이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 ABYSS입니다.
프로그램:
이름
ABYSS - 짧은 읽기를 contig로 조합
개요
ABYSS [OPTION] ... FILE...
기술
FASTA, FASTQ, qseq, export, SRA, SAM 또는
BAM 형식이며 gz, bz2 또는 xz로 압축될 수 있으며 tar가 포함될 수 있습니다.
ABySS로 전체 어셈블리를 실행하려는 사용자는 abyss-pe를 사용하는 것이 좋습니다.
ABYSS 프로그램이 아닌 진입점. abyss-pe는 많은 것을 조정하는 Makefile입니다.
전체 ABySS 어셈블리 파이프라인을 실행하기 위한 ABySS 도구(ABYSS 포함).
abyss-pe는 ABYSS가 할 수 없는 많은 일을 할 수 있습니다.
페어드 엔드 리드 및 메이트 페어 리드가 제공하는 거리 정보.
--순결
부정한 읽기 삭제 [기본값]
--순결 없음
부정한 읽기를 버리지 마십시오
--트림 마스크
읽기 끝에서 마스크된 베이스 자르기 [기본값]
--트림 마스크 없음
읽기 끝에서 마스크된 베이스를 자르지 마십시오.
-q, --트림 품질=한계
품질이 임계값보다 낮은 읽기 끝에서 기준을 자릅니다.
-Q, --마스크 품질=한계
품질이 임계값보다 낮은 읽기의 모든 염기 마스크
--표준 품질
제로 품질은 '!' (33)
FASTQ 및 SAM 파일의 기본값
--일루미나 품질
64 품질은 `@'(XNUMX)
qseq 및 내보내기 파일의 기본값
-o, --밖=FILE
FILE에 contig 쓰기
-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer 크기
-t, --트림 길이=TRIM_LENGTH
트리밍할 매달린 가장자리의 최대 길이
-c, --적용 범위=적용 범위
이 임계값보다 작은 평균 k-mer 범위를 갖는 contig 제거
-b, --거품=N
N bp(기본값: 3*k)보다 짧은 거품을 팝니다.
-b0, --거품 없음
거품을 터뜨리지 마십시오
-e, --좀먹다=적용 범위
이 임계값 미만의 적용 범위를 가진 둔기 콘티그의 끝에서 염기를 침식합니다.
-E, --침식 가닥=적용 범위
적용 범위가 이 임계값보다 작은 뭉툭한 콘티그의 끝에서 염기를 침식합니다.
어느 가닥
--범위-히스트=FILE
FILE에 k-mer 범위 히스토그램 기록
-g, --그래프=FILE
점 형식으로 그래프 생성
-s, -SNP=FILE
터진 거품을 FILE에 기록
-v, --말 수가 많은
자세한 출력 표시
--도움 이 도움말 종료를 표시
--번역
출력 버전 정보를 출력하고 종료
onworks.net 서비스를 사용하여 ABYSS 온라인 사용
