これは Gen3D という名前の Windows アプリで、最新リリースは gen3d.cpp としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
Gen3D with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
スクリーンショットは
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Gen3D
DESCRIPTION
Gen3D は、XNUMX 次元のゲノムおよび染色体モデルを決定するために設計されたアプリケーションです。 染色体接触データを使用して三次元立体構造を構築します。 この方法により、染色体接触の大部分を満たす三次元染色体モデルを生成できます。
このソフトウェアは、米国ミズーリ大学コロンビア校のコンピューターサイエンス学部にあるJianlin Cheng教授のバイオインフォマティクス、データマイニング、機械学習研究所で開発されています。 このプロジェクトは、全米科学財団（助成金番号DBI1149224）によってサポートされています。
研究で Gen3D を使用する場合は、以下を引用してください。
ノウォトニー、ジャクソン、シャリフ・アーメッド、リンフェイ・シュー、オルワトシン・オルワダレ、ハンナ・チェン、ノエラン・ヘンズリー、トゥアン・トリーウ、レンジ・カオ、ジェンリン・チェン。 「染色体接触データからのヒト染色体の三次元モデルの反復再構成」 BMC バイオインフォマティクス 16、no. 1 (2015): 338.
特徴
- Hi-C技術を使用して取得した染色体接触データを使用
- 染色体接触データから3D構造ゲノムおよび染色体モデルを構築
- 確率的アプローチを使用して座標を初期化する
- 満足したコンタクトをヒートマップマトリックスで表現する新しい方法
- 長距離接触と近距離接触を把握するためのスコアリング方式
- 他の既存手法と比較し、ゲノム特徴も検証
Audience
科学/研究、工学
プログラミング言語
C + +
カテゴリー
これは https://sourceforge.net/projects/gen3d/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
