Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 alien_hunter 명령입니다.
프로그램:
이름
Alien_hunter - 수평 식별을 위한 보간된 가변 순서 모티프
획득한 DNA
개요
외계인 사냥꾼 [옵션 ]
기술
Alien_hunter는 추정 수평 유전자 전달 예측을 위한 애플리케이션입니다.
IVOM(Interpolated Variable Order Motif) 구현을 통한 HGT(이벤트). 안
IVOM 접근 방식은 가변 순서 모티프 분포를 사용하여 구성 편향을 활용하고
고정 순서에 비해 시퀀스의 로컬 구성을 보다 안정적으로 캡처합니다.
행동 양식. 선택적으로 예측은 2-상태 2차 Hidden Markov로 구문 분석될 수 있습니다.
모델(HMM)은 변화 지점 감지 프레임워크에서 위치 파악을 최적화합니다.
예측 지역의 경계. 예측(embl 형식)은 자동으로 수행될 수 있습니다.
다음 위치에서 무료로 제공되는 Artemis 게놈 뷰어에 로드됩니다.
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
입력: 원시 게놈 서열 예측: 보간된 변수 순서에 기반한 HGT 영역
모티프(IVOM) 인수:
원시 게놈 서열
출력 데이터의 파일 이름
선택적 인수:
-a 예측 파일을 Artemis에 로드합니다.
-c 변화점 감지 2 상태 2차 HMM으로 예측된 경계를 최적화합니다.
출력 파일:
embl 형식의 예측(탭 파일)
.고르다
embl 형식의 최적화된(HMM) 예측(탭 파일)
.구성
그래프 -> 추가를 사용하여 수동으로 로드할 Artemis User Plot 형식의 예측
사용자 플롯...
.opt.plot
Artemis User Plot 형식의 최적화된(HMM) 예측은 다음을 사용하여 수동으로 로드됩니다.
그래프 -> 사용자 플롯 추가...
.sco
모든 슬라이딩 윈도우에 대한 점수 - 점수 분포 확인을 위해
참고: rRNA 오페론과 겹치는 예측은 참고 한정자에 언급되어 있습니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 Alien_hunter를 사용하세요.