenovo2 の正式な後継者です
MEGAHIT: 簡潔な de Bruijn グラフによる大規模で複雑なメタゲノミクス アセンブリのための超高速シングルノード ソリューション
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25609793
https://github.com/voutcn/megahit
GitHub 上の最新コード:
https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
SOAPdenovo は、人間サイズのゲノムの de novo ドラフト アセンブリを構築できる新しいショートリード アセンブリ手法です。 このプログラムは、Illumina の短い読み取りを組み立てるように特別に設計されています。 これにより、参照配列を構築し、費用対効果の高い方法で未探索のゲノムの正確な分析を実行するための新たな機会が生まれます。 SOAPdenovo2 は SOAPdenovo の後継です。 SOAPdenovo2 を引用したい場合は、GigaScience (以下の Web サイトを参照) に掲載された論文を引用してください。
Audience
科学/研究、開発者
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
C ++、C
データベース環境
フラットファイル
これは、https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
