Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 abacas 명령입니다.
프로그램:
이름
abacas - 조합된 시퀀스의 알고리즘 기반 자동 연결
개요
주판 -r 심판 -q qs -p 음식물 [옵션]
OR
주판 -r 심판 -q PSF -e
심판 단일 fasta 파일의 참조 서열
qs multi-fasta 형식의 contigs
하시기 바랍니다 사용할 MUMmer 프로그램: 'nucmer' 또는 'promer'
PSF fasta 형식의 유사분자/정렬된 시퀀스 파일
옵션
-h 인쇄 사용
-d 기본 nucmer/promer 매개변수 사용
-s int 정확히 일치하는 단어의 최소 길이(nucmer 기본값 = 12, promer 기본값
= 4)
-m 주문한 contig를 multifasta 형식으로 파일에 인쇄
-b bin에 있는 contig를 파일로 인쇄
-N "N"이 없는 슈도분자 인쇄
-i int 최소 퍼센트 동일성 [기본값 40]
-v int 최소 contig 적용 범위 [기본값 40]
-V int 최소 contig 적용 범위 차이 [기본값 1]
-l int 최소 연속 길이 [기본값 1]
-t 매핑되지 않은 contig에서 tblastx 실행
-g 문자열(파일 이름) 파일 이름을 참조할 때 덮이지 않은 영역(갭)을 인쇄합니다.
-a 의사 분자에 bin의 콘티그를 추가합니다.
-o 접두사 출력 파일은 이 접두사를 갖습니다.
-P 간격을 좁히기 위해 프라이머 세트 선택
-f int 프라이머 디자인을 위한 갭의 양쪽 측면에 있는 플랭킹 염기 수(기본값
350)
-R int Run mummer [기본값 1, 사용 -R mummer 실행을 피하기 위해 0]
-e Escape contig ordering 즉 프라이머 디자인으로 이동
-c 참조 시퀀스는 원형입니다.
기술
ABACAS는 신속하게 연결(정렬, 정렬, 방향 지정), 시각화 및 디자인하기 위한 것입니다.
참조 서열을 기반으로 샷건 조립 콘티그의 간격을 메우기 위한 프라이머.
ABACAS는 MUMmer를 사용하여 정렬 위치를 찾고 조립된 컨티그의 합성체를 식별합니다.
참조에 반대합니다. 그런 다음 출력을 처리하여 pseudomolecule 복용을 생성합니다.
겹치는 컨티그와 갭을 고려하십시오. ABACAS는 다음을 수행할 수 있는 비교 파일을 생성합니다.
ACT에서 정렬되고 방향이 지정된 컨티그를 시각화하는 데 사용할 수 있습니다. Synteny는 빨간색으로 표시됩니다.
사이의 백분율 동일성 값이 낮을수록 색상 강도가 감소하는 막대
비교 블록. 오리엔테이션, 퍼센트 동일성,
다른 컨티그와의 커버리지 및 겹침은 출력을 로드하여 시각화할 수도 있습니다.
ACT의 기능 파일.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 abacas 사용
