これはSSCというLinuxアプリで、最新リリースはSSC0.1.tar.gzとしてダウンロードできます。ワークステーション向けの無料ホスティングプロバイダーであるOnWorksでオンラインで実行できます。
OnWorks で SSC というこのアプリを無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
SSC
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DESCRIPTION
SSCは、スペーサー配列からsgRNAの効率を予測するツールです。CRISPR/Cas9ノックアウトスクリーニングやCRISPR/dCas9阻害/活性化スクリーニングにおけるsgRNAライブラリの最適化をサポートします。オプション
- .fastaファイルから候補スペーサー配列を抽出する
- CRISPR/Cas9 ノックアウトおよび CRISPR/dCas9 阻害または活性化のライブラリ設計のために、スペーサー配列から sgRNA 効率を予測します。
- ヒトおよびマウスのゲノムに最適化された、CRISPR/Cas19 ノックアウトの 20-9 bps スペーサーをサポートするマトリックスを提供します。
- ヒトゲノムに最適化された CRISPR/dCas19 の 21-9 bps スペーサーをサポートするマトリックスを提供します。
このアプリケーションは、https://sourceforge.net/projects/spacerscoringcrispr/ からも入手できます。OnWorks でホストされているため、無料のオペレーティングシステムから最も簡単にオンラインで実行できます。
