amap - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

amap - 서열 어닐링에 의한 단백질 다중 정렬

개요

지도 [OPTION] [MFA파일] [MFA파일]

기술

AMAP는 펩티드 서열의 다중 정렬을 수행하는 도구입니다. 후방을 활용한다
기존의 프로그레시브 대신 디코딩 및 시퀀스 어닐링 정렬
정렬 방법. 사용자가 제어할 수 있는 유일한 얼라인먼트 프로그램입니다.
민감도/특이도 절충. ProbCons 소스코드를 기반으로 하지만
정렬 메트릭 정확도를 높이고 일관성 변환을 제거합니다.

기본 구성에서 AMAP는 예상 ​​정렬 메트릭을 최대화하도록 조정됩니다.
정확도(AMA) 점수 - 새로운 정렬 정확도 측정값으로,
민감도와 특이성을 단일로 통합하는 다중 정렬 공간
균형 잡힌 측정. AMA는 올바르게 정렬된 잔기의 비율로 정의됩니다(또는
다른 잔기 또는 갭으로) 모든 서열의 총 잔기 수 중.

지도 MFA 형식으로 제공된 시퀀스를 정렬합니다. 이 형식은 여러 시퀀스로 구성됩니다.
MFA 형식의 각 시퀀스는 한 줄 설명으로 시작하고 그 뒤에
시퀀스 데이터. 설명 줄은 시퀀스 데이터와 구분됩니다.
보다 큼(">") 기호를 첫 번째 열에 표시합니다.

옵션

-클러스터
MFA 대신 CLUSTALW 출력 형식 사용

-c --일관성 반복
0 <= 사용 반복 <= 5(기본값: 0) 일관성 변환 패스

-ir --반복-정제 반복
0 <= 사용 반복 <=1000(기본값: 0) 반복 정제 패스

-사전 --사전 훈련 반복
0 <= 사용 반복 <= 20(기본값: 0) 사전 훈련 라운드

-한 쌍
모든 쌍 쌍별 정렬 생성

-비터비
Viterbi 알고리즘을 사용하여 모든 쌍을 생성합니다(자동으로 -한 쌍)

-v --말 수가 많은
정렬하는 동안 진행률 보고(기본값: 꺼짐)

-주석 파일 이름
여러 정렬에 대한 주석 작성 파일 이름

-t --기차 파일 이름
EM 전이 확률 계산, 저장 파일 이름 (기본값: 교육 없음)

-e --배출
또한 방출 확률을 재평가합니다(기본값: 꺼짐).

-p --paramfile 파일 이름
매개변수 읽기 파일 이름 (기본: )

-a --정렬 순서
입력 순서가 아닌 정렬 순서로 시퀀스 인쇄(기본값: 꺼짐)

-g --갭 팩터 GF
사용 GF 갭 팩터 매개변수로 최상의 감도를 위해 0으로 설정하고 더 높은 값은
더 나은 특이성(기본값: 0.5)

-w --가장자리 가중치 임계값 W
최상의 가장자리가 보다 낮은 무게를 가질 때 시퀀스 어닐링 프로세스를 중지합니다. W, 0으로 설정
최상의 민감도, 더 나은 특이성을 위한 높은 값(기본값: 0)

-음식물 --프로그레시브
시퀀스 어닐링 정렬 대신 점진적 정렬 사용(기본값: 꺼짐)

-재정렬 --가장자리 재정렬 없음
시퀀스 어닐링 정렬 중 가장자리 재정렬 비활성화(기본값: 꺼짐)

-최대 단계 --사용-최대-단계 크기
tGf 에지 순위 대신 최대 개선 단계 크기 사용(기본값: 꺼짐)

-인쇄 --인쇄 후부
사후 확률 행렬만 인쇄(기본값: 꺼짐)

-gui 게임을 시작하다 STEP
AMAP 디스플레이 Java 기반 GUI에 대한 인쇄 출력(기본값: ) 무게부터 시작 게임을 시작하다
(기본값: 무한대) 단계 크기 포함 STEP (기본: )

사용 예

기본 옵션으로 AMAP를 실행하려면 일직선으로하다 디렉터리를 입력하고 다음을 입력합니다.

% 지도

파일 이름이 제공되지 않으면 옵션 목록이 인쇄됩니다.

AMAP 디스플레이를 사용하려면 -gui 옵션과 함께 AMAP를 실행하고 출력을
파일을 입력한 다음 파일을 AmapDisplay에 대한 입력으로 사용합니다. 예를 들어 다음을 입력합니다.

% 정렬/매핑 -gui 예/BB12020.tfa > 예/BB12020.tfa.out

% 자바 -항아리 디스플레이/AmapDisplay.jar 예/BB12020.tfa.out

(데비안 시스템에서는 예 디렉토리가 있습니다 /usr/share/doc/amap-align/예제

주의사항

Debian(TM) 시스템용 패키지의 이전 버전(< 2.0-1)에서 지도 명령은
이름이 바뀌다 amap 정렬 라는 다른 도구가 이미 있었기 때문에 지도 (일부 수행
컴퓨터 네트워크 진단). 심볼릭 링크 amap 정렬 여전히 업그레이드를 위해 제공됩니다
Etch 이후의 데비안 릴리스(데비안 4.0)에서는 제거될 것입니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 amap 사용