![ViralFusionSeq [VFS] を無料でダウンロードして Linux オンラインで実行する Linux アプリをオンライン Ubuntu オンライン、Fedora オンライン、または Debian オンラインで実行する](https://www.onworks.net/imagescropped/viralfusionseq[vfs]toruninlinuxonlineicon.png_3.webp "Linux オンラインで実行するための ViralFusionSeq [VFS] をダウンロードしました。Ubuntu オンライン、Fedora オンライン、または Debian オンラインでオンラインで実行する Linux アプリ")
これは、オンライン Linux で実行する ViralFusionSeq [VFS] という名前の Linux アプリで、最新リリースは vfs-2016-08-17.r2.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
ViralFusionSeq [VFS] という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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![Web ツールまたは Web アプリ ViralFusionSeq [VFS] をオンラインでダウンロードして Linux で実行します](https://www.onworks.net/imagescropped/viralfusionseq[vfs]toruninlinuxonlinescreenshot1.png_3.webp "Web ツールまたは Web アプリ ViralFusionSeq [VFS] をオンラインでダウンロードして Linux で実行します")
![Web ツールまたは Web アプリ ViralFusionSeq [VFS] をオンラインでダウンロードして Linux で実行します](https://www.onworks.net/imagescropped/viralfusionseq[vfs]toruninlinuxonlinescreenshot2.png_3.webp "Web ツールまたは Web アプリ ViralFusionSeq [VFS] をオンラインでダウンロードして Linux で実行します")
Linux でオンラインで実行する ViralFusionSeq [VFS]
DESCRIPTION
VFS は Ubuntu/Debian システムで完全にテストされました。** お知らせ 1**: VFS は Virus-Clip よりも優れています。 https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
2016 年の時点で、VFS は NIH HPC システムで利用できる唯一のウイルス統合ツールです。
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) は、ウイルス組み込みイベントを検出し、単一塩基解像度で融合転写産物を再構築するための多用途のハイスループット シーケンシング (HTS) ツールです。
VFS は、ソフトクリッピング情報、リードペア分析、ターゲットを絞った de novo アセンブリを組み合わせて、ウイルスとヒトの融合イベントを発見し、注釈を付けます。
シンプルだが効果的な経験的統計モデルを使用して、融合ブレークポイントの品質を評価します。
最小限のユーザー定義パラメータが必要です。
VFS のユーザー マニュアルとインストール ガイドを含むソース コードは、sourceforge の「ファイル」セクションで入手できます。
引用： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
特徴
- RNA-Seq および DNA-Seq データを使用して適用可能で完全にテスト済み
- クリップされた配列 (CS) とペアエンド (RP) 情報の両方を利用して、ウイルスの統合を発見します
- CSおよびRP情報を使用した融合転写産物配列の再構築
Audience
科学/研究
プログラミング言語
パール
これは、https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
