これは、Swift Sequence Alignment Program という名前の Linux アプリで、Linux オンラインで実行できます。その最新リリースは、swift-0.11.2.tgz としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
Swift Sequence Alignment Program という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用してオンラインで Linux で無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linuxオンラインで実行するSwift Sequence Alignment Program
DESCRIPTION
Swift は、Smith-Waterman アルゴリズムを使用してギャップ アラインメントを生成する DNA 配列アラインメント プログラムです。 クエリ ファイル (FASTA 形式) と参照ファイル (FASTA 形式) を入力として受け取ります。 リファレンス名、リード名、ギャップアライメント、アライメントスコア、アライメント開始位置と終了位置、アライメント長を出力します。私は GPU Technology Conference 2012 で Swift について講演しました。講演は次の URL からアクセスできます。 http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Swift をインストールして実行するには、Wiki ページを参照してください。 http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Swift のインストールまたは実行についてさらにサポートが必要な場合は、次のアドレスで Pankaj Gupta にお問い合わせください。 [メール保護].
特徴
- Smith-Waterman アルゴリズムを使用してギャップのあるアライメントを生成します
- Smith-Waterman アルゴリズムは GPU (グラフィックス プロセッシング ユニット) 上で実行されます。
- 読み取りファイル (FASTA 形式) と参照ファイル (FASTA 形式) を入力として受け入れます
- リファレンス名、リード名、ギャップアライメント、アライメントスコア、アライメント開始位置と終了位置、アライメント長を出力します。
- Illumina 読み取りをサポート (固定長)
- 要件: Linux OS。 4GBのシステムメモリ。 CUDA 対応グラフィックス カード。 CUDA ツールキット 4.2 以降。 6 GB グローバル メモリ。 49KBの共有メモリ
Audience
科学/研究
これは、https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
