이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령입니다.
프로그램:
이름
anfo - 데이터베이스에 대한 짧은 읽기의 최적 정렬 찾기
개요
안포 [ 선택권 | 파일 ... ]
기술
안포 (짧은) 시퀀싱 읽기를 (기가베이스 크기) 데이터베이스에 정렬합니다. 휴리스틱을 사용합니다.
하지만 틈을 허용하고 손상을 이해하는 순정 얼라이너를 적용합니다.
고대 DNA의 패턴을 분석하고 점수를 해석하기 쉽게 생성합니다.
입력 파일은 다양한 FastA 또는 FastQ 파일이거나 기본 파일일 수 있습니다. 안포 바이너리 파일,
다음을 사용하여 선택적으로 압축 gzip을orbzip2. 파일 형식이 자동으로 인식되어
다른 형식이 추가될 수 있습니다.
옵션
-V,-버전
버전 번호를 인쇄하고 종료합니다.
-o 파일, --출력 파일
에 출력 쓰기 파일. 파일 네이티브로 작성됩니다 안포 이진 형식
사용시 작동 가능 anfo 도구 또는 바인딩 교활.
-c conffile, --config conffile
구성 읽기 구성 파일. 이 파일은 사용되는 인덱스를 구성하고
어떤 게놈에 정렬이 이루어졌는지, 어떤 매개변수를 사용할지
정렬기를 사용하고 경로를 설정할 수 있습니다. 예제 파일을 참조하세요.
-p 숫자, --스레드 숫자
스타트 NUM 정렬용 스레드. 프로세서 코어당 하나의 스레드는 일반적으로
베스트.
-x 번호, --ixthreads 번호
스타트 NUM 인덱싱을 위한 스레드. 인덱싱은 일반적으로 인덱싱보다 CPU 전력을 적게 사용합니다.
따라서 일반적으로 정렬기보다 인덱서 수가 적은 것이 가장 좋습니다.
--solexa-scale
FastQ 파일을 읽을 때, 대신 Solexa 척도(log-odds-ratios)를 사용하십시오.
표준 Phread 척도(확률). Solexa/Illumina 시퀀서를 사용하는 경우,
이것이 필요한지 여부는 설명서를 참조하십시오. 그렇지 않으면 그렇지 않습니다.
--fastq-오리진 오리진
FastQ 디코딩의 원점을 다음으로 설정합니다. 또는. 표준 및 기본값은 33이지만
일부 Solexa/Illumina 소프트웨어 버전에서는 64로 설정됩니다. 당신이 사용하는 경우
Solexa/Illumina 시퀀서가 필요한지 여부는 설명서를 참조하십시오.
그렇지 않으면 그렇지 않습니다.
-q, --조용한
치명적인 오류를 제외한 모든 출력을 억제합니다.
-v, --자세한
작동 중 진행률 표시기를 인쇄합니다.
환경
ANFO_PATH
게놈 및 색인 파일을 검색한 디렉토리 목록을 콜론으로 구분했습니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 정보를 사용하세요.
