これはVarScanという名前のLinuxアプリで、最新リリースはVarScan.v2.3.9.jarとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティングプロバイダーOnWorksでオンラインで実行できます。
OnWorksでVarScanという名前のこのアプリを無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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バースキャン
DESCRIPTION
超並列シーケンスでのバリアント検出。 XNUMXつのサンプルでは、SNP、インデル、およびコンセンサス遺伝子型を呼び出します。 腫瘍と正常なペアの場合、各バリアントを生殖細胞系列、体細胞、またはLOHとしてさらに分類し、体細胞のコピー数の変化も検出します。 最新バージョンはGITHUBで入手できます
特徴
- SAMtoolsパイルアップファイルからSNPとIndelを呼び出します
- カバレッジ、読み取り深度、バリアント頻度、および基本品質でバリアントをフィルタリングします
- 腫瘍と正常のペアの体細胞状態（体細胞、生殖細胞系列、LOH）を決定します
- バリアントのXNUMXつのリストを比較、マージ、および交差します
- バリアント呼び出しを一連のターゲット位置またはターゲット領域に制限します
- 非商用利用は無料。
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
Java
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/varscan/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
