これは sRNAWorkbench という名前の Linux アプリで、最新リリースは UEA_Workbench_4.7_update.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
OnWorks を使用して sRNAWorkbench という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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sRNAワークベンチ
DESCRIPTION
次世代シーケンシングデバイスからの small RNA (sRNA) データを分析するためのツールスイート。 既知の mirco RNA (miRNA) の発現プロファイリング、ディープ シーケンシング データ内の新規 miRNA の同定、およびハイスループット遺伝データ内のその他の興味深いランドマークの同定が含まれます。
オプション
- アダプター リムーバー: 生のショート リード シーケンス データからアダプター フラグメントを削除し、データを FASTA 形式に出力します。
- フィルター: 配列の長さ、存在量、複雑さ、転移、リボソーム RNA の除去など、いくつかのユーザー定義の基準によって制御された、sRNA データセットのフィルターされたバージョンを生成します。
- miRCat2 (miRNA Categorisation): sRNA データセットとゲノムから成熟 miRNA とその前駆体を予測します。
- SiLoCo (短鎖干渉 RNA 遺伝子座比較): ゲノムの位置に基づいて sRNA を遺伝子座にグループ化することにより、複数のサンプルにおける sRNA 発現レベルを比較します。
- ta-siRNA (トランス作用性低分子干渉 RNA): 植物 sRNA データセットにおけるフェーズド ta-siRNA の予測。
- miRProf (miRNA Profiler): miRBase 内の既知の miRNA と一致する sRNA の正規化された発現レベルを決定します。
- ヘアピン アノテーション: RNA 配列から二次構造を生成し、RNAplot を使用して対象領域を強調表示します。
- VisSR (sRNA の視覚化): sRNA およびユーザーがインポートしたゲノム特徴の視覚的表現を生成します。
- PAREsnip2: デグラドームを通じて証明される miRNA ターゲットを特定する
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
Java Swing
プログラミング言語
C ++、Java
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
