これは、Linux 経由で Windows で実行できる fcGENE: Genotype 形式コンバーターという Windows アプリです。最新リリースは fcgene-1.0.7.zip としてダウンロードできます。ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
OnWorks を使用して、無料で fcGENE: Genotype 形式コンバーターというこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、Linux 経由で Windows でオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
スクリーンショットは
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fcGENE: Linux オンラインで Windows 上で実行できる遺伝子型フォーマットコンバータ
DESCRIPTION
主な用途はXNUMXつあります。XNUMXつは遺伝子型SNPデータをPLINKMACH、IMPUTE、BEAGLE、BIMBBAMなどのさまざまな代入ツールの形式に変換し、XNUMXつ目は代入データをPLINK、HAPLOVIEW、EIGENSOFT、SNPTESTなどのさまざまなファイル形式に変換します。読み取り可能なファイル形式：plink-pedigree（pedおよびmap）、plink-raw、plink-dosage、mach、minimac、impute、snptest、beagle、bimbam。 同様に、出力のあらゆる種類の代入も受け入れられます。
fcGENEで生成できる形式：plink-pedigree、plink-raw、plink-dosage、mach-inputs、minimac-inputs、impute-inputs、beagle-inputsおよびbimbam-inputs、HAPLOVIEW-inputs、EIGENSOFT-inputs。
さらなるアプリケーション：
-？必要な代入コマンドのテンプレートと他の代入ツールのコマンドを取得する
-MAF、HWE、CALLRATEによる品質管理。
キーワード：遺伝子型変換、遺伝子型フォーマットの変換、代入出力、PLINK、IMPUTE、MACH、minimac、HAPLOVIEW、BEAGLE、BIMBAM、EIGENSOFT。
オプション
- SNPごとおよび個人ごとの品質管理を行うことができ、データの変換中に不適格なSNPおよび個人をフィルタリングできます
- 遺伝子型SNPデータの双方向フォーマット変換を実行できます（例：PLINK->代入ツールおよび代入ツール-> PLINK）。 plink形式の血統とバイナリファイルの両方を読み書きできます
- 代入品質スコアに基づいて代入SNPをフィルタリングできます
- コマンドのテンプレートを生成できますGWA分析ツール
- 遺伝子型データをXNUMXつの代入ツールの形式から別の形式に変換します。
- 代入参照のplink形式への変換。 これは、遺伝子型データを参照パネルと比較するのに役立ちます。
- 他のさまざまな形式で最初に提供されたデータからGenABEL形式のsnpデータを作成できます
- マイナーアレル頻度の予測用量を含む異なる形式のファイルを生成できます
- 統計遺伝学の分野で働く研究者にとって非常に役立ちます。
- C ++で書かれ、STLコンテナの使用
- gezippedファイルの読み取りと書き込みができます
- --fstコマンドでFSTを計算できます
- 対立遺伝子の数と対立遺伝子の用量を含む標準的な遺伝子型データを読み書きできます
- BEAGLE4に使用されるvcf形式のファイルを作成できます
プログラミング言語
C + +
これは、https：//sourceforge.net/projects/fcgene/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
